177 Salix alba L

177.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.fqpqb6
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260074-230224095556074
  Created: 2023-05-24T19:30:30.364+00:00
  Modified: 2023-05-24T19:38:08.229+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260074-230224095556074.zip
  Total records: 152635

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 152635 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.097561 ymin: -46.543518 xmax: 175.660449 ymax: 66.615448
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 152,635 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3 e7 837381f4-… EMMA:EMMA:4… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 2     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 3     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 4     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 5     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 6     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 7     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 8     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 9     3.e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
10     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
# ℹ 152,625 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 152 635 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Salix alba L dans le monde.

Figure 177.1: Occurrences de Salix alba L dans le monde.

177.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9918891473
[1] 0.002266845743
[1] 0.001067907099

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Salix alba L dans la région d'endémisme.

Figure 177.2: Occurrence de Salix alba L dans la région d’endémisme.

177.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      112797        21564        17036 
[1] 85.75665304
Occurrence de Salix alba L dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 177.3: Occurrence de Salix alba L dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 129833

177.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.538206 ymin: 36.201454 xmax: 46.519315 ymax: 66.615448
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1.e9 64dabd3c-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 2     1.e9 8ea4250e-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 3     4 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 4     3.e9 bd8ee748-… "c92362a0-8… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 5     2 e9 dd238f50-… "41ccb169-1… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 6     2 e9 5629f624-… "a6d63d1c-2… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 7     2 e9 64dabd3c-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 8     3.e9 14d81697-… "3ee1c7ea-8… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
 9     1 e9 bfc6fe18-… "Natuurpunt… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
10     3.e9 bd8ee748-… "9525f691-5… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Salix Salix … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

177.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Salix alba L dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 177.4: Occurrence de Salix alba L dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

177.2 Modélisation de la niche climatique

177.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.538206, 46.51931, 36.20145, 66.61545  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= saal Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  saal

     24984 presences,  0 true absences and  72894 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.000   Min.   :-11.803   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.60   1st Qu.: -8.760   1st Qu.:  8.649   1st Qu.: 604.3  
 Median :23.72   Median : -2.728   Median : 12.840   Median : 722.7  
 Mean   :24.97   Mean   : -4.013   Mean   : 12.276   Mean   : 752.1  
 3rd Qu.:28.07   3rd Qu.:  0.952   3rd Qu.: 16.258   3rd Qu.: 895.5  
 Max.   :45.86   Max.   : 12.376   Max.   : 26.215   Max.   :1395.3  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :   3   Min.   :  4.911  
 1st Qu.: 175   1st Qu.: 20.750  
 Median : 216   Median : 30.628  
 Mean   : 218   Mean   : 34.433  
 3rd Qu.: 251   3rd Qu.: 39.213  
 Max.   :1248   Max.   :122.931  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 177.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174936, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 177.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

177.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for saal_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for saal_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for saal_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= saal Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  saal_PA1 


-=-=-=--=-=-=- saal_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  saal_PA2 


-=-=-=--=-=-=- saal_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  saal_PA3 


-=-=-=--=-=-=- saal_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

177.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    saal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  566.0      95.342
2    saal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  571.5      95.292
3   saal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  559.0      93.106
4   saal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  566.5      92.940
5 saal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  347.0      95.412
6 saal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  348.5      95.337
  specificity calibration validation evaluation
1      56.495       0.519      0.519         NA
2      56.565       0.682      0.678         NA
3      87.305       0.804      0.811         NA
4      87.485       0.948      0.949         NA
5      84.960       0.804      0.814         NA
6      85.055       0.948      0.948         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 177.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

177.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 saal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.464996
2 saal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.080071
3 saal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.023729
4 saal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.612612
5 saal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.051406
6 saal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.040289
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 177.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 177.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

177.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 177.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

177.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : saal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
saal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, saal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

177.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 saal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 saal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  623.0      93.324      93.960
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  624.5      93.288      94.013
  calibration validation evaluation
1       0.873         NA         NA
2       0.985         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 177.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 saal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 saal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 saal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 saal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 saal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 saal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.249852
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.086223
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.057280
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.258122
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.126644
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.276733

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 177.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 177.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

177.3 Projections

177.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/saal/current


sp.name : saal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/saal/saal.AllModels.models.out )

models.projected : 
saal_PA1_RUN1_GAM, saal_PA1_RUN1_MARS, saal_PA1_RUN1_MAXNET, saal_PA1_RUN1_GBM, saal_PA1_RUN1_RF, saal_PA2_RUN1_GAM, saal_PA2_RUN1_MARS, saal_PA2_RUN1_MAXNET, saal_PA2_RUN1_GBM, saal_PA2_RUN1_RF, saal_PA3_RUN1_GAM, saal_PA3_RUN1_MARS, saal_PA3_RUN1_MAXNET, saal_PA3_RUN1_GBM, saal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 177.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 177.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/saal/current


sp.name : saal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/saal/saal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
saal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, saal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 177.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

177.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/saal/cont_gre


sp.name : saal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/saal/saal.AllModels.models.out )

models.projected : 
saal_PA1_RUN1_GAM, saal_PA1_RUN1_MARS, saal_PA1_RUN1_MAXNET, saal_PA1_RUN1_GBM, saal_PA1_RUN1_RF, saal_PA2_RUN1_GAM, saal_PA2_RUN1_MARS, saal_PA2_RUN1_MAXNET, saal_PA2_RUN1_GBM, saal_PA2_RUN1_RF, saal_PA3_RUN1_GAM, saal_PA3_RUN1_MARS, saal_PA3_RUN1_MAXNET, saal_PA3_RUN1_GBM, saal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 177.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 177.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/saal/cont_gre


sp.name : saal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/saal/saal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
saal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, saal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 177.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

177.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 177.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 177.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 177.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 177.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

177.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

177.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 177.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 177.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 177.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 177.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

177.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 378         670         756         723.6432    799         856   0      2000
 2 234         545         699         644.0696    775         856   126    2040
 3 219         494         646         597.2096    729         854   126    2060
 4 228         501         649         598.1715    721         849   126    2080
 5 240         518         659         608.1671    727         834   126    2100
 6 230         541         690         640.0453    778         855   245    2040
 7 190         450         592         554.9307    694         831   245    2060
 8 197         430         570         537.6059    670         820   245    2080
 9 173         375         526         489.1808    608         742   245    2100
10 201         515         678         625.5586    772         855   370    2040
11 201         469         607         565.7165    698         836   370    2060
12 147         336         506         470.9886    592         735   370    2080
13 116         172         284         270.4387    347         522   370    2100
14 226         527         676         621.4443    744         846   585    2040
15 191         427         566         530.2898    665         781   585    2060
16 126         194         326         308.2231    405         563   585    2080
17 101         136         163         177.1049    217         364   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 177.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.