264 Populus canescens

264.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.6cps9z
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0017209-230828120925497
  Created: 2023-09-15T02:26:32.057+00:00
  Modified: 2023-09-15T02:27:20.787+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0017209-230828120925497.zip
  Total records: 14046

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 14046 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.0117 ymin: -43.57947 xmax: 175.3321 ymax: 62.46134
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 14,046 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *    <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 3117586995 5f06e39d-81c… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 2 3117582992 5f06e39d-81c… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 3 3117586923 5f06e39d-81c… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 4 3117584028 5f06e39d-81c… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 5 3117689319 5f06e39d-81c… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 6 3117681333 5f06e39d-81c… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 7 3117583914 5f06e39d-81c… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 8 3117952001 5f06e39d-81c… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 9 3118036256 5f06e39d-81c… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
10  997740966 38b4c89f-584… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
# ℹ 14,036 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 14 046 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Populus canescens dans le monde.

Figure 264.1: Occurrences de Populus canescens dans le monde.

264.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9831269
[1] 0.002135839
[1] 7.119465e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Populus canescens dans la région d'endémisme.

Figure 264.2: Occurrence de Populus canescens dans la région d’endémisme.

264.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                   10919 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                     680 
                                                 CC0_1_0 
                                                    2162 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                      42 
   https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       6 
[1] 94.77153
Occurrence de Populus canescens dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 264.3: Occurrence de Populus canescens dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 13087

264.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 13087 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.01378 ymin: 37.25 xmax: 46.85 ymax: 62.46134
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 13,087 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
     <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 997740966 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 2 932643813 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 3 932008012 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 4 932006089 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 5 932004762 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 6 931966869 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 7 930766735 271c444f-f8d8… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 8 930763495 271c444f-f8d8… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
 9 930760899 271c444f-f8d8… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
10 930759540 271c444f-f8d8… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu…
# ℹ 13,077 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

264.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Populus canescens dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 264.4: Occurrence de Populus canescens dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

264.2 Modélisation de la niche climatique

264.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 13087, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.01378, 46.85, 37.25, 62.46134  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= poca Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  poca

     13066 presences,  0 true absences and  38682 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-21.960   Min.   :-11.199   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.49   1st Qu.: -8.777   1st Qu.:  8.495   1st Qu.: 579.9  
 Median :23.58   Median : -1.587   Median : 12.569   Median : 716.9  
 Mean   :24.88   Mean   : -3.796   Mean   : 12.223   Mean   : 744.8  
 3rd Qu.:28.00   3rd Qu.:  0.944   3rd Qu.: 16.131   3rd Qu.: 897.5  
 Max.   :45.52   Max.   : 12.036   Max.   : 25.885   Max.   :1385.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.496  
 1st Qu.: 172.0   1st Qu.: 20.102  
 Median : 210.0   Median : 30.076  
 Mean   : 211.3   Mean   : 33.864  
 3rd Qu.: 244.0   3rd Qu.: 38.853  
 Max.   :1240.0   Max.   :123.656  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 264.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 91525, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.27083, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 264.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

264.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for poca_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for poca_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for poca_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= poca Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  poca_PA1 


-=-=-=--=-=-=- poca_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  poca_PA2 


-=-=-=--=-=-=- poca_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  poca_PA3 


-=-=-=--=-=-=- poca_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

264.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    poca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  697.0      94.375
2    poca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  693.5      94.432
3   poca_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  630.0      93.648
4   poca_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  608.5      93.935
5 poca_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  390.0      93.925
6 poca_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  388.5      93.944
  specificity calibration validation evaluation
1      68.042       0.624      0.640         NA
2      67.994       0.767      0.781         NA
3      92.770       0.864      0.865         NA
4      92.512       0.974      0.972         NA
5      92.245       0.862      0.865         NA
6      92.235       0.971      0.969         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 264.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

264.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 poca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.092075
2 poca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.436404
3 poca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.018946
4 poca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.160357
5 poca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.030407
6 poca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.049349
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 264.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 264.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

264.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 264.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

264.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : poca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
poca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, poca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

264.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 poca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 poca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  654.0      93.808      95.835
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  657.5      93.739      95.905
  calibration validation evaluation
1       0.896         NA         NA
2       0.991         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 264.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 poca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 poca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 poca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 poca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 poca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 poca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.220972
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.221921
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.047177
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.317695
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.060029
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.262990

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 264.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 264.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

264.3 Projections

264.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poca/current


sp.name : poca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poca/poca.AllModels.models.out )

models.projected : 
poca_PA1_RUN1_GAM, poca_PA1_RUN1_MARS, poca_PA1_RUN1_MAXNET, poca_PA1_RUN1_GBM, poca_PA1_RUN1_ANN, poca_PA1_RUN1_RF, poca_PA2_RUN1_GAM, poca_PA2_RUN1_MARS, poca_PA2_RUN1_MAXNET, poca_PA2_RUN1_GBM, poca_PA2_RUN1_ANN, poca_PA2_RUN1_RF, poca_PA3_RUN1_GAM, poca_PA3_RUN1_MARS, poca_PA3_RUN1_MAXNET, poca_PA3_RUN1_GBM, poca_PA3_RUN1_ANN, poca_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 264.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 264.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poca/current


sp.name : poca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poca/poca.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
poca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, poca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 264.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

264.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poca/cont_gre


sp.name : poca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poca/poca.AllModels.models.out )

models.projected : 
poca_PA1_RUN1_GAM, poca_PA1_RUN1_MARS, poca_PA1_RUN1_MAXNET, poca_PA1_RUN1_GBM, poca_PA1_RUN1_ANN, poca_PA1_RUN1_RF, poca_PA2_RUN1_GAM, poca_PA2_RUN1_MARS, poca_PA2_RUN1_MAXNET, poca_PA2_RUN1_GBM, poca_PA2_RUN1_ANN, poca_PA2_RUN1_RF, poca_PA3_RUN1_GAM, poca_PA3_RUN1_MARS, poca_PA3_RUN1_MAXNET, poca_PA3_RUN1_GBM, poca_PA3_RUN1_ANN, poca_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 264.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 264.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/poca/cont_gre


sp.name : poca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/poca/poca.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
poca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, poca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 264.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

264.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 264.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 264.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 264.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 264.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

264.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

264.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 264.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 264.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 264.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 264.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

264.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 187         468         669         600.0531    737         822   0      2000
 2 143         414         590         546.5430    704         806   126    2040
 3 120         377         553         509.6470    656         764   126    2060
 4 122         357         538         491.4352    634         750   126    2080
 5 149         397         565         520.4773    658         738   126    2100
 6 142         434         618         556.7274    708         785   245    2040
 7 113         311         489         449.2497    590         722   245    2060
 8 108         298         482         448.1366    599         718   245    2080
 9  96         253         399         383.1108    506         682   245    2100
10 128         386         562         518.1678    665         783   370    2040
11 112         338         521         475.1369    620         742   370    2060
12  90         236         382         376.1594    510         693   370    2080
13  64         121         203         194.4448    257         436   370    2100
14 129         381         559         510.2389    654         768   585    2040
15 106         288         470         432.6634    578         696   585    2060
16  70         130         227         216.9162    289         461   585    2080
17  51          76         113         116.7797    153         286   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 264.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.