90 Idesia polycarpa

90.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.g85vb3
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252204-230224095556074
  Created: 2023-05-20T12:26:21.627+00:00
  Modified: 2023-05-20T12:27:00.791+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252204-230224095556074.zip
  Total records: 570

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 570 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.2766 ymin: -39.695967 xmax: 176.901638 ymax: 52.147136
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 570 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 1b412457-… 5392548      Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Ides… Idesia… ""                  
 2      9e8 1b412457-… 5392546      Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Ides… Idesia… ""                  
 3      9e8 1b412457-… 5392545      Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Ides… Idesia… ""                  
 4      7e8 86185376-… 7d8648d0-f8… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Ides… Idesia… ""                  
 5      7e8 86185376-… 7ce4fcf0-f8… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Ides… Idesia… ""                  
 6      7e8 86185376-… 7ccfcccc-f8… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Ides… Idesia… ""                  
 7      7e8 81031dbc-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Ides… Idesia… ""                  
 8      7e8 81031dbc-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Ides… Idesia… ""                  
 9      7e8 81031dbc-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Ides… Idesia… ""                  
10      7e8 81031dbc-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Ides… Idesia… ""                  
# ℹ 560 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 570 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 90.1: Occurrences de Idesia polycarpa dans le monde.

90.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.02807017544

[1] 0.03684210526

[1] 0.9

Espèce endémique d’Asie

Figure 90.2: Occurrence de Idesia polycarpa dans la région d’endémisme.

90.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         279          219           15 

[1] 57.30994152

Figure 90.3: Occurrence de Idesia polycarpa dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 294

Moins de 500 occurrences utilisables