181 Cormus domestica

181.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.hmz72v
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260114-230224095556074
  Created: 2023-05-24T19:58:21.669+00:00
  Modified: 2023-05-24T19:59:21.054+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260114-230224095556074.zip
  Total records: 24073

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 24073 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.294582 ymin: -35.377469 xmax: 151.5967 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 24,073 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 837acfc2-… "HSS:HSS:39… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 2      9e8 962cceea-… "MGC:MGC-Co… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 3      8e8 834a4794-… "D2FF1E2A-2… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 4      8e8 834a4794-… "F47E10C5-8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 5      8e8 834a4794-… "F4E0BAD2-6… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 6      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 7      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 8      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 9      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
10      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
# ℹ 24,063 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 24 073 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Cormus domestica dans le monde.

Figure 181.1: Occurrences de Cormus domestica dans le monde.

181.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9981722261
[1] 0.0001246209446
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Cormus domestica dans la région d'endémisme.

Figure 181.2: Occurrence de Cormus domestica dans la région d’endémisme.

181.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      21682 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       2222 
                                                    CC0_1_0 
                                                         54 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         47 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         21 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          3 
[1] 90.55724333
Occurrence de Cormus domestica dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 181.3: Occurrence de Cormus domestica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 21760

181.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 21760 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.42058 ymin: 36.91 xmax: 37.534533 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 21,760 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 2      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 3      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 4      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 5      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 6      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 7      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 8      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
 9      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
10      8e8 6a122346-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Corm… Cormus… ""                  
# ℹ 21,750 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

181.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Cormus domestica dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 181.4: Occurrence de Cormus domestica dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

181.2 Modélisation de la niche climatique

181.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 21760, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.42058, 37.53453, 36.91, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= codo Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  codo

     21707 presences,  0 true absences and  63721 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.048   Min.   :-12.645   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.94   1st Qu.: -8.672   1st Qu.:  8.681   1st Qu.: 601.5  
 Median :24.89   Median : -1.988   Median : 12.414   Median : 713.6  
 Mean   :25.41   Mean   : -3.721   Mean   : 12.031   Mean   : 749.4  
 3rd Qu.:28.29   3rd Qu.:  1.612   3rd Qu.: 15.903   3rd Qu.: 894.9  
 Max.   :45.35   Max.   : 11.900   Max.   : 25.490   Max.   :1374.0  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.496  
 1st Qu.: 180.0   1st Qu.: 22.665  
 Median : 220.0   Median : 31.521  
 Mean   : 221.5   Mean   : 35.521  
 3rd Qu.: 268.0   3rd Qu.: 40.220  
 Max.   :1261.0   Max.   :123.602  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 181.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 152108, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.35417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 181.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

181.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for codo_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for codo_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for codo_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= codo Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  codo_PA1 


-=-=-=--=-=-=- codo_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  codo_PA2 


-=-=-=--=-=-=- codo_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  codo_PA3 


-=-=-=--=-=-=- codo_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

181.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    codo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  717.0      97.299
2    codo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  719.5      97.299
3   codo_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  514.0      97.628
4   codo_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  519.5      97.576
5 codo_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  375.0      97.426
6 codo_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  375.5      97.420
  specificity calibration validation evaluation
1      67.389       0.647      0.642         NA
2      67.435       0.758      0.749         NA
3      91.791       0.894      0.902         NA
4      91.872       0.976      0.979         NA
5      92.584       0.901      0.905         NA
6      92.641       0.975      0.977         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 181.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

181.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 codo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.500814
2 codo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.187591
3 codo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.014182
4 codo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.562477
5 codo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.023745
6 codo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.012477
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 181.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 181.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

181.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 181.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

181.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : codo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
codo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, codo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

181.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 codo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 codo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  553.0      98.074      95.402
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  560.5      98.037      95.501
  calibration validation evaluation
1       0.935         NA         NA
2       0.995         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 181.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 codo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 codo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 codo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 codo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 codo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 codo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.119711
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.099096
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.017982
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.513477
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.077037
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.122029

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 181.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 181.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

181.3 Projections

181.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/codo/current


sp.name : codo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/codo/codo.AllModels.models.out )

models.projected : 
codo_PA1_RUN1_GAM, codo_PA1_RUN1_MARS, codo_PA1_RUN1_MAXNET, codo_PA1_RUN1_GBM, codo_PA1_RUN1_RF, codo_PA2_RUN1_GAM, codo_PA2_RUN1_MARS, codo_PA2_RUN1_MAXNET, codo_PA2_RUN1_GBM, codo_PA2_RUN1_RF, codo_PA3_RUN1_GAM, codo_PA3_RUN1_MARS, codo_PA3_RUN1_MAXNET, codo_PA3_RUN1_GBM, codo_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 181.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 181.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/codo/current


sp.name : codo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/codo/codo.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
codo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, codo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 181.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

181.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/codo/cont_gre


sp.name : codo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/codo/codo.AllModels.models.out )

models.projected : 
codo_PA1_RUN1_GAM, codo_PA1_RUN1_MARS, codo_PA1_RUN1_MAXNET, codo_PA1_RUN1_GBM, codo_PA1_RUN1_RF, codo_PA2_RUN1_GAM, codo_PA2_RUN1_MARS, codo_PA2_RUN1_MAXNET, codo_PA2_RUN1_GBM, codo_PA2_RUN1_RF, codo_PA3_RUN1_GAM, codo_PA3_RUN1_MARS, codo_PA3_RUN1_MAXNET, codo_PA3_RUN1_GBM, codo_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 181.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 181.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/codo/cont_gre


sp.name : codo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/codo/codo.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
codo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, codo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 181.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

181.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 181.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 181.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 181.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 181.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

181.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

181.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 181.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 181.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 181.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 181.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

181.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 132         398.25      599         555.5687    700         864   0      2000
 2  75         361.00      504         502.2628    670         815   126    2040
 3  72         313.00      467         458.6238    644         798   126    2060
 4  70         332.00      469         467.1727    640         787   126    2080
 5  74         405.00      513         495.3126    655         790   126    2100
 6  73         363.00      512         504.8707    682         806   245    2040
 7  59         255.00      416         382.5250    519         750   245    2060
 8  61         229.00      430         399.2142    607         755   245    2080
 9  51         197.00      340         336.8403    463         694   245    2100
10  75         313.00      458         451.8238    640         811   370    2040
11  65         279.00      442         417.0872    608         776   370    2060
12  46         115.00      315         316.6473    453         709   370    2080
13  37          60.00      103         113.2991    161         288   370    2100
14  73         348.00      478         476.0162    641         792   585    2040
15  54         223.00      362         359.5172    491         719   585    2060
16  44          65.00      137         135.3103    189         322   585    2080
17  28          40.00       52          54.2932     67         134   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 181.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.