69 Prunus domestica

69.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.x4xpve
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252130-230224095556074
  Created: 2023-05-20T11:48:28.180+00:00
  Modified: 2023-05-20T11:49:56.289+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252130-230224095556074.zip
  Total records: 42487

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 42487 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -176.232734 ymin: -46.561162 xmax: 177.734858 ymax: 63.801637
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 42,487 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "domestica"         
 2      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "domestica"         
 3      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "insititia"         
 4      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "domestica"         
 6      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "domestica"         
 7      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "domestica"         
 8      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "domestica"         
 9      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "insititia"         
10      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "domestica"         
# ℹ 42,477 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 42 487 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Prunus domestica dans le monde.

Figure 69.1: Occurrences de Prunus domestica dans le monde.

69.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.985713277
[1] 0.005837079577
[1] 0.0002824393344

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Prunus domestica dans la région d'endémisme.

Figure 69.2: Occurrence de Prunus domestica dans la région d’endémisme.

69.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      24293 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       1453 
                                                    CC0_1_0 
                                                       5042 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       8146 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       2784 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                        162 
[1] 77.07975167
Occurrence de Prunus domestica dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 69.3: Occurrence de Prunus domestica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 32281

69.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.121969 ymin: 34.639791 xmax: 46.7 ymax: 63.79768
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 14d5676a-… q-100480475… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2     1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3     2 e9 67fabcac-… 18939048     Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "domestica"         
 4     1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5     1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6     1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7     2 e9 7a3679ef-… o-1003541933 Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8     1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9     2 e9 7a3679ef-… o-1004612187 Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10     3.e9 14d5676a-… q-102206523… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

69.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Prunus domestica dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 69.4: Occurrence de Prunus domestica dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

69.2 Modélisation de la niche climatique

69.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.12197, 46.7, 34.63979, 63.79768  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prdo Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  prdo

     24984 presences,  0 true absences and  72924 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.000   Min.   :-13.55   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.29   1st Qu.: -8.812   1st Qu.:  8.83   1st Qu.: 636.6  
 Median :23.28   Median : -3.424   Median : 13.48   Median : 727.8  
 Mean   :24.75   Mean   : -4.359   Mean   : 12.38   Mean   : 759.5  
 3rd Qu.:28.00   3rd Qu.:  0.696   3rd Qu.: 16.17   3rd Qu.: 897.2  
 Max.   :45.86   Max.   : 12.148   Max.   : 25.77   Max.   :1394.1  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.852  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 20.790  
 Median : 213.0   Median : 30.343  
 Mean   : 214.9   Mean   : 34.639  
 3rd Qu.: 245.0   3rd Qu.: 39.252  
 Max.   :1260.0   Max.   :124.090  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 69.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174936, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.60417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 69.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

69.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for prdo_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prdo_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prdo_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prdo Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  prdo_PA1 


-=-=-=--=-=-=- prdo_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  prdo_PA2 


-=-=-=--=-=-=- prdo_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  prdo_PA3 


-=-=-=--=-=-=- prdo_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

69.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    prdo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  657.0      94.321
2    prdo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  661.5      94.261
3   prdo_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  574.0      92.715
4   prdo_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  577.5      92.660
5 prdo_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  382.0      93.651
6 prdo_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  382.5      93.646
  specificity calibration validation evaluation
1      66.865       0.612      0.620         NA
2      66.980       0.796      0.797         NA
3      86.080       0.788      0.801         NA
4      86.175       0.937      0.942         NA
5      84.935       0.786      0.796         NA
6      84.975       0.935      0.939         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 69.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

69.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 prdo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.317257
2 prdo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.065515
3 prdo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.053681
4 prdo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.646344
5 prdo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.133098
6 prdo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.038906
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 69.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 69.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

69.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 69.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

69.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : prdo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
prdo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prdo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

69.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prdo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prdo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  690.0      93.176      94.589
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  690.5      93.168      94.616
  calibration validation evaluation
1       0.878         NA         NA
2       0.989         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 69.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prdo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prdo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 prdo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 prdo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 prdo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 prdo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.354503
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.371331
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.143717
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.361293
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.180168
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.291742

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 69.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 69.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

69.3 Projections

69.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prdo/current


sp.name : prdo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prdo/prdo.AllModels.models.out )

models.projected : 
prdo_PA1_RUN1_GAM, prdo_PA1_RUN1_MARS, prdo_PA1_RUN1_MAXNET, prdo_PA1_RUN1_GBM, prdo_PA1_RUN1_RF, prdo_PA2_RUN1_GAM, prdo_PA2_RUN1_MARS, prdo_PA2_RUN1_MAXNET, prdo_PA2_RUN1_GBM, prdo_PA2_RUN1_ANN, prdo_PA2_RUN1_RF, prdo_PA3_RUN1_GAM, prdo_PA3_RUN1_MARS, prdo_PA3_RUN1_MAXNET, prdo_PA3_RUN1_GBM, prdo_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 69.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 69.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prdo/current


sp.name : prdo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prdo/prdo.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prdo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prdo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 69.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

69.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prdo/cont_gre


sp.name : prdo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prdo/prdo.AllModels.models.out )

models.projected : 
prdo_PA1_RUN1_GAM, prdo_PA1_RUN1_MARS, prdo_PA1_RUN1_MAXNET, prdo_PA1_RUN1_GBM, prdo_PA1_RUN1_RF, prdo_PA2_RUN1_GAM, prdo_PA2_RUN1_MARS, prdo_PA2_RUN1_MAXNET, prdo_PA2_RUN1_GBM, prdo_PA2_RUN1_ANN, prdo_PA2_RUN1_RF, prdo_PA3_RUN1_GAM, prdo_PA3_RUN1_MARS, prdo_PA3_RUN1_MAXNET, prdo_PA3_RUN1_GBM, prdo_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 69.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 69.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prdo/cont_gre


sp.name : prdo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prdo/prdo.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prdo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prdo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 69.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

69.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 69.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 69.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 69.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 69.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

69.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

69.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 69.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 69.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 69.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 69.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

69.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 366         635         800         754.0523    835         925   0      2000
 2 371         554         666         651.0037    753         893   126    2040
 3 364         531         602         604.2681    694         852   126    2060
 4 365         543         611         617.0480    700         833   126    2080
 5 428         561         625         621.6755    684         823   126    2100
 6 363         548         644         644.3376    753         873   245    2040
 7 348         480         558         556.5351    637         822   245    2060
 8 355         527         586         574.4676    637         780   245    2080
 9 310         460         533         519.8507    580         698   245    2100
10 321         515         635         614.1990    729         875   370    2040
11 363         524         587         580.2808    645         785   370    2060
12 259         427         520         502.9010    575         688   370    2080
13 210         275         293         299.4157    317         463   370    2100
14 357         541         639         628.1166    726         852   585    2040
15 354         485         562         546.6260    615         723   585    2060
16 248         295         329         334.2756    366         531   585    2080
17 160         215         250         250.2173    287         399   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 69.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.