27 Styphnolobium japonicum

27.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.svh5fm
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232022-230224095556074
  Created: 2023-05-11T06:34:18.919+00:00
  Modified: 2023-05-11T06:35:30.619+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232022-230224095556074.zip
  Total records: 35030

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 824 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.279 ymin: -48.843333 xmax: 173.291 ymax: 56.64485
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 824 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Styp… Styphn… ""                  
 2    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Styp… Styphn… ""                  
 3    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Styp… Styphn… ""                  
 4    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Styp… Styphn… ""                  
 5    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Styp… Styphn… ""                  
 6    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Styp… Styphn… ""                  
 7    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Styp… Styphn… ""                  
 8    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Styp… Styphn… ""                  
 9    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Styp… Styphn… ""                  
10    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Styp… Styphn… ""                  
# ℹ 814 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 824 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 27.1: Occurrences de Styphnolobium japonicum dans le monde.

27.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.6007281553

[1] 0.2851941748

[1] 0.08252427184

Espèce endémique d’Europe

Figure 27.2: Occurrence de Styphnolobium japonicum dans la région d’endémisme.

27.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         294          174           27 

[1] 64.84848485

Figure 27.3: Occurrence de Styphnolobium japonicum dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 321

Moins de 500 occurrences utilisables