18 Koelreuteria paniculata

18.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.2t8asb
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0230932-230224095556074
  Created: 2023-05-10T20:50:55.808+00:00
  Modified: 2023-05-10T20:51:48.602+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0230932-230224095556074.zip
  Total records: 7026

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2725 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.233333 ymin: -43.646505 xmax: 176.893858 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,725 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 2    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 3    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 4    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 5    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 6    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 7    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 8    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 9    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
10    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
# ℹ 2,715 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 2 725 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Koelreuteria paniculata dans le monde.

Figure 18.1: Occurrences de Koelreuteria paniculata dans le monde.

18.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.6770642202
[1] 0.2689908257
[1] 0.04513761468

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Koelreuteria paniculata dans la région d'endémisme.

Figure 18.2: Occurrence de Koelreuteria paniculata dans la région d’endémisme.

18.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       1450 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        310 
                                                    CC0_1_0 
                                                         56 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                          9 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         19 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          1 
[1] 82.7100271
Occurrence de Koelreuteria paniculata dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 18.3: Occurrence de Koelreuteria paniculata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 1526

18.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1526 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.65 ymin: 37.87 xmax: 44.809135 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,526 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 2     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 3     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 4     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 5     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 6     4e9 3046db3b-… "NMB9999001… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 7     4e9 50c9509d-… "https://ww… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 8     4e9 017f23ba-… "8857c13c-9… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
 9     4e9 017f23ba-… "837ce5a5-3… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
10     4e9 017f23ba-… "72239e41-d… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Koel… Koelre… ""                  
# ℹ 1,516 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

18.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Koelreuteria paniculata dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 18.4: Occurrence de Koelreuteria paniculata dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

18.2 Modélisation de la niche climatique

18.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1526, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.65, 44.80913, 37.87, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= kopa Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  kopa

     1526 presences,  0 true absences and  4563 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 4.00   Min.   :-21.564   Min.   :-12.25   Min.   : 295.4  
 1st Qu.:21.08   1st Qu.: -8.364   1st Qu.: 10.28   1st Qu.: 661.3  
 Median :25.14   Median : -3.120   Median : 14.21   Median : 773.3  
 Mean   :25.69   Mean   : -4.060   Mean   : 13.36   Mean   : 779.0  
 3rd Qu.:29.01   3rd Qu.:  0.884   3rd Qu.: 17.26   3rd Qu.: 897.4  
 Max.   :44.94   Max.   :  9.900   Max.   : 23.70   Max.   :1362.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   6.0   Min.   :  8.301  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 23.468  
 Median : 218.0   Median : 31.807  
 Mean   : 220.8   Mean   : 36.749  
 3rd Qu.: 257.0   3rd Qu.: 42.794  
 Max.   :1248.0   Max.   :121.092  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 18.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 10682, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.27083, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 18.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

18.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for kopa_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for kopa_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for kopa_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= kopa Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  kopa_PA1 


-=-=-=--=-=-=- kopa_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  kopa_PA2 


-=-=-=--=-=-=- kopa_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  kopa_PA3 


-=-=-=--=-=-=- kopa_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

18.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    kopa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  687.0      93.202
2    kopa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  687.5      93.120
3   kopa_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  585.0      90.581
4   kopa_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  589.5      90.500
5 kopa_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  381.0      92.957
6 kopa_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  390.0      92.219
  specificity calibration validation evaluation
1      61.425       0.547      0.554         NA
2      61.589       0.727      0.713         NA
3      86.486       0.771      0.803         NA
4      86.732       0.945      0.950         NA
5      84.111       0.771      0.807         NA
6      85.012       0.953      0.958         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 18.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

18.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 kopa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.186578
2 kopa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.565206
3 kopa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.055462
4 kopa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.164731
5 kopa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.001425
6 kopa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.111187
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 18.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 18.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

18.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 18.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

18.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : kopa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
kopa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, kopa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

18.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 kopa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 kopa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  434.0      97.313      89.524
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  441.5      96.986      90.007
  calibration validation evaluation
1       0.869         NA         NA
2       0.986         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 18.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 kopa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 kopa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 kopa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 kopa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 kopa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 kopa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.218080
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.455976
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.101354
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.089515
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.153391
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.139647

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 18.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 18.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

18.3 Projections

18.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/kopa/current


sp.name : kopa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/kopa/kopa.AllModels.models.out )

models.projected : 
kopa_PA1_RUN1_GAM, kopa_PA1_RUN1_MARS, kopa_PA1_RUN1_MAXNET, kopa_PA1_RUN1_GBM, kopa_PA1_RUN1_RF, kopa_PA2_RUN1_GAM, kopa_PA2_RUN1_MARS, kopa_PA2_RUN1_MAXNET, kopa_PA2_RUN1_GBM, kopa_PA2_RUN1_RF, kopa_PA3_RUN1_GAM, kopa_PA3_RUN1_MARS, kopa_PA3_RUN1_MAXNET, kopa_PA3_RUN1_GBM, kopa_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 18.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 18.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/kopa/current


sp.name : kopa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/kopa/kopa.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
kopa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, kopa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 18.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

18.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/kopa/cont_gre


sp.name : kopa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/kopa/kopa.AllModels.models.out )

models.projected : 
kopa_PA1_RUN1_GAM, kopa_PA1_RUN1_MARS, kopa_PA1_RUN1_MAXNET, kopa_PA1_RUN1_GBM, kopa_PA1_RUN1_RF, kopa_PA2_RUN1_GAM, kopa_PA2_RUN1_MARS, kopa_PA2_RUN1_MAXNET, kopa_PA2_RUN1_GBM, kopa_PA2_RUN1_RF, kopa_PA3_RUN1_GAM, kopa_PA3_RUN1_MARS, kopa_PA3_RUN1_MAXNET, kopa_PA3_RUN1_GBM, kopa_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 18.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 18.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/kopa/cont_gre


sp.name : kopa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/kopa/kopa.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
kopa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, kopa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 18.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

18.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 18.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 18.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 18.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 18.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

18.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

18.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 18.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 18.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 18.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 18.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

18.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 107         354         506         505.4244    702         845   0      2000
 2 160         412         726         625.4458    807         864   126    2040
 3 153         375         723         612.3106    809         859   126    2060
 4 164         398         768         644.7360    831         861   126    2080
 5 159         368         717         606.2413    805         856   126    2100
 6 191         459         744         653.3007    802         861   245    2040
 7 156         376         766         631.7791    829         861   245    2060
 8 169         376         795         648.3963    831         862   245    2080
 9 157         349         737         605.7101    828         859   245    2100
10 160         404         725         620.5164    804         864   370    2040
11 154         368         747         619.3212    815         856   370    2060
12 150         337         740         602.2933    822         856   370    2080
13 168         318         468         524.4416    772         858   370    2100
14 162         413         747         638.8951    825         862   585    2040
15 164         384         786         647.3826    830         858   585    2060
16 143         330         510         573.1607    828         858   585    2080
17 147         292         339         362.5808    402         847   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 18.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.