116 Betula pubescens

116.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.an8qhu
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252470-230224095556074
  Created: 2023-05-20T15:45:22.458+00:00
  Modified: 2023-05-20T15:50:17.794+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252470-230224095556074.zip
  Total records: 279028

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 279028 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.034915 ymin: -37.3833 xmax: 144.575 ymax: 71.98728
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 279,028 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      2e9 835613da-… 7549C4B6-A8… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 2      2e9 835613da-… 6A709B27-E7… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 3      2e9 835613da-… 8C66504A-AB… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 4      2e9 835613da-… E9311E7F-2C… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 5      2e9 835613da-… F2573F55-97… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 6      2e9 835613da-… 9903975C-F0… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 7      2e9 835613da-… BF0426E6-FB… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 8      2e9 835613da-… 63B8D868-67… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 9      2e9 835613da-… EC218B99-16… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
10      2e9 835613da-… 4F99A563-26… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
# ℹ 279,018 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 279 028 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Betula pubescens dans le monde.

Figure 116.1: Occurrences de Betula pubescens dans le monde.

116.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9908073742
[1] 0.0001110999613
[1] 0.003268489184

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Betula pubescens dans la région d'endémisme.

Figure 116.2: Occurrence de Betula pubescens dans la région d’endémisme.

116.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      192255        38141        46067 
[1] 86.20394049
Occurrence de Betula pubescens dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 116.3: Occurrence de Betula pubescens dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 238322

116.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.137485 ymin: 40.674401 xmax: 46.94 ymax: 70.9381
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1.e9 b124e1e0-… urn:uuid:c3… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… "pubescens"         
 2     1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 3     1 e9 740df67d-… A2EACA0F-C0… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 4     2 e9 67fabcac-… 8069063      Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 5     1.e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 6     3.e9 fef99f8e-… 13c6e8dd-98… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 7     1 e9 740df67d-… 3CCE1560-51… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 8     1 e9 75956ee6-… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
 9     2 e9 67fabcac-… 15718942     Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
10     2 e9 67fabcac-… 21965258     Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Betu… Betula… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

116.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Betula pubescens dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 116.4: Occurrence de Betula pubescens dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

116.2 Modélisation de la niche climatique

116.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.13748, 46.94, 40.6744, 70.9381  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= bepu Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  bepu

     24943 presences,  0 true absences and  72851 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.084   Min.   :-9.616   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:19.40   1st Qu.:-10.116   1st Qu.: 8.371   1st Qu.: 606.7  
 Median :22.10   Median : -4.116   Median :12.381   Median : 750.9  
 Mean   :24.03   Mean   : -4.873   Mean   :11.828   Mean   : 762.6  
 3rd Qu.:27.86   3rd Qu.:  0.436   3rd Qu.:15.758   3rd Qu.: 910.2  
 Max.   :45.91   Max.   : 12.400   Max.   :25.944   Max.   :1380.9  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.496  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 23.503  
 Median : 215.0   Median : 31.256  
 Mean   : 221.3   Mean   : 35.803  
 3rd Qu.: 251.0   3rd Qu.: 39.414  
 Max.   :1257.0   Max.   :122.927  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 116.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174772, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.47917, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 116.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

116.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for bepu_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for bepu_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for bepu_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= bepu Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  bepu_PA1 


-=-=-=--=-=-=- bepu_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  bepu_PA2 


-=-=-=--=-=-=- bepu_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  bepu_PA3 


-=-=-=--=-=-=- bepu_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

116.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    bepu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  545.0      88.935
2    bepu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  537.5      89.366
3   bepu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  443.0      90.964
4   bepu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  438.5      91.250
5 bepu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  378.0      90.784
6 bepu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  378.5      90.648
  specificity calibration validation evaluation
1      62.470       0.514      0.504         NA
2      62.090       0.748      0.744         NA
3      79.370       0.704      0.698         NA
4      79.155       0.930      0.930         NA
5      79.230       0.701      0.692         NA
6      79.425       0.926      0.924         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 116.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

116.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 bepu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.548694
2 bepu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.169725
3 bepu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.043442
4 bepu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.394406
5 bepu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.017697
6 bepu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.195693
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 116.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 116.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

116.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 116.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

116.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : bepu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
bepu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, bepu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

116.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 bepu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 bepu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  626.0      96.263      95.566
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  628.5      96.203      95.639
  calibration validation evaluation
1       0.918         NA         NA
2       0.994         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 116.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 bepu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 bepu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 bepu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 bepu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 bepu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 bepu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.591844
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.460156
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.395085
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.487110
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.339310
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.398324

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 116.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 116.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

116.3 Projections

116.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bepu/current


sp.name : bepu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bepu/bepu.AllModels.models.out )

models.projected : 
bepu_PA1_RUN1_GAM, bepu_PA1_RUN1_MARS, bepu_PA1_RUN1_MAXNET, bepu_PA1_RUN1_GBM, bepu_PA1_RUN1_RF, bepu_PA2_RUN1_GAM, bepu_PA2_RUN1_MARS, bepu_PA2_RUN1_MAXNET, bepu_PA2_RUN1_GBM, bepu_PA2_RUN1_RF, bepu_PA3_RUN1_GAM, bepu_PA3_RUN1_MARS, bepu_PA3_RUN1_MAXNET, bepu_PA3_RUN1_GBM, bepu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 116.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 116.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bepu/current


sp.name : bepu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bepu/bepu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
bepu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, bepu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 116.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

116.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bepu/cont_gre


sp.name : bepu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bepu/bepu.AllModels.models.out )

models.projected : 
bepu_PA1_RUN1_GAM, bepu_PA1_RUN1_MARS, bepu_PA1_RUN1_MAXNET, bepu_PA1_RUN1_GBM, bepu_PA1_RUN1_RF, bepu_PA2_RUN1_GAM, bepu_PA2_RUN1_MARS, bepu_PA2_RUN1_MAXNET, bepu_PA2_RUN1_GBM, bepu_PA2_RUN1_RF, bepu_PA3_RUN1_GAM, bepu_PA3_RUN1_MARS, bepu_PA3_RUN1_MAXNET, bepu_PA3_RUN1_GBM, bepu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 116.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 116.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bepu/cont_gre


sp.name : bepu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bepu/bepu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
bepu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, bepu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 116.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

116.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 116.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 116.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 116.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 116.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

116.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

116.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 116.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 116.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 116.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 116.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

116.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 13          80          326         371.738940  636         982   0      2000
 2  1          15           85         143.430740  256         663   126    2040
 3  2          11           29          94.514363  176         571   126    2060
 4  2          10           23          81.730493  143         564   126    2080
 5  3          13           29          95.384132  184         551   126    2100
 6  1          13           63         134.124724  248         621   245    2040
 7  1           8           15          49.798007   75         386   245    2060
 8  1          11           17          31.598233   26         342   245    2080
 9  1           9           15          19.270546   22         245   245    2100
10  1          11           71         125.982366  229         632   370    2040
11  3          11           19          57.933026   89         412   370    2060
12  2          11           15          18.092709   23         230   370    2080
13  0           5            7           7.825036   10          45   370    2100
14  1          10           50         106.276537  205         623   585    2040
15  2           8           13          32.660867   27         296   585    2060
16  0           5            8           8.881445   12          69   585    2080
17  1           4            5           5.039422    6          35   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 116.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.