285 Pistacia atlantica

285.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.zszkan
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018301-230828120925497
  Created: 2023-09-16T09:26:36.976+00:00
  Modified: 2023-09-16T09:27:17.483+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018301-230828120925497.zip
  Total records: 696

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 696 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.3178 ymin: 27.81 xmax: 74.83 ymax: 45.1402
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 696 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 910461231 837acfc2-f762… "HSS:HSS:49… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 2 895193646 834a4794-f762… "4E236845-8… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 3 895193404 834a4794-f762… "01FD3E88-1… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 4 895165634 834a4794-f762… "5AB23E8E-A… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 5 893483076 85714c48-f762… "https://he… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 6 891102005 50c9509d-22c7… "http://www… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 7  85322403 835177da-f762… "FCO:FCO:26… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 8 788691027 aab0cf80-0c64… "LD:General… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
 9 788684428 aab0cf80-0c64… "LD:General… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
10 615371746 82a53efc-f762… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Pist…
# ℹ 686 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 696 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 285.1: Occurrences de Pistacia atlantica dans le monde.

285.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.7931034

[1] 0.1436782

[1] 0.01005747

Espèce endémique d’Europe

Figure 285.2: Occurrence de Pistacia atlantica dans la région d’endémisme.

285.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         232          310           10 

[1] 43.84058

Figure 285.3: Occurrence de Pistacia atlantica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 242

Moins de 500 occurrences utilisables