216 Pinus halepensis

216.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.a64n4r
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260903-230224095556074
  Created: 2023-05-25T12:06:56.041+00:00
  Modified: 2023-05-25T12:08:26.676+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260903-230224095556074.zip
  Total records: 59515

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 59515 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -159.717 ymin: -43.5872 xmax: 174.940736 ymax: 51.39495
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 59,515 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 923056071 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 2 923055560 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 3 923055555 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 4 923054812 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 5 923054129 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 6 923054059 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 7 923050475 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 8 923046610 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 9 923045786 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
10 923044402 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
# ℹ 59,505 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 59 515 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pinus halepensis dans le monde.

Figure 216.1: Occurrences de Pinus halepensis dans le monde.

216.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9559606822
[1] 0.003293287407
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Pinus halepensis dans la région d'endémisme.

Figure 216.2: Occurrence de Pinus halepensis dans la région d’endémisme.

216.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
       24167        32643           84 
[1] 42.62488136
Occurrence de Pinus halepensis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 216.3: Occurrence de Pinus halepensis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 24251

216.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 24251 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.496167 ymin: 30.666333 xmax: 36.18 ymax: 50.531573
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 24,251 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
     <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 923056071 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 2 923055560 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 3 923055555 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 4 923054812 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 5 923054129 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 6 923054059 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 7 923050475 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 8 923046610 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 9 923045786 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
10 923044402 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
# ℹ 24,241 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

216.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pinus halepensis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 216.4: Occurrence de Pinus halepensis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

216.2 Modélisation de la niche climatique

216.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 24251, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.496167, 36.18, 30.66633, 50.53157  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= piha Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  piha

     23632 presences,  0 true absences and  70752 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.004   Min.   :-11.80   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:21.00   1st Qu.: -8.667   1st Qu.: 10.20   1st Qu.: 603.1  
 Median :26.69   Median : -0.804   Median : 13.11   Median : 714.6  
 Mean   :26.05   Mean   : -3.209   Mean   : 12.62   Mean   : 750.4  
 3rd Qu.:29.34   3rd Qu.:  2.648   3rd Qu.: 15.77   3rd Qu.: 894.9  
 Max.   :46.10   Max.   : 11.100   Max.   : 26.41   Max.   :1386.3  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.63  
 1st Qu.: 180.0   1st Qu.: 28.09  
 Median : 222.0   Median : 33.89  
 Mean   : 219.3   Mean   : 38.88  
 3rd Qu.: 260.0   3rd Qu.: 43.40  
 Max.   :1240.0   Max.   :123.00  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 216.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 167281, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 216.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

216.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for piha_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for piha_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for piha_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= piha Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  piha_PA1 


-=-=-=--=-=-=- piha_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  piha_PA2 


-=-=-=--=-=-=- piha_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  piha_PA3 


-=-=-=--=-=-=- piha_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

216.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    piha_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  879.0      99.170
2    piha_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  937.5      98.805
3   piha_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  666.0      96.398
4   piha_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  674.5      96.356
5 piha_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  367.0      95.800
6 piha_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  371.5      95.784
  specificity calibration validation evaluation
1      68.594       0.678      0.670         NA
2      68.986       0.843      0.838         NA
3      96.825       0.932      0.935         NA
4      96.897       0.992      0.992         NA
5      97.129       0.930      0.934         NA
6      97.242       0.992      0.991         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 216.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

216.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 piha_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.529168
2 piha_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.012709
3 piha_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.020126
4 piha_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.429995
5 piha_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.001787
6 piha_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.066810
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 216.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 216.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

216.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 216.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

216.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : piha

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
piha_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, piha_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

216.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 piha_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 piha_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  551.0      97.228      98.201
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  547.5      97.262      98.174
  calibration validation evaluation
1       0.954         NA         NA
2       0.998         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 216.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 piha_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 piha_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 piha_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 piha_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 piha_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 piha_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.315569
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.367045
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.052542
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.326971
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.245897
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.270646

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 216.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 216.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

216.3 Projections

216.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piha/current


sp.name : piha

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piha/piha.AllModels.models.out )

models.projected : 
piha_PA1_RUN1_GAM, piha_PA1_RUN1_MARS, piha_PA1_RUN1_MAXNET, piha_PA1_RUN1_GBM, piha_PA1_RUN1_ANN, piha_PA1_RUN1_RF, piha_PA2_RUN1_GAM, piha_PA2_RUN1_MARS, piha_PA2_RUN1_MAXNET, piha_PA2_RUN1_GBM, piha_PA2_RUN1_ANN, piha_PA2_RUN1_RF, piha_PA3_RUN1_GAM, piha_PA3_RUN1_MARS, piha_PA3_RUN1_MAXNET, piha_PA3_RUN1_GBM, piha_PA3_RUN1_ANN, piha_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 216.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 216.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piha/current


sp.name : piha

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piha/piha.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
piha_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, piha_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 216.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

216.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piha/cont_gre


sp.name : piha

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piha/piha.AllModels.models.out )

models.projected : 
piha_PA1_RUN1_GAM, piha_PA1_RUN1_MARS, piha_PA1_RUN1_MAXNET, piha_PA1_RUN1_GBM, piha_PA1_RUN1_ANN, piha_PA1_RUN1_RF, piha_PA2_RUN1_GAM, piha_PA2_RUN1_MARS, piha_PA2_RUN1_MAXNET, piha_PA2_RUN1_GBM, piha_PA2_RUN1_ANN, piha_PA2_RUN1_RF, piha_PA3_RUN1_GAM, piha_PA3_RUN1_MARS, piha_PA3_RUN1_MAXNET, piha_PA3_RUN1_GBM, piha_PA3_RUN1_ANN, piha_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 216.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 216.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piha/cont_gre


sp.name : piha

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piha/piha.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
piha_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, piha_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 216.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

216.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 216.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 216.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 216.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 216.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

216.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

216.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 216.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 216.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 216.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 216.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

216.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  21          81         112         179.9277    323         490   0      2000
 2  76         148         253         263.0161    372         506   126    2040
 3  82         205         299         289.6568    377         500   126    2060
 4  86         243         354         334.5993    424         542   126    2080
 5  91         233         336         316.9498    400         512   126    2100
 6  78         183         282         279.4381    378         508   245    2040
 7  87         237         321         307.5124    376         507   245    2060
 8 112         318         370         363.3160    416         517   245    2080
 9 123         311         361         358.6709    408         529   245    2100
10  25         136         233         238.4798    332         499   370    2040
11  89         248         328         314.4688    382         502   370    2060
12 118         300         345         343.6688    392         512   370    2080
13 179         298         322         325.9333    353         435   370    2100
14  81         186         296         296.3091    405         531   585    2040
15  95         291         347         337.9509    392         524   585    2060
16 170         297         328         328.7143    361         454   585    2080
17 169         290         318         320.0390    352         440   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 216.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.