152 Picea abies

152.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.x9r8bz
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252644-230224095556074
  Created: 2023-05-20T17:43:18.966+00:00
  Modified: 2023-05-20T17:47:57.562+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252644-230224095556074.zip
  Total records: 402184

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 401516 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.135664 ymin: -43.6022 xmax: 172.986729 ymax: 70.306567
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 401,516 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 9     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
10     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
# ℹ 401,506 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 401 516 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Picea abies dans le monde.

Figure 152.1: Occurrences de Picea abies dans le monde.

152.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.994199484
[1] 0.005289951085
[1] 7.969794479e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Picea abies dans la région d'endémisme.

Figure 152.2: Occurrence de Picea abies dans la région d’endémisme.

152.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      304275        28629        66283 
[1] 92.82817326
Occurrence de Picea abies dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 152.3: Occurrence de Picea abies dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 370558

152.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -7.90193 ymin: 38.879379 xmax: 46.94 ymax: 70.281183
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 75956ee6-… "http://sig… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 2     1.e9 f2e389da-… "http://tun… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … "abies"             
 3     1 e9 75956ee6-… "http://pif… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 4     3.e9 43027054-… "aa4069d6-b… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … "abies"             
 5     1.e8 d34ed8a4-… "urn:catalo… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 6     3.e9 ca89af9a-… "DSS0043900… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 7     1.e9 8ea4250e-… "http://id.… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 8     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
 9     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
10     3.e9 f2e389da-… "http://tun… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Picea Picea … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

152.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Picea abies dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 152.4: Occurrence de Picea abies dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

152.2 Modélisation de la niche climatique

152.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -7.90193, 46.94, 38.87938, 70.28118  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= piab Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  piab

     24969 presences,  0 true absences and  72876 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-21.996   Min.   :-11.523   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:19.30   1st Qu.:-10.344   1st Qu.:  8.521   1st Qu.: 635.0  
 Median :22.22   Median : -4.776   Median : 12.878   Median : 757.9  
 Mean   :24.09   Mean   : -5.261   Mean   : 11.949   Mean   : 774.2  
 3rd Qu.:27.85   3rd Qu.: -0.240   3rd Qu.: 15.920   3rd Qu.: 914.4  
 Max.   :45.80   Max.   : 12.376   Max.   : 26.344   Max.   :1394.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.496  
 1st Qu.: 180.0   1st Qu.: 23.275  
 Median : 218.0   Median : 31.362  
 Mean   : 228.8   Mean   : 35.604  
 3rd Qu.: 265.0   3rd Qu.: 39.223  
 Max.   :1264.0   Max.   :123.597  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 152.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174876, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 152.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

152.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for piab_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for piab_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for piab_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= piab Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  piab_PA1 


-=-=-=--=-=-=- piab_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  piab_PA2 


-=-=-=--=-=-=- piab_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  piab_PA3 


-=-=-=--=-=-=- piab_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

152.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    piab_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  495.0      95.319
2    piab_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  497.5      95.249
3   piab_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  463.0      92.921
4   piab_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  463.5      92.886
5 piab_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  390.0      92.456
6 piab_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  391.5      92.280
  specificity calibration validation evaluation
1      64.840       0.602      0.587         NA
2      64.975       0.797      0.791         NA
3      79.885       0.728      0.732         NA
4      79.935       0.924      0.926         NA
5      80.520       0.730      0.732         NA
6      80.730       0.924      0.924         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 152.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

152.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 piab_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.445102
2 piab_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.105077
3 piab_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.085031
4 piab_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.298320
5 piab_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.155207
6 piab_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.336301
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 152.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 152.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

152.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 152.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

152.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : piab

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
piab_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, piab_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

152.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 piab_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 piab_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  646.0      96.484      94.959
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  661.5      96.123      95.340
  calibration validation evaluation
1       0.914         NA         NA
2       0.994         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 152.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 piab_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 piab_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 piab_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 piab_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 piab_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 piab_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.572262
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.484078
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.412518
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.489444
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.397014
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.455837

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 152.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 152.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

152.3 Projections

152.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piab/current


sp.name : piab

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piab/piab.AllModels.models.out )

models.projected : 
piab_PA1_RUN1_GAM, piab_PA1_RUN1_MARS, piab_PA1_RUN1_MAXNET, piab_PA1_RUN1_GBM, piab_PA1_RUN1_ANN, piab_PA1_RUN1_RF, piab_PA2_RUN1_GAM, piab_PA2_RUN1_MARS, piab_PA2_RUN1_MAXNET, piab_PA2_RUN1_GBM, piab_PA2_RUN1_ANN, piab_PA2_RUN1_RF, piab_PA3_RUN1_GAM, piab_PA3_RUN1_MARS, piab_PA3_RUN1_MAXNET, piab_PA3_RUN1_GBM, piab_PA3_RUN1_ANN, piab_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 152.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 152.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piab/current


sp.name : piab

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piab/piab.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
piab_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, piab_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 152.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

152.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piab/cont_gre


sp.name : piab

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piab/piab.AllModels.models.out )

models.projected : 
piab_PA1_RUN1_GAM, piab_PA1_RUN1_MARS, piab_PA1_RUN1_MAXNET, piab_PA1_RUN1_GBM, piab_PA1_RUN1_ANN, piab_PA1_RUN1_RF, piab_PA2_RUN1_GAM, piab_PA2_RUN1_MARS, piab_PA2_RUN1_MAXNET, piab_PA2_RUN1_GBM, piab_PA2_RUN1_ANN, piab_PA2_RUN1_RF, piab_PA3_RUN1_GAM, piab_PA3_RUN1_MARS, piab_PA3_RUN1_MAXNET, piab_PA3_RUN1_GBM, piab_PA3_RUN1_ANN, piab_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 152.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 152.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/piab/cont_gre


sp.name : piab

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/piab/piab.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
piab_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, piab_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 152.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

152.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 152.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 152.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 152.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 152.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

152.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

152.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 152.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 152.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 152.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 152.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

152.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 211         573         729         719.84262   902         1000  0      2000
 2  31         167         375         392.34315   599          909  126    2040
 3  20          97         196         256.06885   404          755  126    2060
 4  15          85         174         235.46534   388          720  126    2080
 5  25          96         169         222.19985   313          695  126    2100
 6  21         117         329         352.34395   555          846  245    2040
 7  17          83         124         198.02546   302          622  245    2060
 8  23          77         104         133.47177   163          588  245    2080
 9  24          79         108         107.22842   137          367  245    2100
10  33         173         366         385.27061   579          901  370    2040
11  28          93         119         179.45947   251          578  370    2060
12  35          94         117         115.04019   131          344  370    2080
13   4          57         103          90.40874   127          178  370    2100
14  21         116         297         320.25184   501          799  585    2040
15  21          79         105         131.27134   159          496  585    2060
16   0          42          85          80.75632   121          181  585    2080
17  13          84          96          95.78372   111          161  585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 152.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.