48 Alnus cordata

48.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.m6ev7s
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232202-230224095556074
  Created: 2023-05-11T08:14:48.213+00:00
  Modified: 2023-05-11T08:15:44.422+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232202-230224095556074.zip
  Total records: 6066

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 6066 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.2669 ymin: -45.038527 xmax: 175.908955 ymax: 62.8534
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,066 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 2     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 3     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 4     8e8 834a4794-… "5912C1EB-2… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 5     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 6     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 7     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 8     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 9     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
10     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
# ℹ 6,056 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 6 066 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Alnus cordata dans le monde.

Figure 48.1: Occurrences de Alnus cordata dans le monde.

48.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9940652819
[1] 0.001483679525
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Alnus cordata dans la région d'endémisme.

Figure 48.2: Occurrence de Alnus cordata dans la région d’endémisme.

48.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       2241 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       1102 
                                                    CC0_1_0 
                                                        176 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       2031 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        451 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         29 
[1] 48.04311774
Occurrence de Alnus cordata dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 48.3: Occurrence de Alnus cordata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 2897

48.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 2897 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.057541 ymin: 37.175556 xmax: 16.637868 ymax: 62.8534
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,897 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 2     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 3     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 4     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 5     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 6     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 7     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 8     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 9     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
10     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
# ℹ 2,887 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

48.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Alnus cordata dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 48.4: Occurrence de Alnus cordata dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

48.2 Modélisation de la niche climatique

48.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 2897, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.057541, 16.63787, 37.17556, 62.8534  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= alco Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  alco

     2894 presences,  0 true absences and  8670 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 5.044   Min.   :-21.588   Min.   :-9.007   Min.   : 259.4  
 1st Qu.:20.532   1st Qu.: -8.590   1st Qu.: 8.296   1st Qu.: 577.2  
 Median :23.904   Median : -1.386   Median :12.259   Median : 718.7  
 Mean   :25.116   Mean   : -3.452   Mean   :11.955   Mean   : 740.5  
 3rd Qu.:28.473   3rd Qu.:  1.800   3rd Qu.:15.828   3rd Qu.: 893.6  
 Max.   :44.872   Max.   : 11.267   Max.   :24.013   Max.   :1371.1  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   6.0   Min.   :  8.127  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 23.298  
 Median : 220.0   Median : 32.075  
 Mean   : 226.2   Mean   : 36.298  
 3rd Qu.: 269.0   3rd Qu.: 43.063  
 Max.   :1214.0   Max.   :122.649  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 48.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 20267, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 48.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

48.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for alco_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for alco_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for alco_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= alco Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  alco_PA1 


-=-=-=--=-=-=- alco_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  alco_PA2 


-=-=-=--=-=-=- alco_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  alco_PA3 


-=-=-=--=-=-=- alco_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

48.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    alco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  475.0      98.747
2    alco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  573.5      97.840
3   alco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  421.0      96.587
4   alco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  423.5      96.587
5 alco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  324.0      97.149
6 alco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  326.0      97.106
  specificity calibration validation evaluation
1      68.637       0.674      0.649         NA
2      69.629       0.781      0.763         NA
3      86.109       0.827      0.803         NA
4      86.152       0.956      0.947         NA
5      85.634       0.828      0.810         NA
6      85.720       0.949      0.944         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 48.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

48.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 alco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.283000
2 alco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.223812
3 alco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.003487
4 alco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.623042
5 alco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.013396
6 alco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.027799
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 48.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 48.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

48.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 48.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

48.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : alco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
alco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

48.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 alco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 alco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  535.0      96.890      90.519
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  541.5      96.821      90.634
  calibration validation evaluation
1       0.874         NA         NA
2       0.986         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 48.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 alco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 alco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 alco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 alco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 alco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 alco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.110192
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.539954
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.016104
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.080605
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.088143
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.159794

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 48.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 48.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

48.3 Projections

48.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alco/current


sp.name : alco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alco/alco.AllModels.models.out )

models.projected : 
alco_PA1_RUN1_GAM, alco_PA1_RUN1_MARS, alco_PA1_RUN1_MAXNET, alco_PA1_RUN1_GBM, alco_PA1_RUN1_RF, alco_PA2_RUN1_GAM, alco_PA2_RUN1_MARS, alco_PA2_RUN1_MAXNET, alco_PA2_RUN1_GBM, alco_PA2_RUN1_ANN, alco_PA2_RUN1_RF, alco_PA3_RUN1_GAM, alco_PA3_RUN1_MARS, alco_PA3_RUN1_MAXNET, alco_PA3_RUN1_GBM, alco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 48.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 48.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alco/current


sp.name : alco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alco/alco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
alco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 48.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

48.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alco/cont_gre


sp.name : alco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alco/alco.AllModels.models.out )

models.projected : 
alco_PA1_RUN1_GAM, alco_PA1_RUN1_MARS, alco_PA1_RUN1_MAXNET, alco_PA1_RUN1_GBM, alco_PA1_RUN1_RF, alco_PA2_RUN1_GAM, alco_PA2_RUN1_MARS, alco_PA2_RUN1_MAXNET, alco_PA2_RUN1_GBM, alco_PA2_RUN1_ANN, alco_PA2_RUN1_RF, alco_PA3_RUN1_GAM, alco_PA3_RUN1_MARS, alco_PA3_RUN1_MAXNET, alco_PA3_RUN1_GBM, alco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 48.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 48.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alco/cont_gre


sp.name : alco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alco/alco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
alco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 48.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

48.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 48.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 48.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 48.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 48.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

48.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

48.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 48.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 48.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 48.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 48.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

48.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 346         574         671         663.8488    756         839   0      2000
 2 401         704         787         754.2260    812         853   126    2040
 3 380         706         792         751.6024    813         857   126    2060
 4 384         711         802         761.2062    829         859   126    2080
 5 377         711         793         755.1715    820         860   126    2100
 6 401         724         800         764.4871    824         856   245    2040
 7 379         695         793         745.9351    815         853   245    2060
 8 369         668         789         732.6272    813         859   245    2080
 9 365         645         769         706.1169    793         848   245    2100
10 393         689         780         742.5428    803         847   370    2040
11 377         687         788         740.8484    810         856   370    2060
12 352         622         753         687.0481    782         845   370    2080
13 313         573         670         625.5149    735         799   370    2100
14 407         714         795         761.1771    820         857   585    2040
15 368         674         786         732.8972    804         858   585    2060
16 317         608         701         656.0713    774         832   585    2080
17 282         375         611         545.7975    650         785   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 48.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.