234 Ulmus minor

234.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.g4pk6j
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0261019-230224095556074
  Created: 2023-05-25T13:28:32.098+00:00
  Modified: 2023-05-25T13:39:25.665+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0261019-230224095556074.zip
  Total records: 139683

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 139683 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.849688 ymin: -43.575412 xmax: 174.854435 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 139,683 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 2827424967 9360958c-3534-4d… adc798ac-cf… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 2 2829643127 9360958c-3534-4d… d5f6bfe5-3e… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 3 1108093739 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 4 1108521786 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 5 1106431059 75956ee6-1a2b-4f… http://digi… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 6 1106562177 75956ee6-1a2b-4f… http://digi… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 7 1110457778 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 8 1110608446 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 9 1110831546 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
10 1108068801 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
# ℹ 139,673 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 139 683 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Ulmus minor dans le monde.

Figure 234.1: Occurrences de Ulmus minor dans le monde.

234.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9986898907
[1] 0.0005154528468
[1] 7.159067317e-06

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Ulmus minor dans la région d'endémisme.

Figure 234.2: Occurrence de Ulmus minor dans la région d’endémisme.

234.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      117814        11065        10621 
[1] 92.06810036
Occurrence de Ulmus minor dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 234.3: Occurrence de Ulmus minor dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 128435

234.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.472778 ymin: 31.793848 xmax: 46.38027 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 1106433226 75956ee6-1a2b-4f… "http://dig… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 2 1109437107 75956ee6-1a2b-4f… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 3 2610987046 50c9509d-22c7-4a… "https://ww… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 4 2506515117 dd238f50-f594-4e… "df7e8e4d-6… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 5 1286310119 740df67d-5663-41… "F0253B82-8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 6   22725930 857aa892-f762-11… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 7   22689138 857aa892-f762-11… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 8  871511077 271c444f-f8d8-49… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
 9 1121911907 75956ee6-1a2b-4f… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
10 3488032219 dd238f50-f594-4e… "3f64c63f-9… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus …
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

234.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Ulmus minor dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 234.4: Occurrence de Ulmus minor dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

234.2 Modélisation de la niche climatique

234.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.472778, 46.38027, 31.79385, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ulmi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  ulmi

     24957 presences,  0 true absences and  72853 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.000   Min.   :-12.091   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.71   1st Qu.: -8.708   1st Qu.:  8.199   1st Qu.: 586.6  
 Median :24.32   Median : -1.664   Median : 12.633   Median : 717.1  
 Mean   :25.16   Mean   : -3.718   Mean   : 12.131   Mean   : 745.3  
 3rd Qu.:28.18   3rd Qu.:  1.332   3rd Qu.: 16.136   3rd Qu.: 894.9  
 Max.   :45.60   Max.   : 12.124   Max.   : 26.293   Max.   :1375.5  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   5.0   Min.   :  5.671  
 1st Qu.: 172.0   1st Qu.: 20.252  
 Median : 210.0   Median : 30.668  
 Mean   : 212.3   Mean   : 34.138  
 3rd Qu.: 245.0   3rd Qu.: 39.451  
 Max.   :1260.0   Max.   :123.521  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 234.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174828, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.52083, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 234.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

234.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for ulmi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ulmi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ulmi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ulmi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  ulmi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- ulmi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  ulmi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- ulmi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  ulmi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- ulmi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

234.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    ulmi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  636.0      96.078
2    ulmi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  634.5      96.103
3   ulmi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  398.0      97.090
4   ulmi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  402.5      97.005
5 ulmi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  349.0      96.759
6 ulmi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  353.5      96.589
  specificity calibration validation evaluation
1      61.445       0.575      0.569         NA
2      61.425       0.694      0.688         NA
3      87.040       0.841      0.838         NA
4      87.140       0.968      0.965         NA
5      88.915       0.857      0.853         NA
6      89.125       0.970      0.968         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 234.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

234.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 ulmi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.393594
2 ulmi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.164972
3 ulmi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.034836
4 ulmi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.523580
5 ulmi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.011579
6 ulmi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.022801
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 234.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 234.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

234.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 234.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

234.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : ulmi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
ulmi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ulmi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

234.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ulmi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ulmi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  586.0      95.785      94.854
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  527.5      96.963      93.724
  calibration validation evaluation
1       0.907         NA         NA
2       0.991         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 234.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ulmi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ulmi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 ulmi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 ulmi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 ulmi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 ulmi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.165716
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.164136
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.030573
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.339697
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.077220
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.169036

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 234.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 234.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

234.3 Projections

234.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulmi/current


sp.name : ulmi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulmi/ulmi.AllModels.models.out )

models.projected : 
ulmi_PA1_RUN1_GAM, ulmi_PA1_RUN1_MARS, ulmi_PA1_RUN1_MAXNET, ulmi_PA1_RUN1_GBM, ulmi_PA1_RUN1_RF, ulmi_PA2_RUN1_GAM, ulmi_PA2_RUN1_MARS, ulmi_PA2_RUN1_MAXNET, ulmi_PA2_RUN1_GBM, ulmi_PA2_RUN1_RF, ulmi_PA3_RUN1_GAM, ulmi_PA3_RUN1_MARS, ulmi_PA3_RUN1_MAXNET, ulmi_PA3_RUN1_GBM, ulmi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 234.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 234.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulmi/current


sp.name : ulmi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulmi/ulmi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ulmi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ulmi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 234.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

234.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulmi/cont_gre


sp.name : ulmi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulmi/ulmi.AllModels.models.out )

models.projected : 
ulmi_PA1_RUN1_GAM, ulmi_PA1_RUN1_MARS, ulmi_PA1_RUN1_MAXNET, ulmi_PA1_RUN1_GBM, ulmi_PA1_RUN1_RF, ulmi_PA2_RUN1_GAM, ulmi_PA2_RUN1_MARS, ulmi_PA2_RUN1_MAXNET, ulmi_PA2_RUN1_GBM, ulmi_PA2_RUN1_RF, ulmi_PA3_RUN1_GAM, ulmi_PA3_RUN1_MARS, ulmi_PA3_RUN1_MAXNET, ulmi_PA3_RUN1_GBM, ulmi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 234.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 234.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulmi/cont_gre


sp.name : ulmi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulmi/ulmi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ulmi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ulmi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 234.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

234.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 234.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 234.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 234.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 234.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

234.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

234.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 234.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 234.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 234.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 234.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

234.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 190         522         586         589.7692    688         826   0      2000
 2 216         444         580         552.9482    682         825   126    2040
 3 183         404         552         519.0916    645         805   126    2060
 4 195         397         544         520.7380    653         801   126    2080
 5 217         427         576         542.2483    671         811   126    2100
 6 219         440         581         558.3143    695         812   245    2040
 7 125         340         490         457.4535    565         754   245    2060
 8 130         327         489         462.7881    581         789   245    2080
 9 121         284         432         402.7684    505         701   245    2100
10 142         404         544         516.5742    642         815   370    2040
11 134         362         513         484.4824    598         798   370    2060
12 114         255         421         386.5333    497         709   370    2080
13  92         137         207         203.2459    255         444   370    2100
14 217         418         555         530.1960    656         799   585    2040
15 122         316         471         438.9313    547         724   585    2060
16 107         141         231         225.4809    287         457   585    2080
17  76         137         156         157.7531    175         280   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 234.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.