257 Metasequoia glyptostroboides

257.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.3bfq3b
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0015669-230828120925497
  Created: 2023-09-13T14:15:34.986+00:00
  Modified: 2023-09-13T14:16:29.752+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0015669-230828120925497.zip
  Total records: 4574

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 790 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.3285 ymin: -43.53038 xmax: 173.2835 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 790 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *    <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 3393420859 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Meta…
 2 3393729796 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Meta…
 3 3393599180 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Meta…
 4 3393679025 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Meta…
 5 3393420529 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Meta…
 6 3393927645 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Meta…
 7 3393449902 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Meta…
 8 3393848340 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Meta…
 9 3050907700 c4e1739b-e22… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Meta…
10 3393956968 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Meta…
# ℹ 780 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <lgl>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 790 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 257.1: Occurrences de Metasequoia glyptostroboides dans le monde.

257.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.6443038

[1] 0.2481013

[1] 0.09240506

Espèce endémique d’Europe

Figure 257.2: Occurrence de Metasequoia glyptostroboides dans la région d’endémisme.

257.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

                                                  CC_BY_4_0 
                                                        194 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        116 
                                                    CC0_1_0 
                                                         14 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                        126 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         44 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         15 

[1] 52.4558

Figure 257.3: Occurrence de Metasequoia glyptostroboides dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 267

Moins de 500 occurrences utilisables