159 Prunus dulcis

159.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.8vn7h5
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252684-230224095556074
  Created: 2023-05-20T18:04:33.884+00:00
  Modified: 2023-05-20T18:05:27.229+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252684-230224095556074.zip
  Total records: 6726

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 6726 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.25 ymin: -43.59473 xmax: 172.644272 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,726 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:320… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:210… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:194… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5      8e8 834a4794-… CDD01E6E-24… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6      8e8 834a4794-… 180234CE-87… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 6,716 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 6 726 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Prunus dulcis dans le monde.

Figure 159.1: Occurrences de Prunus dulcis dans le monde.

159.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.8947368421
[1] 0.02319357716
[1] 0.0005947071067

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Prunus dulcis dans la région d'endémisme.

Figure 159.2: Occurrence de Prunus dulcis dans la région d’endémisme.

159.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                    4019 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                    1851 
                                                 CC0_1_0 
                                                     104 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                      40 
   https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       4 
[1] 68.57760053
Occurrence de Prunus dulcis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 159.3: Occurrence de Prunus dulcis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 4127

159.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 4127 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.72496 ymin: 29.692377 xmax: 45.4167 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 4,127 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 4,117 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

159.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Prunus dulcis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 159.4: Occurrence de Prunus dulcis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

159.2 Modélisation de la niche climatique

159.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 4127, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.72496, 45.4167, 29.69238, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prdu Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  prdu

     4122 presences,  0 true absences and  12330 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 4.308   Min.   :-21.648   Min.   :-9.073   Min.   : 254.7  
 1st Qu.:20.876   1st Qu.: -8.616   1st Qu.: 9.885   1st Qu.: 608.6  
 Median :26.022   Median : -1.522   Median :12.921   Median : 713.4  
 Mean   :25.851   Mean   : -3.432   Mean   :12.447   Mean   : 751.2  
 3rd Qu.:29.280   3rd Qu.:  2.300   3rd Qu.:15.803   3rd Qu.: 894.8  
 Max.   :45.056   Max.   : 10.400   Max.   :25.490   Max.   :1329.8  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   4.0   Min.   :  5.946  
 1st Qu.: 180.0   1st Qu.: 26.468  
 Median : 219.0   Median : 32.805  
 Mean   : 219.8   Mean   : 37.634  
 3rd Qu.: 263.0   3rd Qu.: 41.920  
 Max.   :1224.0   Max.   :121.038  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 159.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 28869, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 159.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

159.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for prdu_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prdu_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prdu_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prdu Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  prdu_PA1 


-=-=-=--=-=-=- prdu_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  prdu_PA2 


-=-=-=--=-=-=- prdu_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  prdu_PA3 


-=-=-=--=-=-=- prdu_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

159.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    prdu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  747.0      94.027
2    prdu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  744.5      94.057
3   prdu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  531.0      92.450
4   prdu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  534.5      92.298
5 prdu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  432.0      90.115
6 prdu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  432.5      90.115
  specificity calibration validation evaluation
1      65.021       0.591      0.584         NA
2      65.021       0.754      0.738         NA
3      90.581       0.830      0.813         NA
4      90.763       0.972      0.965         NA
5      95.245       0.855      0.840         NA
6      95.366       0.974      0.968         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 159.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

159.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 prdu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.563349
2 prdu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.127296
3 prdu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.031045
4 prdu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.572297
5 prdu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.010714
6 prdu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.044699
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 159.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 159.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

159.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 159.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

159.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : prdu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
prdu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prdu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

159.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prdu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prdu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  596.0      92.819      97.324
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  598.5      92.819      97.356
  calibration validation evaluation
1       0.902         NA         NA
2       0.991         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 159.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prdu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prdu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 prdu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 prdu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 prdu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 prdu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.302305
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.074344
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.062359
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.451274
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.265595
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.110490

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 159.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 159.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

159.3 Projections

159.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prdu/current


sp.name : prdu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prdu/prdu.AllModels.models.out )

models.projected : 
prdu_PA1_RUN1_GAM, prdu_PA1_RUN1_MARS, prdu_PA1_RUN1_MAXNET, prdu_PA1_RUN1_GBM, prdu_PA1_RUN1_ANN, prdu_PA1_RUN1_RF, prdu_PA2_RUN1_GAM, prdu_PA2_RUN1_MARS, prdu_PA2_RUN1_MAXNET, prdu_PA2_RUN1_GBM, prdu_PA2_RUN1_ANN, prdu_PA2_RUN1_RF, prdu_PA3_RUN1_GAM, prdu_PA3_RUN1_MARS, prdu_PA3_RUN1_MAXNET, prdu_PA3_RUN1_GBM, prdu_PA3_RUN1_ANN, prdu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 159.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 159.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prdu/current


sp.name : prdu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prdu/prdu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prdu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prdu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 159.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

159.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prdu/cont_gre


sp.name : prdu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prdu/prdu.AllModels.models.out )

models.projected : 
prdu_PA1_RUN1_GAM, prdu_PA1_RUN1_MARS, prdu_PA1_RUN1_MAXNET, prdu_PA1_RUN1_GBM, prdu_PA1_RUN1_ANN, prdu_PA1_RUN1_RF, prdu_PA2_RUN1_GAM, prdu_PA2_RUN1_MARS, prdu_PA2_RUN1_MAXNET, prdu_PA2_RUN1_GBM, prdu_PA2_RUN1_ANN, prdu_PA2_RUN1_RF, prdu_PA3_RUN1_GAM, prdu_PA3_RUN1_MARS, prdu_PA3_RUN1_MAXNET, prdu_PA3_RUN1_GBM, prdu_PA3_RUN1_ANN, prdu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 159.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 159.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prdu/cont_gre


sp.name : prdu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prdu/prdu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prdu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prdu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 159.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

159.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 159.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 159.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 159.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 159.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

159.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

159.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 159.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 159.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 159.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 159.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

159.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 187         429         554         551.5103    691         797   0      2000
 2 181         458         584         553.7599    669         773   126    2040
 3 201         440         560         531.9167    652         752   126    2060
 4 200         449         588         548.9459    671         776   126    2080
 5 206         457         581         549.0506    661         738   126    2100
 6 202         463         590         555.4807    666         752   245    2040
 7 196         408         464         490.9562    635         745   245    2060
 8 197         418         541         510.5802    657         720   245    2080
 9 195         374         441         462.4627    628         690   245    2100
10 168         425         527         517.1777    643         750   370    2040
11 198         424         531         508.7774    642         727   370    2060
12 192         349         440         455.9174    626         696   370    2080
13 175         223         321         294.1619    345         482   370    2100
14 192         450         577         548.7405    672         780   585    2040
15 194         392         451         473.8576    624         689   585    2060
16 150         240         342         312.7072    365         530   585    2080
17 152         191         224         224.3347    259         326   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 159.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.