76 Calocedrus decurrens

76.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.h8efta
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252148-230224095556074
  Created: 2023-05-20T11:59:45.664+00:00
  Modified: 2023-05-20T12:00:39.194+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252148-230224095556074.zip
  Total records: 2553

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2553 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.320367 ymin: -45.572 xmax: 168.503 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,553 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 2      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 3      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 4      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 5      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 6      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 7      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 8      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 9      9e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
10      9e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
# ℹ 2,543 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 2 553 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Calocedrus decurrens dans le monde.

Figure 76.1: Occurrences de Calocedrus decurrens dans le monde.

76.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.04661182922
[1] 0.9510379945
[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Calocedrus decurrens dans la région d'endémisme.

Figure 76.2: Occurrence de Calocedrus decurrens dans la région d’endémisme.

76.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         340         1808          280 
[1] 25.5354201
Occurrence de Calocedrus decurrens dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 76.3: Occurrence de Calocedrus decurrens dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 620

76.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 620 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.795 ymin: 19.31789 xmax: -73.88 ymax: 49.25
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 620 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 2      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 3      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 4      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 5      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 6      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 7      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 8      9e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
 9      9e8 cd6e21c8-… http://spec… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
10      9e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Calo… Caloce… NA                  
# ℹ 610 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

76.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Calocedrus decurrens dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 76.4: Occurrence de Calocedrus decurrens dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

76.2 Modélisation de la niche climatique

76.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 620, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.795, -73.88, 19.31789, 49.25  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cade Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  cade

     620 presences,  0 true absences and  1858 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season     
 Min.   :12.68   Min.   :-30.628   Min.   :-10.640   Min.   :  61.08  
 1st Qu.:24.00   1st Qu.:-14.276   1st Qu.:  5.547   1st Qu.: 617.61  
 Median :27.95   Median : -5.994   Median : 13.710   Median : 791.23  
 Mean   :27.39   Mean   : -7.263   Mean   : 12.724   Mean   : 816.48  
 3rd Qu.:30.99   3rd Qu.: -0.356   3rd Qu.: 19.442   3rd Qu.:1018.37  
 Max.   :42.10   Max.   : 21.500   Max.   : 33.019   Max.   :1450.42  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  27.0   Min.   :  7.733  
 1st Qu.: 217.2   1st Qu.: 27.939  
 Median : 311.0   Median : 54.593  
 Mean   : 342.9   Mean   : 53.064  
 3rd Qu.: 419.8   3rd Qu.: 74.903  
 Max.   :1971.0   Max.   :133.514  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 76.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 4340, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.6042, -53.77083, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 76.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

76.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for cade_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cade_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cade_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cade Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  cade_PA1 


-=-=-=--=-=-=- cade_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  cade_PA2 


-=-=-=--=-=-=- cade_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  cade_PA3 


-=-=-=--=-=-=- cade_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

76.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    cade_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  889.0      93.952
2    cade_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  891.0      93.952
3   cade_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  454.0      96.774
4   cade_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  411.5      96.976
5 cade_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  315.0      97.177
6 cade_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  331.5      96.976
  specificity calibration validation evaluation
1      88.105       0.821      0.831         NA
2      88.306       0.934      0.927         NA
3      95.968       0.927      0.919         NA
4      95.766       0.988      0.977         NA
5      95.565       0.927      0.935         NA
6      96.169       0.988      0.977         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 76.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

76.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 cade_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.027899
2 cade_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.254307
3 cade_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.000519
4 cade_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.334864
5 cade_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.030036
6 cade_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.137703
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 76.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 76.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

76.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 76.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

76.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : cade

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
cade_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cade_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

76.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cade_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cade_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  356.0      98.871      96.071
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  370.5      98.710      96.286
  calibration validation evaluation
1       0.949         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 76.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cade_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cade_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 cade_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 cade_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 cade_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 cade_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.089827
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.267420
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.558609
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.208150
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.058623
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.131457

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 76.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 76.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

76.3 Projections

76.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cade/current


sp.name : cade

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cade/cade.AllModels.models.out )

models.projected : 
cade_PA1_RUN1_GAM, cade_PA1_RUN1_MARS, cade_PA1_RUN1_MAXNET, cade_PA1_RUN1_GBM, cade_PA1_RUN1_RF, cade_PA2_RUN1_GAM, cade_PA2_RUN1_MARS, cade_PA2_RUN1_MAXNET, cade_PA2_RUN1_GBM, cade_PA2_RUN1_RF, cade_PA3_RUN1_GAM, cade_PA3_RUN1_MARS, cade_PA3_RUN1_MAXNET, cade_PA3_RUN1_GBM, cade_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 76.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 76.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cade/current


sp.name : cade

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cade/cade.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cade_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cade_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 76.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

76.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cade/cont_gre


sp.name : cade

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cade/cade.AllModels.models.out )

models.projected : 
cade_PA1_RUN1_GAM, cade_PA1_RUN1_MARS, cade_PA1_RUN1_MAXNET, cade_PA1_RUN1_GBM, cade_PA1_RUN1_RF, cade_PA2_RUN1_GAM, cade_PA2_RUN1_MARS, cade_PA2_RUN1_MAXNET, cade_PA2_RUN1_GBM, cade_PA2_RUN1_RF, cade_PA3_RUN1_GAM, cade_PA3_RUN1_MARS, cade_PA3_RUN1_MAXNET, cade_PA3_RUN1_GBM, cade_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 76.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 76.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cade/cont_gre


sp.name : cade

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cade/cade.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cade_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cade_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 76.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

76.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 76.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 76.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 76.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 76.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

76.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

76.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 76.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 76.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 76.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 76.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

76.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 101         177         209         224.24552   250         517   0      2000
 2  87         135         159         194.94653   220         510   126    2040
 3  83         124         150         200.57377   241         517   126    2060
 4  85         130         154         191.47920   213         515   126    2080
 5  89         132         156         208.80201   252         519   126    2100
 6  89         137         162         182.63372   204         524   245    2040
 7  78         116         140         184.93779   206         503   245    2060
 8  76         109         129         160.83725   171         512   245    2080
 9  68         101         115         175.84930   192         525   245    2100
10  86         133         161         194.40135   223         503   370    2040
11  78         115         139         188.32922   216         515   370    2060
12  68          99         110         160.56630   159         517   370    2080
13  44          69          84         116.81188   130         448   370    2100
14  86         136         161         195.78668   220         509   585    2040
15  72         105         123         159.20670   168         507   585    2060
16  52          78          90         124.02558   119         485   585    2080
17  33          48          62          81.84256    87         328   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 76.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.