214 Pinus brutia

214.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.95a32n
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260898-230224095556074
  Created: 2023-05-25T12:04:29.981+00:00
  Modified: 2023-05-25T12:05:26.562+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260898-230224095556074.zip
  Total records: 520

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 520 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.296237 ymin: -26.895 xmax: 65.85012 ymax: 48.84401
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 520 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 923052594 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 2 923045439 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 3 923041954 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 4 923030440 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 5 923026058 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 6 922985436 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 7 922970109 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 8 922960982 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 9 910471706 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:27… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
10 910471684 837acfc2-f762-11e… "HSS:HSS:27… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
# ℹ 510 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

Il y a 520 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 214.1: Occurrences de Pinus brutia dans le monde.

214.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9442307692

[1] 0.03653846154

[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Figure 214.2: Occurrence de Pinus brutia dans la région d’endémisme.

214.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         227          244           20 

[1] 50.30549898

Figure 214.3: Occurrence de Pinus brutia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 247

Moins de 500 occurrences utilisables