82 Fraxinus americana

82.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.wpzt2t
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252179-230224095556074
  Created: 2023-05-20T12:15:57.920+00:00
  Modified: 2023-05-20T12:16:51.816+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252179-230224095556074.zip
  Total records: 6193

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 4803 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.58333 ymin: -31.897828 xmax: 125.83334 ymax: 56.688861
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 4,803 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 5     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
# ℹ 4,793 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 4 803 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Fraxinus americana dans le monde.

Figure 82.1: Occurrences de Fraxinus americana dans le monde.

82.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.02831563606
[1] 0.9693941287
[1] 0.0002082032063

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Fraxinus americana dans la région d'endémisme.

Figure 82.2: Occurrence de Fraxinus americana dans la région d’endémisme.

82.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         603         2751         1302 
[1] 40.91494845
Occurrence de Fraxinus americana dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 82.3: Occurrence de Fraxinus americana dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1905

82.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1905 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.58333 ymin: 25.681165 xmax: -59.99545 ymax: 47.768867
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,905 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 5     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
# ℹ 1,895 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

82.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Fraxinus americana dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 82.4: Occurrence de Fraxinus americana dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

82.2 Modélisation de la niche climatique

82.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1905, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -122.5833, -59.99545, 25.68117, 47.76887  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fram Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  fram

     1905 presences,  0 true absences and  5700 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.752   Min.   :-11.96   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:23.63   1st Qu.:-15.204   1st Qu.: 11.68   1st Qu.: 764.6  
 Median :27.26   Median : -9.232   Median : 17.22   Median : 909.9  
 Mean   :27.12   Mean   : -8.821   Mean   : 15.73   Mean   : 890.3  
 3rd Qu.:31.04   3rd Qu.: -2.536   3rd Qu.: 20.64   3rd Qu.:1048.9  
 Max.   :44.38   Max.   : 22.446   Max.   : 33.02   Max.   :1468.0  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :  24   Min.   :  5.531  
 1st Qu.: 229   1st Qu.: 17.620  
 Median : 305   Median : 29.906  
 Mean   : 315   Mean   : 37.984  
 3rd Qu.: 345   3rd Qu.: 54.481  
 Max.   :1785   Max.   :136.100  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 82.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 13335, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9375, -53.02083, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 82.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

82.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for fram_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fram_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fram_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fram Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  fram_PA1 


-=-=-=--=-=-=- fram_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  fram_PA2 


-=-=-=--=-=-=- fram_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  fram_PA3 


-=-=-=--=-=-=- fram_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

82.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    fram_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  657.0      94.554
2    fram_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  670.5      94.357
3   fram_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  472.5      93.635
4   fram_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  564.5      90.289
5 fram_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  322.0      97.507
6 fram_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  321.5      97.507
  specificity calibration validation evaluation
1      68.241       0.629      0.593         NA
2      68.701       0.783      0.768         NA
3      79.987       0.738      0.711         NA
4      83.661       0.943      0.932         NA
5      78.018       0.755      0.743         NA
6      78.018       0.944      0.936         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 82.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

82.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 fram_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.128836
2 fram_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.333723
3 fram_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.113582
4 fram_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.086240
5 fram_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.159829
6 fram_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.470467
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 82.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 82.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

82.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 82.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

82.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : fram

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: fram_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: fram_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

82.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fram_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fram_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS    596      95.381      92.474
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC    591      95.538      92.386
  calibration validation evaluation
1       0.879         NA         NA
2       0.985         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 82.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fram_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fram_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 fram_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 fram_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 fram_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 fram_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMwmean temp_max_august    1 0.091224
2     mergedAlgo         TSS EMwmean        temp_min    1 0.081657
3     mergedAlgo         TSS EMwmean  temp_wet_quart    1 0.029152
4     mergedAlgo         TSS EMwmean     temp_season    1 0.082910
5     mergedAlgo         TSS EMwmean  prec_wet_quart    1 0.154701
6     mergedAlgo         TSS EMwmean     prec_season    1 0.374912

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 82.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 82.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

82.3 Projections

82.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fram/current


sp.name : fram

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fram/fram.AllModels.models.out )

models.projected : 
fram_PA1_RUN1_GAM, fram_PA1_RUN1_MARS, fram_PA1_RUN1_MAXNET, fram_PA1_RUN1_GBM, fram_PA1_RUN1_ANN, fram_PA1_RUN1_RF, fram_PA2_RUN1_GAM, fram_PA2_RUN1_MARS, fram_PA2_RUN1_MAXNET, fram_PA2_RUN1_GBM, fram_PA2_RUN1_ANN, fram_PA2_RUN1_RF, fram_PA3_RUN1_GAM, fram_PA3_RUN1_MARS, fram_PA3_RUN1_MAXNET, fram_PA3_RUN1_GBM, fram_PA3_RUN1_ANN, fram_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 82.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 82.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fram/current


sp.name : fram

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fram/fram.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : fram_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 82.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

82.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fram/cont_gre


sp.name : fram

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fram/fram.AllModels.models.out )

models.projected : 
fram_PA1_RUN1_GAM, fram_PA1_RUN1_MARS, fram_PA1_RUN1_MAXNET, fram_PA1_RUN1_GBM, fram_PA1_RUN1_ANN, fram_PA1_RUN1_RF, fram_PA2_RUN1_GAM, fram_PA2_RUN1_MARS, fram_PA2_RUN1_MAXNET, fram_PA2_RUN1_GBM, fram_PA2_RUN1_ANN, fram_PA2_RUN1_RF, fram_PA3_RUN1_GAM, fram_PA3_RUN1_MARS, fram_PA3_RUN1_MAXNET, fram_PA3_RUN1_GBM, fram_PA3_RUN1_ANN, fram_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 82.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 82.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fram/cont_gre


sp.name : fram

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fram/fram.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : fram_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 82.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

82.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 82.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 82.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 82.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 82.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

82.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

82.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 82.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 82.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 82.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 82.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

82.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 160         402         482         440.6369    516         666   0      2000
 2 192         456         504         498.5524    544         674   126    2040
 3 174         398         474         442.5553    510         644   126    2060
 4 228         422         482         458.4529    506         652   126    2080
 5 218         388         462         434.1149    496         636   126    2100
 6 216         458         502         497.2650    548         670   245    2040
 7 236         406         478         452.8825    512         686   245    2060
 8 158         312         408         399.5024    488         688   245    2080
 9 118         248         372         356.5734    442         678   245    2100
10 200         466         522         507.6500    554         702   370    2040
11 176         350         432         419.7962    500         662   370    2060
12  96         178         316         308.5840    424         608   370    2080
13 168         246         296         307.3617    346         690   370    2100
14 188         452         484         483.2646    522         652   585    2040
15 180         326         408         401.6599    492         708   585    2060
16 150         254         308         324.1431    382         748   585    2080
17 182         244         320         318.8228    380         530   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 82.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.