156 Populus alba

156.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.ar8b3j
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252663-230224095556074
  Created: 2023-05-20T17:53:55.713+00:00
  Modified: 2023-05-20T17:55:20.756+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252663-230224095556074.zip
  Total records: 63408

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 63408 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.097656 ymin: -51.727866 xmax: 178.335312 ymax: 64.559936
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 63,408 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 2     9 e5 aab0cf80-… LD:General:… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 3     9 e5 aab0cf80-… LD:General:… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 4     9 e5 aab0cf80-… LD:General:… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 5     9 e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 6     9 e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 7     9 e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 8     9 e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 9     9 e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
10     9 e8 271c444f-… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
# ℹ 63,398 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 63 408 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Populus alba dans le monde.

Figure 156.1: Occurrences de Populus alba dans le monde.

156.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9510156447
[1] 0.0199659349
[1] 0.004021574565

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Populus alba dans la région d'endémisme.

Figure 156.2: Occurrence de Populus alba dans la région d’endémisme.

156.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      43695 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       8579 
                                                    CC0_1_0 
                                                       2491 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       4332 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       1149 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         56 
[1] 78.58943319
Occurrence de Populus alba dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 156.3: Occurrence de Populus alba dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 47391

156.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.381858 ymin: 31 xmax: 46.8002 ymax: 60.478801
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     4.e7 8582b50a-… ""           Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 2     2 e9 14d5676a-… "q-10102267… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 3     2 e9 14d5676a-… "q-10222590… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 4     2 e9 14d5676a-… "q-10176482… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 5     1 e9 75956ee6-… "http://flo… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 6     3.e9 306aab9c-… "06f7066c-8… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 7     2 e9 83fdfd3d-… "INFOFLORA-… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 8     3.e9 f946666e-… "BDBB97C5-E… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 9     1 e9 75956ee6-… "http://flo… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
10     2 e9 50c9509d-… "https://ww… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

156.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Populus alba dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 156.4: Occurrence de Populus alba dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

156.2 Modélisation de la niche climatique

156.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.381858, 46.8002, 31, 60.4788  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= poal Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  poal

     24935 presences,  0 true absences and  72902 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-21.992   Min.   :-11.683   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.57   1st Qu.: -8.752   1st Qu.:  9.326   1st Qu.: 618.0  
 Median :24.22   Median : -2.324   Median : 13.003   Median : 726.4  
 Mean   :25.31   Mean   : -3.795   Mean   : 12.450   Mean   : 753.3  
 3rd Qu.:28.88   3rd Qu.:  1.356   3rd Qu.: 16.177   3rd Qu.: 897.1  
 Max.   :45.20   Max.   : 12.124   Max.   : 25.577   Max.   :1392.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.153  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 23.286  
 Median : 219.0   Median : 31.816  
 Mean   : 220.6   Mean   : 35.940  
 3rd Qu.: 262.0   3rd Qu.: 40.172  
 Max.   :1264.0   Max.   :123.127  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 156.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174740, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.60417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 156.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

156.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for poal_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for poal_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for poal_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= poal Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  poal_PA1 


-=-=-=--=-=-=- poal_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  poal_PA2 


-=-=-=--=-=-=- poal_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  poal_PA3 


-=-=-=--=-=-=- poal_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

156.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    poal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  616.0      94.300
2    poal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  623.5      94.145
3   poal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  521.0      91.107
4   poal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  525.5      91.047
5 poal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  383.0      91.678
6 poal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  384.5      91.558
  specificity calibration validation evaluation
1      58.170       0.525      0.507         NA
2      58.375       0.702      0.683         NA
3      85.200       0.763      0.762         NA
4      85.330       0.940      0.937         NA
5      85.805       0.775      0.770         NA
6      85.930       0.940      0.936         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 156.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

156.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 poal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.275955
2 poal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.299147
3 poal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.012853
4 poal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.188203
5 poal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.018935
6 poal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.049272
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 156.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 156.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

156.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 156.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

156.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : poal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
poal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, poal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

156.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 poal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 poal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  605.0      96.435      96.071
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  599.5      96.539      95.973
  calibration validation evaluation
1       0.925         NA         NA
2       0.995         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 156.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 poal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 poal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 poal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 poal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 poal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 poal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.587600
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.612742
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.421338
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.538280
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.491410
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.503924

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 156.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 156.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

156.3 Projections

156.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poal/current


sp.name : poal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poal/poal.AllModels.models.out )

models.projected : 
poal_PA1_RUN1_GAM, poal_PA1_RUN1_MARS, poal_PA1_RUN1_MAXNET, poal_PA1_RUN1_GBM, poal_PA1_RUN1_RF, poal_PA2_RUN1_GAM, poal_PA2_RUN1_MARS, poal_PA2_RUN1_MAXNET, poal_PA2_RUN1_GBM, poal_PA2_RUN1_RF, poal_PA3_RUN1_GAM, poal_PA3_RUN1_MARS, poal_PA3_RUN1_MAXNET, poal_PA3_RUN1_GBM, poal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 156.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 156.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poal/current


sp.name : poal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poal/poal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
poal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, poal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 156.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

156.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poal/cont_gre


sp.name : poal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poal/poal.AllModels.models.out )

models.projected : 
poal_PA1_RUN1_GAM, poal_PA1_RUN1_MARS, poal_PA1_RUN1_MAXNET, poal_PA1_RUN1_GBM, poal_PA1_RUN1_RF, poal_PA2_RUN1_GAM, poal_PA2_RUN1_MARS, poal_PA2_RUN1_MAXNET, poal_PA2_RUN1_GBM, poal_PA2_RUN1_RF, poal_PA3_RUN1_GAM, poal_PA3_RUN1_MARS, poal_PA3_RUN1_MAXNET, poal_PA3_RUN1_GBM, poal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 156.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 156.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poal/cont_gre


sp.name : poal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poal/poal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
poal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, poal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 156.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

156.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 156.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 156.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 156.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 156.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

156.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

156.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 156.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 156.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 156.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 156.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

156.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 173         547         640         681.0914    822         999   0      2000
 2 349         540         649         660.2683    764         998   126    2040
 3 316         480         559         586.0516    680         946   126    2060
 4 313         492         609         608.2679    717         907   126    2080
 5 298         456         512         541.4166    608         908   126    2100
 6 350         563         681         674.4868    776         976   245    2040
 7 275         464         570         580.1939    700         896   245    2060
 8 286         452         506         542.8473    619         855   245    2080
 9 226         436         474         486.8249    563         775   245    2100
10 343         530         620         652.5834    769         996   370    2040
11 289         458         505         535.0286    611         893   370    2060
12 260         442         484         499.6119    571         807   370    2080
13 194         374         464         451.8122    511         759   370    2100
14 327         525         635         639.2171    744         978   585    2040
15 244         446         491         513.9176    588         807   585    2060
16 180         426         466         480.8105    572         796   585    2080
17 165         415         485         445.0308    511         756   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 156.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.