115 Amelanchier ovalis

115.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.xduvch
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252466-230224095556074
  Created: 2023-05-20T15:42:47.504+00:00
  Modified: 2023-05-20T15:44:29.437+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252466-230224095556074.zip
  Total records: 73971

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 73971 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -88.063283 ymin: 31.205 xmax: 61.5 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 73,971 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 ebd49d9b-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 2      9e8 ebd49d9b-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 3      9e8 ebd49d9b-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
# ℹ 73,961 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 73 971 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Amelanchier ovalis dans le monde.

Figure 115.1: Occurrences de Amelanchier ovalis dans le monde.

115.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9999459248
[1] 2.703762285e-05
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Amelanchier ovalis dans la région d'endémisme.

Figure 115.2: Occurrence de Amelanchier ovalis dans la région d’endémisme.

115.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                   70618 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                    3247 
                                                 CC0_1_0 
                                                      80 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                      22 
[1] 95.58046156
Occurrence de Amelanchier ovalis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 115.3: Occurrence de Amelanchier ovalis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 70698

115.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.905697 ymin: 36.88 xmax: 46.8002 ymax: 60.793655
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 2     1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 3     3.e9 e5f16d86-… 9390342f-c6… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 4     3.e9 e5f16d86-… 8559a475-34… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 5     1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 6     3.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 7     3.e9 dd238f50-… 3368a8ec-14… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… "ovalis"            
 8     2 e9 0d8cc344-… 47477744-30… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
 9     2 e9 0d8cc344-… 9bedbe4c-da… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
10     2 e9 4ebe5835-… 564c0084-da… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Amel… Amelan… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

115.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Amelanchier ovalis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 115.4: Occurrence de Amelanchier ovalis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

115.2 Modélisation de la niche climatique

115.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.905697, 46.8002, 36.88, 60.79366  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= amov Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  amov

     24996 presences,  0 true absences and  72895 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.656   Min.   :-21.996   Min.   :-10.076   Min.   : 198.1  
 1st Qu.:20.204   1st Qu.: -8.840   1st Qu.:  8.021   1st Qu.: 625.8  
 Median :24.044   Median : -3.512   Median : 12.085   Median : 713.4  
 Mean   :24.978   Mean   : -4.385   Mean   : 11.506   Mean   : 756.3  
 3rd Qu.:28.252   3rd Qu.:  0.668   3rd Qu.: 15.673   3rd Qu.: 895.2  
 Max.   :45.660   Max.   : 11.980   Max.   : 26.293   Max.   :1380.9  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.688  
 1st Qu.: 181.0   1st Qu.: 22.682  
 Median : 226.0   Median : 31.005  
 Mean   : 237.4   Mean   : 35.511  
 3rd Qu.: 301.0   3rd Qu.: 39.445  
 Max.   :1257.0   Max.   :123.521  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 115.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174984, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 115.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

115.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for amov_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for amov_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for amov_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= amov Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  amov_PA1 


-=-=-=--=-=-=- amov_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  amov_PA2 


-=-=-=--=-=-=- amov_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  amov_PA3 


-=-=-=--=-=-=- amov_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

115.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    amov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  788.0      95.404
2    amov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  776.5      95.604
3   amov_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  575.0      96.114
4   amov_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  576.5      96.094
5 amov_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  384.0      96.750
6 amov_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  388.5      96.589
  specificity calibration validation evaluation
1      87.995       0.834      0.841         NA
2      87.810       0.948      0.949         NA
3      92.205       0.883      0.887         NA
4      92.255       0.980      0.982         NA
5      93.295       0.901      0.905         NA
6      93.500       0.980      0.981         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 115.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

115.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 amov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.464617
2 amov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.228128
3 amov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.010384
4 amov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.797732
5 amov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.063136
6 amov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.160672
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 115.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 115.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

115.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 115.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

115.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : amov

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
amov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, amov_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

115.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 amov_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 amov_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  668.0      96.503      97.538
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  664.5      96.599      97.488
  calibration validation evaluation
1       0.941         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 115.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 amov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 amov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 amov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 amov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 amov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 amov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.161978
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.099692
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.019360
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.520972
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.176820
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.154958

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 115.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 115.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

115.3 Projections

115.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/amov/current


sp.name : amov

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/amov/amov.AllModels.models.out )

models.projected : 
amov_PA1_RUN1_GAM, amov_PA1_RUN1_MARS, amov_PA1_RUN1_MAXNET, amov_PA1_RUN1_GBM, amov_PA1_RUN1_RF, amov_PA2_RUN1_GAM, amov_PA2_RUN1_MARS, amov_PA2_RUN1_MAXNET, amov_PA2_RUN1_GBM, amov_PA2_RUN1_RF, amov_PA3_RUN1_GAM, amov_PA3_RUN1_MARS, amov_PA3_RUN1_MAXNET, amov_PA3_RUN1_GBM, amov_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 115.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 115.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/amov/current


sp.name : amov

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/amov/amov.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
amov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, amov_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 115.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

115.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/amov/cont_gre


sp.name : amov

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/amov/amov.AllModels.models.out )

models.projected : 
amov_PA1_RUN1_GAM, amov_PA1_RUN1_MARS, amov_PA1_RUN1_MAXNET, amov_PA1_RUN1_GBM, amov_PA1_RUN1_RF, amov_PA2_RUN1_GAM, amov_PA2_RUN1_MARS, amov_PA2_RUN1_MAXNET, amov_PA2_RUN1_GBM, amov_PA2_RUN1_RF, amov_PA3_RUN1_GAM, amov_PA3_RUN1_MARS, amov_PA3_RUN1_MAXNET, amov_PA3_RUN1_GBM, amov_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 115.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 115.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/amov/cont_gre


sp.name : amov

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/amov/amov.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
amov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, amov_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 115.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

115.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 115.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 115.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 115.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 115.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

115.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

115.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 115.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 115.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 115.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 115.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

115.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 188         636         785         721.16590   843         897   0      2000
 2 110         352         579         548.73476   772         870   126    2040
 3 111         274         492         480.38541   706         838   126    2060
 4 116         317         529         515.89228   740         843   126    2080
 5 124         366         554         531.93720   726         839   126    2100
 6 114         358         578         551.24075   772         871   245    2040
 7 110         220         394         422.70099   633         810   245    2060
 8 111         233         419         432.81868   659         802   245    2080
 9  99         176         341         368.49939   540         718   245    2100
10 106         297         522         499.54664   726         857   370    2040
11 112         242         432         437.96690   651         799   370    2060
12  89         147         295         339.31622   518         728   370    2080
13  67          94         112         161.97807   229         414   370    2100
14 105         333         546         527.59518   750         854   585    2040
15 105         190         346         380.29110   559         760   585    2060
16  74          98         143         187.18012   270         461   585    2080
17  50          81          89          92.51593    97         224   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 115.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.