120 Castanea sativa

120.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.wj7u7n
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252488-230224095556074
  Created: 2023-05-20T15:55:16.423+00:00
  Modified: 2023-05-20T16:00:16.040+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252488-230224095556074.zip
  Total records: 202737

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 202737 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -149.5662 ymin: -45.026261 xmax: 175.312789 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 202,737 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 2      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 3      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 4      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 5      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 6      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 7      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 8      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 9      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
10      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
# ℹ 202,727 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 202 737 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Castanea sativa dans le monde.

Figure 120.1: Occurrences de Castanea sativa dans le monde.

120.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9982637604
[1] 0.0003699374066
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Castanea sativa dans la région d'endémisme.

Figure 120.2: Occurrence de Castanea sativa dans la région d’endémisme.

120.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      145473        25094        31818 
[1] 87.60085975
Occurrence de Castanea sativa dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 120.3: Occurrence de Castanea sativa dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 177291

120.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.944707 ymin: 33.132132 xmax: 43.220833 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     1 e9 75956ee6-… "http://pif… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 2     1 e9 740df67d-… "1154D7FD-6… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 3     2 e9 dd238f50-… "45ac0c7c-d… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 4     3.e9 e5f16d86-… "e1c46d25-c… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 5     8 e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 6     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 7     8 e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 8     8 e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
 9     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
10     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Cast… Castan… NA                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

120.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Castanea sativa dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 120.4: Occurrence de Castanea sativa dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

120.2 Modélisation de la niche climatique

120.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.944707, 43.22083, 33.13213, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= casa Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  casa

     24989 presences,  0 true absences and  72833 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.036   Min.   :-11.549   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.77   1st Qu.: -8.700   1st Qu.:  7.767   1st Qu.: 585.9  
 Median :24.26   Median : -1.588   Median : 12.019   Median : 715.6  
 Mean   :25.13   Mean   : -3.696   Mean   : 11.776   Mean   : 743.1  
 3rd Qu.:27.98   3rd Qu.:  1.376   3rd Qu.: 15.875   3rd Qu.: 895.6  
 Max.   :45.55   Max.   : 12.264   Max.   : 26.344   Max.   :1370.5  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.496  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 21.899  
 Median : 219.0   Median : 31.564  
 Mean   : 232.4   Mean   : 35.453  
 3rd Qu.: 271.0   3rd Qu.: 40.939  
 Max.   :1261.0   Max.   :123.602  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 120.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174956, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.60417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 120.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

120.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for casa_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for casa_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for casa_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= casa Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  casa_PA1 


-=-=-=--=-=-=- casa_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  casa_PA2 


-=-=-=--=-=-=- casa_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  casa_PA3 


-=-=-=--=-=-=- casa_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

120.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    casa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  727.0      95.438
2    casa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  726.5      95.438
3   casa_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  564.0      96.744
4   casa_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  564.5      96.744
5 casa_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  377.0      96.308
6 casa_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  382.5      96.128
  specificity calibration validation evaluation
1      68.585       0.640      0.623         NA
2      68.585       0.814      0.801         NA
3      91.330       0.881      0.883         NA
4      91.350       0.973      0.974         NA
5      91.490       0.878      0.881         NA
6      91.710       0.971      0.972         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 120.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

120.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 casa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.363157
2 casa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.166213
3 casa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.005712
4 casa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.598742
5 casa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.036637
6 casa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.030667
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 120.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 120.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

120.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 120.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

120.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : casa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
casa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, casa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

120.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 casa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 casa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  641.0      96.534      94.500
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  644.5      96.474      94.581
  calibration validation evaluation
1       0.910         NA         NA
2       0.991         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 120.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 casa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 casa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 casa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 casa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 casa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 casa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.281184
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.098051
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.021668
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.310453
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.093466
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.116010

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 120.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 120.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

120.3 Projections

120.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/casa/current


sp.name : casa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/casa/casa.AllModels.models.out )

models.projected : 
casa_PA1_RUN1_GAM, casa_PA1_RUN1_MARS, casa_PA1_RUN1_MAXNET, casa_PA1_RUN1_GBM, casa_PA1_RUN1_ANN, casa_PA1_RUN1_RF, casa_PA2_RUN1_GAM, casa_PA2_RUN1_MARS, casa_PA2_RUN1_MAXNET, casa_PA2_RUN1_GBM, casa_PA2_RUN1_ANN, casa_PA2_RUN1_RF, casa_PA3_RUN1_GAM, casa_PA3_RUN1_MARS, casa_PA3_RUN1_MAXNET, casa_PA3_RUN1_GBM, casa_PA3_RUN1_ANN, casa_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 120.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 120.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/casa/current


sp.name : casa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/casa/casa.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
casa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, casa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 120.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

120.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/casa/cont_gre


sp.name : casa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/casa/casa.AllModels.models.out )

models.projected : 
casa_PA1_RUN1_GAM, casa_PA1_RUN1_MARS, casa_PA1_RUN1_MAXNET, casa_PA1_RUN1_GBM, casa_PA1_RUN1_ANN, casa_PA1_RUN1_RF, casa_PA2_RUN1_GAM, casa_PA2_RUN1_MARS, casa_PA2_RUN1_MAXNET, casa_PA2_RUN1_GBM, casa_PA2_RUN1_ANN, casa_PA2_RUN1_RF, casa_PA3_RUN1_GAM, casa_PA3_RUN1_MARS, casa_PA3_RUN1_MAXNET, casa_PA3_RUN1_GBM, casa_PA3_RUN1_ANN, casa_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 120.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 120.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/casa/cont_gre


sp.name : casa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/casa/casa.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
casa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, casa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 120.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

120.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 120.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 120.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 120.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 120.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

120.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

120.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 120.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 120.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 120.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 120.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

120.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 179         487         651         623.2151    751         849   0      2000
 2 253         408         631         585.3447    768         843   126    2040
 3 230         363         581         547.0003    738         838   126    2060
 4 249         362         563         549.9672    745         834   126    2080
 5 266         390         617         577.4170    756         824   126    2100
 6 254         411         633         591.7577    777         840   245    2040
 7 247         327         492         504.3460    677         813   245    2060
 8 227         312         468         486.1975    651         810   245    2080
 9 228         278         394         429.9303    575         762   245    2100
10 255         387         597         562.0446    743         844   370    2040
11 233         337         521         519.0298    700         811   370    2060
12 225         250         340         396.0102    542         759   370    2080
13  82         226         248         262.5247    283         562   370    2100
14 250         382         581         561.4872    751         836   585    2040
15 245         303         458         477.8083    638         797   585    2060
16  91         239         258         285.9261    320         567   585    2080
17  65         216         226         217.2487    233         305   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 120.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.