66 Acer tataricum

66.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.328ka3
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252121-230224095556074
  Created: 2023-05-20T11:43:32.464+00:00
  Modified: 2023-05-20T11:44:29.251+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252121-230224095556074.zip
  Total records: 10449

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 6774 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.3188 ymin: 27.931667 xmax: 144.43404 ymax: 65.010719
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,774 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ""                  
 4     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ""                  
 7     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ""                  
# ℹ 6,764 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 6 774 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Acer tataricum dans le monde.

Figure 66.1: Occurrences de Acer tataricum dans le monde.

66.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.5794213168
[1] 0.1619427222
[1] 0.2307351639

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Acer tataricum dans la région d'endémisme.

Figure 66.2: Occurrence de Acer tataricum dans la région d’endémisme.

66.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                    1936 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                     866 
                                                 CC0_1_0 
                                                    1118 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       3 
   https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       2 
[1] 77.85987261
Occurrence de Acer tataricum dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 66.3: Occurrence de Acer tataricum dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 3056

66.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 3056 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -4.77 ymin: 37.87 xmax: 46.559 ymax: 63.870183
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 3,056 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… tataricum           
 2      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ginnala             
 3      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ginnala             
 4      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ginnala             
 5      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ginnala             
 6      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ginnala             
 7      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ginnala             
 8      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ginnala             
 9      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… tataricum           
10      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer t… ginnala             
# ℹ 3,046 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

66.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Acer tataricum dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 66.4: Occurrence de Acer tataricum dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

66.2 Modélisation de la niche climatique

66.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 3056, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -4.77, 46.559, 37.87, 63.87018  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= acta Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  acta

     3056 presences,  0 true absences and  9138 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 6.296   Min.   :-21.644   Min.   :-9.030   Min.   : 235.8  
 1st Qu.:20.116   1st Qu.:-10.640   1st Qu.: 9.928   1st Qu.: 682.2  
 Median :22.830   Median : -5.788   Median :14.225   Median : 790.4  
 Mean   :24.426   Mean   : -5.529   Mean   :12.993   Mean   : 801.2  
 3rd Qu.:27.848   3rd Qu.: -0.382   3rd Qu.:16.692   3rd Qu.: 938.5  
 Max.   :44.944   Max.   : 10.752   Max.   :24.823   Max.   :1354.0  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   5.0   Min.   :  6.065  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 25.523  
 Median : 210.0   Median : 31.420  
 Mean   : 212.6   Mean   : 36.467  
 3rd Qu.: 239.0   3rd Qu.: 39.189  
 Max.   :1240.0   Max.   :122.850  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 66.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 21392, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.10417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 66.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

66.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for acta_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for acta_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for acta_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= acta Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  acta_PA1 


-=-=-=--=-=-=- acta_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  acta_PA2 


-=-=-=--=-=-=- acta_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  acta_PA3 


-=-=-=--=-=-=- acta_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

66.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    acta_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  662.0      83.067
2    acta_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  651.5      84.008
3   acta_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  536.0      86.585
4   acta_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  537.5      86.585
5 acta_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  398.0      89.898
6 acta_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  400.5      89.693
  specificity calibration validation evaluation
1      80.491       0.636      0.648         NA
2      79.836       0.885      0.881         NA
3      80.736       0.674      0.684         NA
4      80.859       0.920      0.920         NA
5      77.382       0.674      0.687         NA
6      77.751       0.925      0.925         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 66.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

66.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 acta_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.447500
2 acta_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.533741
3 acta_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.094479
4 acta_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.479170
5 acta_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.203119
6 acta_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.311996
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 66.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 66.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

66.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 66.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

66.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : acta

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
acta_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acta_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

66.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 acta_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 acta_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  556.0      96.531      95.721
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  550.5      96.630      95.656
  calibration validation evaluation
1       0.923         NA         NA
2       0.993         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 66.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 acta_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 acta_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 acta_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 acta_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 acta_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 acta_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.625305
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.585693
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.370977
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.355367
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.355532
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.419929

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 66.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 66.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

66.3 Projections

66.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acta/current


sp.name : acta

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acta/acta.AllModels.models.out )

models.projected : 
acta_PA1_RUN1_GAM, acta_PA1_RUN1_MARS, acta_PA1_RUN1_MAXNET, acta_PA1_RUN1_GBM, acta_PA1_RUN1_RF, acta_PA2_RUN1_GAM, acta_PA2_RUN1_MARS, acta_PA2_RUN1_MAXNET, acta_PA2_RUN1_GBM, acta_PA2_RUN1_RF, acta_PA3_RUN1_GAM, acta_PA3_RUN1_MARS, acta_PA3_RUN1_MAXNET, acta_PA3_RUN1_GBM, acta_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 66.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 66.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acta/current


sp.name : acta

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acta/acta.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
acta_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acta_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 66.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

66.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acta/cont_gre


sp.name : acta

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acta/acta.AllModels.models.out )

models.projected : 
acta_PA1_RUN1_GAM, acta_PA1_RUN1_MARS, acta_PA1_RUN1_MAXNET, acta_PA1_RUN1_GBM, acta_PA1_RUN1_RF, acta_PA2_RUN1_GAM, acta_PA2_RUN1_MARS, acta_PA2_RUN1_MAXNET, acta_PA2_RUN1_GBM, acta_PA2_RUN1_RF, acta_PA3_RUN1_GAM, acta_PA3_RUN1_MARS, acta_PA3_RUN1_MAXNET, acta_PA3_RUN1_GBM, acta_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 66.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 66.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acta/cont_gre


sp.name : acta

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acta/acta.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
acta_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acta_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 66.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

66.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 66.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 66.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 66.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 66.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

66.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

66.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 66.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 66.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 66.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 66.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

66.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 37          131         181         200.1986    264         533   0      2000
 2 51          113         156         160.2948    195         416   126    2040
 3 43           94         125         136.8912    174         398   126    2060
 4 58           95         121         132.1666    163         405   126    2080
 5 44           87         109         125.2962    156         396   126    2100
 6 57          115         146         154.8325    186         396   245    2040
 7 54           99         125         139.9689    179         417   245    2060
 8 53           83          99         110.8415    133         433   245    2080
 9 43           81          97         104.8265    116         318   245    2100
10 74          125         172         175.3173    213         419   370    2040
11 47           89         108         122.2234    148         387   370    2060
12 47           81          95         100.1794    110         297   370    2080
13 59           92         107         106.2064    119         347   370    2100
14 57          109         139         150.2751    182         405   585    2040
15 53           89         109         121.1350    144         453   585    2060
16 69           91         101         107.8473    114         350   585    2080
17 48          113         136         139.7413    177         231   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 66.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.