199 Crataegus azarolus

199.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.bb8jyb
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260803-230224095556074
  Created: 2023-05-25T10:23:39.099+00:00
  Modified: 2023-05-25T10:24:27.477+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260803-230224095556074.zip
  Total records: 1795

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1795 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.761952 ymin: -38.2 xmax: 149.102222 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,795 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 895215683 834a4794-f762-11e… "6774F398-B… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 2 895193976 834a4794-f762-11e… "EC9B08C5-7… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 3 895187673 834a4794-f762-11e… "C5749E85-C… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 4 895187638 834a4794-f762-11e… "7894C23C-A… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 5  48922767 8582b50a-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 6  48892791 8582b50a-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 7  48882379 8582b50a-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 8  48849596 8582b50a-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 9  48823181 8582b50a-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
10  48798659 8582b50a-f762-11e… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
# ℹ 1,785 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 1 795 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Crataegus azarolus dans le monde.

Figure 199.1: Occurrences de Crataegus azarolus dans le monde.

199.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9793871866
[1] 0
[1] 0.002228412256

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Crataegus azarolus dans la région d'endémisme.

Figure 199.2: Occurrence de Crataegus azarolus dans la région d’endémisme.

199.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        1533          217            8 
[1] 87.65642776
Occurrence de Crataegus azarolus dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 199.3: Occurrence de Crataegus azarolus dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 1541

199.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1541 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.761952 ymin: 31.412706 xmax: 44.729545 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,541 × 51
     gbifID datasetKey          occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
    <int64> <chr>               <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 48922767 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 2 48892791 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 3 48882379 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 4 48849596 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 5 48823181 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 6 48798659 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 7 48769213 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 8 48762224 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
 9 48712281 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
10 48700971 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae…
# ℹ 1,531 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

199.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Crataegus azarolus dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 199.4: Occurrence de Crataegus azarolus dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

199.2 Modélisation de la niche climatique

199.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1541, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.761952, 44.72955, 31.41271, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= craz Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  craz

     1540 presences,  0 true absences and  4617 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.292   Min.   :-21.564   Min.   :-13.553   Min.   : 282.3  
 1st Qu.:21.124   1st Qu.: -8.450   1st Qu.:  9.915   1st Qu.: 590.4  
 Median :26.632   Median : -1.104   Median : 12.100   Median : 716.7  
 Mean   :26.022   Mean   : -3.020   Mean   : 12.244   Mean   : 748.4  
 3rd Qu.:29.028   3rd Qu.:  3.328   3rd Qu.: 15.704   3rd Qu.: 896.1  
 Max.   :44.932   Max.   : 11.700   Max.   : 23.219   Max.   :1342.8  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   6.0   Min.   :  8.117  
 1st Qu.: 180.0   1st Qu.: 27.217  
 Median : 210.0   Median : 33.459  
 Mean   : 215.2   Mean   : 38.815  
 3rd Qu.: 243.0   3rd Qu.: 42.787  
 Max.   :1222.0   Max.   :119.118  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 199.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 10783, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.02083, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 199.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

199.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for craz_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for craz_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for craz_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= craz Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  craz_PA1 


-=-=-=--=-=-=- craz_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  craz_PA2 


-=-=-=--=-=-=- craz_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  craz_PA3 


-=-=-=--=-=-=- craz_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

199.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    craz_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  566.0      96.997
2    craz_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  553.5      97.078
3   craz_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  421.0      95.292
4   craz_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  413.5      95.373
5 craz_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  336.0      95.860
6 craz_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  335.5      95.860
  specificity calibration validation evaluation
1      64.071       0.611      0.604         NA
2      63.990       0.818      0.815         NA
3      87.186       0.825      0.828         NA
4      87.105       0.970      0.970         NA
5      86.050       0.817      0.821         NA
6      86.050       0.966      0.970         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 199.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

199.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 craz_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.753184
2 craz_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.047551
3 craz_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.003659
4 craz_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.713702
5 craz_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.005060
6 craz_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.000485
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 199.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 199.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

199.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 199.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

199.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : craz

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
craz_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, craz_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

199.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 craz_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 craz_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  527.0      93.896      91.466
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  522.5      94.091      91.336
  calibration validation evaluation
1       0.854         NA         NA
2       0.983         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 199.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 craz_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 craz_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 craz_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 craz_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 craz_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 craz_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.239528
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.187521
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.056232
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.326043
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.203525
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.106124

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 199.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 199.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

199.3 Projections

199.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/craz/current


sp.name : craz

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/craz/craz.AllModels.models.out )

models.projected : 
craz_PA1_RUN1_GAM, craz_PA1_RUN1_MARS, craz_PA1_RUN1_MAXNET, craz_PA1_RUN1_GBM, craz_PA1_RUN1_ANN, craz_PA1_RUN1_RF, craz_PA2_RUN1_GAM, craz_PA2_RUN1_MARS, craz_PA2_RUN1_MAXNET, craz_PA2_RUN1_GBM, craz_PA2_RUN1_ANN, craz_PA2_RUN1_RF, craz_PA3_RUN1_GAM, craz_PA3_RUN1_MARS, craz_PA3_RUN1_MAXNET, craz_PA3_RUN1_GBM, craz_PA3_RUN1_ANN, craz_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 199.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 199.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/craz/current


sp.name : craz

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/craz/craz.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
craz_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, craz_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 199.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

199.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/craz/cont_gre


sp.name : craz

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/craz/craz.AllModels.models.out )

models.projected : 
craz_PA1_RUN1_GAM, craz_PA1_RUN1_MARS, craz_PA1_RUN1_MAXNET, craz_PA1_RUN1_GBM, craz_PA1_RUN1_ANN, craz_PA1_RUN1_RF, craz_PA2_RUN1_GAM, craz_PA2_RUN1_MARS, craz_PA2_RUN1_MAXNET, craz_PA2_RUN1_GBM, craz_PA2_RUN1_ANN, craz_PA2_RUN1_RF, craz_PA3_RUN1_GAM, craz_PA3_RUN1_MARS, craz_PA3_RUN1_MAXNET, craz_PA3_RUN1_GBM, craz_PA3_RUN1_ANN, craz_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 199.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 199.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/craz/cont_gre


sp.name : craz

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/craz/craz.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
craz_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, craz_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 199.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

199.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 199.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 199.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 199.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 199.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

199.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

199.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 199.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 199.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 199.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 199.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

199.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  84         160         289         375.3314    629         783   0      2000
 2 114         433         619         569.5795    708         798   126    2040
 3 149         543         639         616.1840    723         800   126    2060
 4 183         574         656         636.2464    739         799   126    2080
 5 188         555         645         623.8116    727         795   126    2100
 6 156         502         631         599.3248    718         797   245    2040
 7 188         578         655         643.8639    738         795   245    2060
 8 280         627         709         685.7699    755         792   245    2080
 9 352         620         696         676.4460    742         789   245    2100
10 113         419         603         555.1818    690         789   370    2040
11 209         589         659         648.3962    738         789   370    2060
12 392         618         704         676.9025    741         786   370    2080
13 397         529         605         587.0234    653         745   370    2100
14 135         482         630         593.3190    719         799   585    2040
15 245         612         683         668.8611    743         790   585    2060
16 400         557         630         617.1575    690         754   585    2080
17 288         357         474         457.9677    550         668   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 199.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.