236 Abies nordmanniana

236.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.83kunz
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0010147-230828120925497
  Created: 2023-09-08T22:23:37.461+00:00
  Modified: 2023-09-08T22:24:16.739+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0010147-230828120925497.zip
  Total records: 2924

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2924 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.1434 ymin: -43.358 xmax: 174.7694 ymax: 67.30405
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,924 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 991748733 bf2a4bf0-5f31… "http://dat… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 2 920163352 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 3 920163282 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 4 920163244 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 5 920162874 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 6 920162859 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 7 920162805 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 8 920162645 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 9 920162635 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
10 900315571 30bc94f2-50aa… "urn:catalo… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
# ℹ 2,914 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 2 924 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Abies nordmanniana dans le monde.

Figure 236.1: Occurrences de Abies nordmanniana dans le monde.

236.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9907661
[1] 0.005129959
[1] 0.002393981

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Abies nordmanniana dans la région d'endémisme.

Figure 236.2: Occurrence de Abies nordmanniana dans la région d’endémisme.

236.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       2052 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        257 
                                                    CC0_1_0 
                                                        500 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         72 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                          7 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          9 
[1] 88.64342
Occurrence de Abies nordmanniana dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 236.3: Occurrence de Abies nordmanniana dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 2568

236.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 2568 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.739658 ymin: 37.86 xmax: 43.49615 ymax: 67.30405
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,568 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
     <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 920163352 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 2 920163282 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 3 920163244 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 4 920162874 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 5 920162859 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 6 920162805 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 7 920162645 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 8 920162635 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
 9 900315571 30bc94f2-50aa… "urn:catalo… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
10 890523905 38b4c89f-584c… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies
# ℹ 2,558 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

236.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Abies nordmanniana dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 236.4: Occurrence de Abies nordmanniana dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

236.2 Modélisation de la niche climatique

236.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 2568, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.739658, 43.49615, 37.86, 67.30405  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= abno Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

      ! No data has been set aside for modeling evaluation
   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables

      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  abno

     2568 presences,  0 true absences and  7671 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 6.42   Min.   :-21.648   Min.   :-8.647   Min.   : 222.2  
 1st Qu.:19.95   1st Qu.: -8.712   1st Qu.: 8.566   1st Qu.: 614.2  
 Median :22.50   Median : -3.640   Median :12.495   Median : 722.2  
 Mean   :24.36   Mean   : -4.492   Mean   :11.998   Mean   : 756.1  
 3rd Qu.:28.01   3rd Qu.:  0.132   3rd Qu.:15.819   3rd Qu.: 894.8  
 Max.   :44.90   Max.   : 10.700   Max.   :23.437   Max.   :1353.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   6.0   Min.   :  6.974  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 22.304  
 Median : 215.0   Median : 30.125  
 Mean   : 219.3   Mean   : 35.001  
 3rd Qu.: 253.0   3rd Qu.: 38.623  
 Max.   :1214.0   Max.   :118.054  


 3 Pseudo Absences dataset available ( PA1, PA2, PA3 ) with  
2568 (PA1, PA2, PA3) pseudo absences

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 236.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 17976, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 236.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

236.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

    > Automatic weights creation to rise a 0.5 prevalence
! ignored obsolete argument 'do.full.models' as 'CV.do.full.models' was also given
!!! argument 'do.full.models' is obsolete, please use 'CV.perc' instead.
          
 /! 'CV.perc' is on a scale 0-1 and was set to data.split.perc/100 = 0.8
! ignored obsolete argument 'nb.rep' as 'CV.nb.rep' was also given
Creating suitable Workdir...


Checking Cross-Validation arguments...

   > Random cross-validation selection



-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= abno Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 3
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

236.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    abno_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  558.0      94.255
2    abno_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  504.5      95.716
3   abno_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  537.0      93.087
4   abno_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  498.5      94.255
5 abno_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  378.0      95.521
6 abno_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  380.5      95.521
  specificity calibration validation evaluation
1      86.465       0.807      0.835         NA
2      85.102       0.957      0.966         NA
3      85.492       0.787      0.813         NA
4      84.421       0.953      0.963         NA
5      84.421       0.801      0.831         NA
6      84.615       0.954      0.964         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 236.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

236.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 abno_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.224306
2 abno_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.054131
3 abno_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.031502
4 abno_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.345201
5 abno_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.007054
6 abno_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.163059
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 236.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 236.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

236.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 236.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

236.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : abno

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


models computed: 
abno_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abno_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

236.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo
1 abno_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
2 abno_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
  filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity calibration validation evaluation
1         TSS EMwmean         TSS  654.0      92.212      93.378       0.856         NA         NA
2         TSS EMwmean         ROC  623.5      93.419      92.230       0.982         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 236.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo filtered.by
1 abno_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
2 abno_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
3 abno_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
4 abno_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
5 abno_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
6 abno_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
  algo        expl.var rand  var.imp
1 EMcv temp_max_august    1 0.121163
2 EMcv        temp_min    1 0.071900
3 EMcv  temp_wet_quart    1 0.031285
4 EMcv     temp_season    1 0.481954
5 EMcv  prec_wet_quart    1 0.041824
6 EMcv     prec_season    1 0.202101

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 236.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 236.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

236.3 Projections

236.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abno/current


sp.name : abno

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abno/abno.AllModels.models.out )

models.projected : 
abno_PA1_RUN1_GAM, abno_PA1_RUN1_MARS, abno_PA1_RUN1_MAXNET, abno_PA1_RUN1_GBM, abno_PA1_RUN1_RF, abno_PA2_RUN1_GAM, abno_PA2_RUN1_MARS, abno_PA2_RUN1_MAXNET, abno_PA2_RUN1_GBM, abno_PA2_RUN1_ANN, abno_PA2_RUN1_RF, abno_PA3_RUN1_GAM, abno_PA3_RUN1_MARS, abno_PA3_RUN1_MAXNET, abno_PA3_RUN1_GBM, abno_PA3_RUN1_ANN, abno_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 236.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 236.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abno/current


sp.name : abno

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abno/abno.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
abno_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abno_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 236.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

236.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abno/cont_gre


sp.name : abno

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abno/abno.AllModels.models.out )

models.projected : 
abno_PA1_RUN1_GAM, abno_PA1_RUN1_MARS, abno_PA1_RUN1_MAXNET, abno_PA1_RUN1_GBM, abno_PA1_RUN1_RF, abno_PA2_RUN1_GAM, abno_PA2_RUN1_MARS, abno_PA2_RUN1_MAXNET, abno_PA2_RUN1_GBM, abno_PA2_RUN1_ANN, abno_PA2_RUN1_RF, abno_PA3_RUN1_GAM, abno_PA3_RUN1_MARS, abno_PA3_RUN1_MAXNET, abno_PA3_RUN1_GBM, abno_PA3_RUN1_ANN, abno_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 236.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 236.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abno/cont_gre


sp.name : abno

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abno/abno.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
abno_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abno_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 236.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

236.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 236.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 236.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 236.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 236.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

236.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

236.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 236.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 236.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 236.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 236.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

236.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max         ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <fct> <dbl>
 1 290         509         781         690.6210195 821         886         0      2000
 2 280         391         678         604.2691922 763         849         126    2040
 3 233         357         604         556.0549769 720         841         126    2060
 4 274         372         604         563.5681778 722         847         126    2080
 5 254         364         604         561.9061537 723         839         126    2100
 6 292         389         663         600.9125249 767         850         245    2040
 7 207         358         561         525.3068085 682         817         245    2060
 8 168         312         448         462.0121299 613         794         245    2080
 9 148         255         366         389.5421204 534         746         245    2100
10 270         385         664         597.3240864 755         848         370    2040
11 191         340         540         513.6639542 676         820         370    2060
12 137         227         322         347.8759580 459         756         370    2080
13  94         127         186         209.4350450 279         572         370    2100
14 293         384         655         593.3446235 749         857         585    2040
15 166         314         470         469.3927575 621         794         585    2060
16 106         140         212         239.1422601 326         636         585    2080
17  59          79         106         120.2708044 158         281         585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 236.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.