43 Pyrus communis

43.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.9jrrkd
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232100-230224095556074
  Created: 2023-05-11T07:10:00.989+00:00
  Modified: 2023-05-11T07:11:15.401+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232100-230224095556074.zip
  Total records: 31881

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 31881 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.790383 ymin: -45.44343 xmax: 175.799833 ymax: 64.631364
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 31,881 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 2    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 3    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 4    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 5    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 6    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 7    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 8    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 9    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
10    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
# ℹ 31,871 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 31 881 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pyrus communis dans le monde.

Figure 43.1: Occurrences de Pyrus communis dans le monde.

43.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9526363665
[1] 0.02791631379
[1] 0.002101565196

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Pyrus communis dans la région d'endémisme.

Figure 43.2: Occurrence de Pyrus communis dans la région d’endémisme.

43.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      22861 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       2025 
                                                    CC0_1_0 
                                                       4237 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                        624 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        555 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         69 
[1] 91.27786375
Occurrence de Pyrus communis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 43.3: Occurrence de Pyrus communis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 27722

43.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.792834 ymin: 36.568245 xmax: 46.96031 ymax: 64.631364
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 14d5676a-… "q-10225230… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 2    1.e9 8ea4250e-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 3    2 e9 14d5676a-… "q-10083236… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 4    1 e8 89579e3e-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 5    1 e9 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 6    1 e9 64dabd3c-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 7    2 e9 39131221-… "98022e7c-8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 8    1.e9 8ea4250e-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
 9    2 e9 39131221-… "34cefd86-4… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
10    3.e9 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Pyrus Pyrus … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

43.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pyrus communis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 43.4: Occurrence de Pyrus communis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

43.2 Modélisation de la niche climatique

43.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.792834, 46.96031, 36.56824, 64.63136  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pyco Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pyco

     24968 presences,  0 true absences and  72859 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 3.756   Min.   :-22.000   Min.   :-12.267   Min.   : 222.6  
 1st Qu.:20.452   1st Qu.: -8.920   1st Qu.:  9.059   1st Qu.: 645.9  
 Median :23.220   Median : -3.712   Median : 13.697   Median : 730.3  
 Mean   :24.760   Mean   : -4.461   Mean   : 12.516   Mean   : 763.7  
 3rd Qu.:28.056   3rd Qu.:  0.656   3rd Qu.: 16.307   3rd Qu.: 899.5  
 Max.   :45.908   Max.   : 12.400   Max.   : 26.104   Max.   :1385.6  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.61  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 21.37  
 Median : 216.0   Median : 30.51  
 Mean   : 217.1   Mean   : 34.91  
 3rd Qu.: 248.0   3rd Qu.: 39.51  
 Max.   :1250.0   Max.   :123.41  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 43.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174872, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 43.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

43.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pyco_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pyco_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pyco_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pyco Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pyco_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pyco_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pyco_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pyco_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pyco_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pyco_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

43.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pyco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  465.0      96.155
2    pyco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  473.5      96.135
3   pyco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  510.0      90.583
4   pyco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  519.5      90.428
5 pyco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  407.0      90.317
6 pyco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  405.5      90.413
  specificity calibration validation evaluation
1      50.810       0.470      0.464         NA
2      50.980       0.648      0.639         NA
3      83.395       0.740      0.733         NA
4      83.600       0.930      0.930         NA
5      84.535       0.748      0.741         NA
6      84.480       0.927      0.928         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 43.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

43.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pyco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.529697
2 pyco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.061008
3 pyco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.043326
4 pyco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.549805
5 pyco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.064744
6 pyco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.042325
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 43.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 43.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

43.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 43.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

43.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pyco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pyco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pyco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

43.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pyco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pyco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  636.0      95.358      96.256
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  635.5      95.358      96.256
  calibration validation evaluation
1       0.916         NA         NA
2       0.994         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 43.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pyco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pyco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pyco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pyco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pyco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pyco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.643004
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.591741
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.429456
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.504064
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.447501
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.523252

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 43.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 43.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

43.3 Projections

43.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pyco/current


sp.name : pyco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pyco/pyco.AllModels.models.out )

models.projected : 
pyco_PA1_RUN1_GAM, pyco_PA1_RUN1_MARS, pyco_PA1_RUN1_MAXNET, pyco_PA1_RUN1_GBM, pyco_PA1_RUN1_RF, pyco_PA2_RUN1_GAM, pyco_PA2_RUN1_MARS, pyco_PA2_RUN1_MAXNET, pyco_PA2_RUN1_GBM, pyco_PA2_RUN1_RF, pyco_PA3_RUN1_GAM, pyco_PA3_RUN1_MARS, pyco_PA3_RUN1_MAXNET, pyco_PA3_RUN1_GBM, pyco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 43.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 43.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pyco/current


sp.name : pyco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pyco/pyco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pyco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pyco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 43.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

43.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pyco/cont_gre


sp.name : pyco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pyco/pyco.AllModels.models.out )

models.projected : 
pyco_PA1_RUN1_GAM, pyco_PA1_RUN1_MARS, pyco_PA1_RUN1_MAXNET, pyco_PA1_RUN1_GBM, pyco_PA1_RUN1_RF, pyco_PA2_RUN1_GAM, pyco_PA2_RUN1_MARS, pyco_PA2_RUN1_MAXNET, pyco_PA2_RUN1_GBM, pyco_PA2_RUN1_RF, pyco_PA3_RUN1_GAM, pyco_PA3_RUN1_MARS, pyco_PA3_RUN1_MAXNET, pyco_PA3_RUN1_GBM, pyco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 43.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 43.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pyco/cont_gre


sp.name : pyco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pyco/pyco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pyco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pyco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 43.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

43.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 43.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 43.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 43.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 43.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

43.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

43.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 43.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 43.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 43.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 43.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

43.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 208         589         675         670.8055    751         969   0      2000
 2 291         409         458         467.8255    525         779   126    2040
 3 139         375         420         419.4926    465         638   126    2060
 4 196         381         426         424.7763    468         677   126    2080
 5 173         362         406         406.5072    454         629   126    2100
 6 277         395         439         447.5564    500         713   245    2040
 7 152         358         427         423.2869    478         652   245    2060
 8 128         383         460         442.6131    505         632   245    2080
 9 102         365         448         416.9616    495         619   245    2100
10 261         400         444         453.9992    504         843   370    2040
11 107         347         427         414.7316    473         628   370    2060
12 127         419         443         432.6992    497         609   370    2080
13 185         375         467         435.1262    503         627   370    2100
14 224         388         429         431.7043    477         643   585    2040
15 143         350         452         427.1673    500         624   585    2060
16 160         387         477         451.7359    521         676   585    2080
17 243         413         495         467.3175    536         662   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 43.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.