41 Morus australis

41.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.ujhhsv
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232092-230224095556074
  Created: 2023-05-11T07:06:15.228+00:00
  Modified: 2023-05-11T07:07:01.684+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232092-230224095556074.zip
  Total records: 3047

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 3047 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -147.63718 ymin: -25.85906 xmax: 145.0602 ymax: 56.684199
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 3,047 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 1b412457-… 5976698      Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 2     9e8 1b412457-… 5182251      Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 3     8e8 29d56be4-… TAI222891    Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 4     8e8 29d56be4-… TAI222962    Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 5     8e8 29d56be4-… TAI222963    Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 6     8e8 29d56be4-… TAI229586    Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 7     8e8 29d56be4-… TAI229587    Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 8     8e8 29d56be4-… TAI229984    Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 9     8e8 29d56be4-… TAI229985    Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
10     8e8 29d56be4-… TAI256069    Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
# ℹ 3,037 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 3 047 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Morus australis dans le monde.

Figure 41.1: Occurrences de Morus australis dans le monde.

41.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.03478831638
[1] 0.003281916639
[1] 0.9563505087

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Morus australis dans la région d'endémisme.

Figure 41.2: Occurrence de Morus australis dans la région d’endémisme.

41.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        1406         1438           70 
[1] 50.65202471
Occurrence de Morus australis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 41.3: Occurrence de Morus australis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 1476

41.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1476 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 89.841904 ymin: 14.85 xmax: 145.0602 ymax: 44.73
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,476 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 1b412457-… 5976698      Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 2     9e8 1b412457-… 5182251      Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 3     7e8 86185376-… 7beb11b8-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 4     7e8 86185376-… 7b240b2c-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 5     7e8 86185376-… 7b22535e-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 6     7e8 86185376-… 7b16ab80-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 7     7e8 86185376-… 7b165bd0-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 8     7e8 86185376-… 7ab6869c-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
 9     6e8 80fc4302-… ebb0c6b4-f1… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
10     6e8 80fc4302-… ebb09e64-f1… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Morus Morus … ""                  
# ℹ 1,466 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

41.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Morus australis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 41.4: Occurrence de Morus australis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

41.2 Modélisation de la niche climatique

41.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1476, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 89.8419, 145.0602, 14.85, 44.73  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= moau Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  moau

     1460 presences,  0 true absences and  4421 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 1.932   Min.   :-44.012   Min.   :-16.95   Min.   :  20.09  
 1st Qu.:22.460   1st Qu.:-21.692   1st Qu.: 15.77   1st Qu.: 629.61  
 Median :27.160   Median : -7.536   Median : 20.68   Median : 872.59  
 Mean   :25.755   Mean   : -8.482   Mean   : 19.40   Mean   : 919.52  
 3rd Qu.:30.052   3rd Qu.:  4.392   3rd Qu.: 24.61   3rd Qu.:1286.11  
 Max.   :39.536   Max.   : 25.300   Max.   : 34.22   Max.   :1950.94  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  11.0   Min.   :  8.873  
 1st Qu.: 206.0   1st Qu.: 48.885  
 Median : 407.0   Median : 79.484  
 Mean   : 491.7   Mean   : 77.400  
 3rd Qu.: 676.0   3rd Qu.:101.980  
 Max.   :5269.0   Max.   :163.969  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 41.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 10268, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.02083, 147.8958, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 41.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

41.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for moau_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for moau_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for moau_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= moau Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  moau_PA1 


-=-=-=--=-=-=- moau_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  moau_PA2 


-=-=-=--=-=-=- moau_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  moau_PA3 


-=-=-=--=-=-=- moau_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

41.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    moau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  677.0      98.545
2    moau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  883.5      96.918
3   moau_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  465.0      96.661
4   moau_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  466.5      96.661
5 moau_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  354.0      96.918
6 moau_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  355.0      96.918
  specificity calibration validation evaluation
1      64.860       0.634      0.654         NA
2      66.638       0.750      0.763         NA
3      92.633       0.893      0.908         NA
4      92.718       0.979      0.983         NA
5      90.601       0.879      0.895         NA
6      90.940       0.979      0.985         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 41.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

41.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 moau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.114721
2 moau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.141785
3 moau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.004750
4 moau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.736970
5 moau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.248354
6 moau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.126201
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 41.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 41.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

41.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 41.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

41.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : moau

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
moau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, moau_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

41.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 moau_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 moau_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  573.0      97.534      96.109
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  575.5      97.534      96.200
  calibration validation evaluation
1       0.937         NA         NA
2       0.993         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 41.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 moau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 moau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 moau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 moau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 moau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 moau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.130019
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.295620
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.045188
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.404354
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.357665
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.209611

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 41.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 41.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

41.3 Projections

41.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/moau/current


sp.name : moau

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/moau/moau.AllModels.models.out )

models.projected : 
moau_PA1_RUN1_GAM, moau_PA1_RUN1_MARS, moau_PA1_RUN1_MAXNET, moau_PA1_RUN1_GBM, moau_PA1_RUN1_ANN, moau_PA1_RUN1_RF, moau_PA2_RUN1_GAM, moau_PA2_RUN1_MARS, moau_PA2_RUN1_MAXNET, moau_PA2_RUN1_GBM, moau_PA2_RUN1_ANN, moau_PA2_RUN1_RF, moau_PA3_RUN1_GAM, moau_PA3_RUN1_MARS, moau_PA3_RUN1_MAXNET, moau_PA3_RUN1_GBM, moau_PA3_RUN1_ANN, moau_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 41.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 41.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/moau/current


sp.name : moau

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/moau/moau.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
moau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, moau_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 41.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

41.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/moau/cont_gre


sp.name : moau

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/moau/moau.AllModels.models.out )

models.projected : 
moau_PA1_RUN1_GAM, moau_PA1_RUN1_MARS, moau_PA1_RUN1_MAXNET, moau_PA1_RUN1_GBM, moau_PA1_RUN1_ANN, moau_PA1_RUN1_RF, moau_PA2_RUN1_GAM, moau_PA2_RUN1_MARS, moau_PA2_RUN1_MAXNET, moau_PA2_RUN1_GBM, moau_PA2_RUN1_ANN, moau_PA2_RUN1_RF, moau_PA3_RUN1_GAM, moau_PA3_RUN1_MARS, moau_PA3_RUN1_MAXNET, moau_PA3_RUN1_GBM, moau_PA3_RUN1_ANN, moau_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 41.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 41.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/moau/cont_gre


sp.name : moau

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/moau/moau.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
moau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, moau_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 41.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

41.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 41.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 41.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 41.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 41.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

41.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

41.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 41.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 41.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 41.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 41.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

41.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 247         376         422         432.9252    475         755   0      2000
 2 208         323         381         393.0560    459         759   126    2040
 3 192         283         347         360.7821    431         735   126    2060
 4 199         301         380         396.4190    466         770   126    2080
 5 192         291         359         381.3606    445         750   126    2100
 6 202         316         379         390.5959    460         759   245    2040
 7 198         288         365         382.4255    454         750   245    2060
 8 185         259         334         347.2560    424         728   245    2080
 9 176         244         306         324.2802    391         699   245    2100
10 210         327         384         396.9959    463         762   370    2040
11 191         272         341         357.2133    427         735   370    2060
12 170         229         275         286.2446    341         638   370    2080
13 136         186         217         244.9152    275         666   370    2100
14 206         320         391         406.1976    472         769   585    2040
15 184         263         335         356.2740    424         750   585    2060
16 164         213         251         281.0175    343         668   585    2080
17 113         173         178         182.8040    192         564   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 41.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.