51 Fraxinus ornus

51.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.u4dqhn
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232291-230224095556074
  Created: 2023-05-11T09:05:26.596+00:00
  Modified: 2023-05-11T09:06:38.886+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232291-230224095556074.zip
  Total records: 15204

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 15204 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.360785 ymin: -43.6593 xmax: 175.304763 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 15,204 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 2    3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 3    3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 4    3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 5    3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 6    3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 7    3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 8    9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 9    9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
10    9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
# ℹ 15,194 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 15 204 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Fraxinus ornus dans le monde.

Figure 51.1: Occurrences de Fraxinus ornus dans le monde.

51.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9955932649
[1] 0.0015127598
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Fraxinus ornus dans la région d'endémisme.

Figure 51.2: Occurrence de Fraxinus ornus dans la région d’endémisme.

51.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                   11547 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                    3207 
                                                 CC0_1_0 
                                                     296 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                      56 
   https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                      31 
[1] 78.44354892
Occurrence de Fraxinus ornus dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 51.3: Occurrence de Fraxinus ornus dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 11874

51.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 11874 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.43417 ymin: 34.60166 xmax: 36.195 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 11,874 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 2     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 3     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 4     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 5     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 6     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 7     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 8     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
 9     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
10     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… ""                  
# ℹ 11,864 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

51.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Fraxinus ornus dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 51.4: Occurrence de Fraxinus ornus dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

51.2 Modélisation de la niche climatique

51.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 11874, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.43417, 36.195, 34.60166, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fror Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  fror

     11856 presences,  0 true absences and  35141 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-21.912   Min.   :-10.854   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.83   1st Qu.: -8.656   1st Qu.:  9.495   1st Qu.: 608.7  
 Median :25.14   Median : -1.924   Median : 12.596   Median : 731.3  
 Mean   :25.51   Mean   : -3.522   Mean   : 12.339   Mean   : 754.6  
 3rd Qu.:28.56   3rd Qu.:  2.120   3rd Qu.: 15.942   3rd Qu.: 894.3  
 Max.   :44.86   Max.   : 11.300   Max.   : 24.501   Max.   :1379.6  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.65  
 1st Qu.: 179.0   1st Qu.: 25.43  
 Median : 224.0   Median : 33.10  
 Mean   : 231.1   Mean   : 37.63  
 3rd Qu.: 288.0   3rd Qu.: 44.33  
 Max.   :1227.0   Max.   :122.95  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 51.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 83046, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 51.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

51.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for fror_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fror_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fror_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fror Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  fror_PA1 


-=-=-=--=-=-=- fror_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  fror_PA2 


-=-=-=--=-=-=- fror_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  fror_PA3 


-=-=-=--=-=-=- fror_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

51.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    fror_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  576.0      94.844
2    fror_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  493.5      96.405
3   fror_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  543.0      91.154
4   fror_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  542.5      91.154
5 fror_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  419.0      88.550
6 fror_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  397.5      90.163
  specificity calibration validation evaluation
1      62.038       0.569      0.550         NA
2      60.533       0.746      0.733         NA
3      89.430       0.806      0.803         NA
4      89.430       0.965      0.962         NA
5      91.694       0.802      0.797         NA
6      90.125       0.966      0.964         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 51.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

51.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 fror_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.266426
2 fror_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.319357
3 fror_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.006373
4 fror_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.280364
5 fror_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.022584
6 fror_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.011264
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 51.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 51.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

51.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 51.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

51.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : fror

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
fror_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fror_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

51.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fror_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fror_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  500.0      95.597      92.564
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  498.5      95.631      92.547
  calibration validation evaluation
1       0.882         NA         NA
2       0.989         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 51.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fror_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fror_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 fror_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 fror_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 fror_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 fror_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.247425
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.339218
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.043474
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.135770
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.125744
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.112466

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 51.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 51.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

51.3 Projections

51.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fror/current


sp.name : fror

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fror/fror.AllModels.models.out )

models.projected : 
fror_PA1_RUN1_GAM, fror_PA1_RUN1_MARS, fror_PA1_RUN1_MAXNET, fror_PA1_RUN1_GBM, fror_PA1_RUN1_ANN, fror_PA1_RUN1_RF, fror_PA2_RUN1_GAM, fror_PA2_RUN1_MARS, fror_PA2_RUN1_MAXNET, fror_PA2_RUN1_GBM, fror_PA2_RUN1_ANN, fror_PA2_RUN1_RF, fror_PA3_RUN1_GAM, fror_PA3_RUN1_MARS, fror_PA3_RUN1_MAXNET, fror_PA3_RUN1_GBM, fror_PA3_RUN1_ANN, fror_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 51.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 51.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fror/current


sp.name : fror

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fror/fror.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
fror_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fror_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 51.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

51.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fror/cont_gre


sp.name : fror

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fror/fror.AllModels.models.out )

models.projected : 
fror_PA1_RUN1_GAM, fror_PA1_RUN1_MARS, fror_PA1_RUN1_MAXNET, fror_PA1_RUN1_GBM, fror_PA1_RUN1_ANN, fror_PA1_RUN1_RF, fror_PA2_RUN1_GAM, fror_PA2_RUN1_MARS, fror_PA2_RUN1_MAXNET, fror_PA2_RUN1_GBM, fror_PA2_RUN1_ANN, fror_PA2_RUN1_RF, fror_PA3_RUN1_GAM, fror_PA3_RUN1_MARS, fror_PA3_RUN1_MAXNET, fror_PA3_RUN1_GBM, fror_PA3_RUN1_ANN, fror_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 51.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 51.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fror/cont_gre


sp.name : fror

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fror/fror.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
fror_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fror_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 51.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

51.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 51.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 51.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 51.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 51.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

51.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

51.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 51.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 51.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 51.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 51.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

51.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 219         571         650         673.1173    825         917   0      2000
 2 247         646         840         745.5693    880         919   126    2040
 3 227         616         842         733.1213    874         922   126    2060
 4 239         617         863         748.0407    890         924   126    2080
 5 226         627         846         737.5476    875         921   126    2100
 6 251         686         852         755.7329    880         921   245    2040
 7 224         585         855         731.9245    885         923   245    2060
 8 243         569         854         722.5795    885         924   245    2080
 9 220         519         824         690.0017    879         927   245    2100
10 245         638         838         743.1645    881         920   370    2040
11 227         592         847         727.8610    874         923   370    2060
12 202         370         802         661.6574    858         926   370    2080
13 261         289         611         571.7841    781         885   370    2100
14 246         646         852         753.7374    890         923   585    2040
15 230         591         857         731.1384    884         925   585    2060
16 192         312         672         613.8472    832         901   585    2080
17 178         271         411         423.7361    582         840   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 51.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.