183 Torminalis glaberrima

183.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.xp2yjt
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260120-230224095556074
  Created: 2023-05-24T20:01:31.988+00:00
  Modified: 2023-05-24T20:03:17.640+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260120-230224095556074.zip
  Total records: 81888

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 81888 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.3 ymin: 33.3 xmax: 85.74881 ymax: 61.43256
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 81,888 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 2      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:384… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 3      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:286… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 4      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:272… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 5      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:272… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 6      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:272… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 7      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:272… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 8      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:272… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 9      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:232… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
10      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:232… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
# ℹ 81,878 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 81 888 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Torminalis glaberrima dans le monde.

Figure 183.1: Occurrences de Torminalis glaberrima dans le monde.

183.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.999816823
[1] 6.105900742e-05
[1] 2.442360297e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Torminalis glaberrima dans la région d'endémisme.

Figure 183.2: Occurrence de Torminalis glaberrima dans la région d’endémisme.

183.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      76683 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       1441 
                                                    CC0_1_0 
                                                        979 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       1553 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       1070 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                        147 
[1] 96.34311678
Occurrence de Torminalis glaberrima dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 183.3: Occurrence de Torminalis glaberrima dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 78879

183.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -6.831466 ymin: 38.17 xmax: 46.415 ymax: 59.052
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     1.e9 64dabd3c-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 2     2 e9 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 3     3.e9 e5f16d86-… "7ccd69bd-4… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 4     3.e9 bd8ee748-… "a6eae415-3… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 5     2 e9 64dabd3c-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 6     1 e9 75956ee6-… "http://dig… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 7     3.e9 e5f16d86-… "694aeae6-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 8     3.e9 dd238f50-… "526c0019-c… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
 9     2 e9 dd238f50-… "f33b722f-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
10     3.e9 e5f16d86-… "3722eda2-7… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Torm… Tormin… NA                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

183.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Torminalis glaberrima dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 183.4: Occurrence de Torminalis glaberrima dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

183.2 Modélisation de la niche climatique

183.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -6.831466, 46.415, 38.17, 59.052  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= togl Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  togl

     24995 presences,  0 true absences and  72868 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 2.272   Min.   :-21.980   Min.   :-9.918   Min.   : 202.1  
 1st Qu.:20.872   1st Qu.: -8.690   1st Qu.: 7.833   1st Qu.: 594.3  
 Median :24.256   Median : -1.784   Median :12.445   Median : 716.0  
 Mean   :25.150   Mean   : -3.794   Mean   :11.918   Mean   : 747.0  
 3rd Qu.:27.940   3rd Qu.:  1.267   3rd Qu.:16.049   3rd Qu.: 894.9  
 Max.   :45.976   Max.   : 11.700   Max.   :26.407   Max.   :1380.9  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.63  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 18.68  
 Median : 213.0   Median : 30.16  
 Mean   : 214.4   Mean   : 33.68  
 3rd Qu.: 246.0   3rd Qu.: 39.06  
 Max.   :1260.0   Max.   :124.09  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 183.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174980, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 183.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

183.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for togl_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for togl_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for togl_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= togl Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  togl_PA1 


-=-=-=--=-=-=- togl_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  togl_PA2 


-=-=-=--=-=-=- togl_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  togl_PA3 


-=-=-=--=-=-=- togl_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

183.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    togl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  596.0      97.690
2    togl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  602.5      97.635
3   togl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  433.0      98.245
4   togl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  460.5      97.950
5 togl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  284.0      98.530
6 togl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  280.5      98.720
  specificity calibration validation evaluation
1      71.040       0.687      0.672         NA
2      71.160       0.846      0.837         NA
3      91.115       0.894      0.885         NA
4      91.480       0.978      0.976         NA
5      90.065       0.886      0.874         NA
6      89.970       0.978      0.975         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 183.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

183.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 togl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.289439
2 togl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.230751
3 togl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.036754
4 togl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.425028
5 togl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.114416
6 togl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.057241
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 183.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 183.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

183.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 183.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

183.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : togl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
togl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, togl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

183.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 togl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 togl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  563.0      97.988      95.743
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  563.5      97.980      95.759
  calibration validation evaluation
1       0.937         NA         NA
2       0.995         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 183.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 togl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 togl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 togl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 togl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 togl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 togl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.141463
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.140879
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.013981
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.249264
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.063245
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.112654

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 183.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 183.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

183.3 Projections

183.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/togl/current


sp.name : togl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/togl/togl.AllModels.models.out )

models.projected : 
togl_PA1_RUN1_GAM, togl_PA1_RUN1_MARS, togl_PA1_RUN1_MAXNET, togl_PA1_RUN1_GBM, togl_PA1_RUN1_RF, togl_PA2_RUN1_GAM, togl_PA2_RUN1_MARS, togl_PA2_RUN1_MAXNET, togl_PA2_RUN1_GBM, togl_PA2_RUN1_RF, togl_PA3_RUN1_GAM, togl_PA3_RUN1_MARS, togl_PA3_RUN1_MAXNET, togl_PA3_RUN1_GBM, togl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 183.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 183.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/togl/current


sp.name : togl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/togl/togl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
togl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, togl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 183.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

183.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/togl/cont_gre


sp.name : togl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/togl/togl.AllModels.models.out )

models.projected : 
togl_PA1_RUN1_GAM, togl_PA1_RUN1_MARS, togl_PA1_RUN1_MAXNET, togl_PA1_RUN1_GBM, togl_PA1_RUN1_RF, togl_PA2_RUN1_GAM, togl_PA2_RUN1_MARS, togl_PA2_RUN1_MAXNET, togl_PA2_RUN1_GBM, togl_PA2_RUN1_RF, togl_PA3_RUN1_GAM, togl_PA3_RUN1_MARS, togl_PA3_RUN1_MAXNET, togl_PA3_RUN1_GBM, togl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 183.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 183.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/togl/cont_gre


sp.name : togl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/togl/togl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
togl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, togl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 183.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

183.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 183.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 183.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 183.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 183.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

183.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

183.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 183.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 183.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 183.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 183.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

183.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  85         410         565         567.27927   723         844   0      2000
 2  70         461         627         566.45639   717         816   126    2040
 3  58         418         604         525.61132   680         788   126    2060
 4  66         398         585         519.78910   672         785   126    2080
 5 117         455         624         547.57138   681         767   126    2100
 6  74         461         628         568.60362   726         808   245    2040
 7  49         294         539         462.34650   622         769   245    2060
 8  48         279         528         464.40635   633         730   245    2080
 9  52         255         471         403.39708   566         704   245    2100
10  51         427         613         540.46814   704         812   370    2040
11  57         319         572         492.09894   648         743   370    2060
12  54         239         453         387.85696   559         706   370    2080
13  33          52         137         143.35113   215         498   370    2100
14  66         423         599         533.48708   678         797   585    2040
15  47         268         513         442.80879   611         712   585    2060
16  34          58         192         183.80812   272         525   585    2080
17  26          36          44          50.41168    52         182   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 183.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.