297 Quercus coccifera

297.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.apewm9
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018324-230828120925497
  Created: 2023-09-16T09:44:56.534+00:00
  Modified: 2023-09-16T09:46:13.161+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018324-230828120925497.zip
  Total records: 41147

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 41147 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -121.7639 ymin: 27.1732 xmax: 99.4265 ymax: 51.01
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 41,147 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 932709036 ebd49d9b-696b… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 2 910487259 837acfc2-f762… "HSS:HSS:56… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 3 910487258 837acfc2-f762… "HSS:HSS:56… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 4 910485762 837acfc2-f762… "HSS:HSS:54… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 5 910485727 837acfc2-f762… "HSS:HSS:54… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 6 910485663 837acfc2-f762… "HSS:HSS:54… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 7 910484957 837acfc2-f762… "HSS:HSS:53… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 8 910483611 837acfc2-f762… "HSS:HSS:51… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 9 910483570 837acfc2-f762… "HSS:HSS:51… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
10 910482868 837acfc2-f762… "HSS:HSS:48… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
# ℹ 41,137 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 41 147 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus coccifera dans le monde.

Figure 297.1: Occurrences de Quercus coccifera dans le monde.

297.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9997813
[1] 0.0001215155
[1] 9.721243e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Quercus coccifera dans la région d'endémisme.

Figure 297.2: Occurrence de Quercus coccifera dans la région d’endémisme.

297.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
       18458        22574          106 
[1] 45.12616
Occurrence de Quercus coccifera dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 297.3: Occurrence de Quercus coccifera dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 18564

297.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 18564 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.497531 ymin: 30.69295 xmax: 37.184 ymax: 50.97307
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 18,564 × 51
     gbifID datasetKey      occurrenceID kingdom phylum class order family genus
    <int64> <chr>           <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 85588459 8582b50a-f762-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 2 85588452 8582b50a-f762-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 3 85587660 8582b50a-f762-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 4 85587632 8582b50a-f762-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 5 85587621 8582b50a-f762-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 6 85587617 8582b50a-f762-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 7 85587052 8582b50a-f762-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 8 85584771 8582b50a-f762-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
 9 85584759 8582b50a-f762-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
10 85584722 8582b50a-f762-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer…
# ℹ 18,554 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

297.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus coccifera dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 297.4: Occurrence de Quercus coccifera dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

297.2 Modélisation de la niche climatique

297.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 18564, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.497531, 37.184, 30.69295, 50.97307  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= quco Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  quco

     18536 presences,  0 true absences and  54567 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 3.668   Min.   :-21.988   Min.   :-9.677   Min.   : 211.5  
 1st Qu.:20.984   1st Qu.: -8.664   1st Qu.:10.236   1st Qu.: 599.1  
 Median :26.788   Median : -0.596   Median :13.183   Median : 713.8  
 Mean   :26.135   Mean   : -3.097   Mean   :12.611   Mean   : 749.6  
 3rd Qu.:29.500   3rd Qu.:  2.804   3rd Qu.:15.762   3rd Qu.: 894.6  
 Max.   :45.692   Max.   : 12.148   Max.   :26.344   Max.   :1358.0  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.63  
 1st Qu.: 180.0   1st Qu.: 28.62  
 Median : 220.0   Median : 34.21  
 Mean   : 219.2   Mean   : 39.92  
 3rd Qu.: 255.0   3rd Qu.: 43.46  
 Max.   :1228.0   Max.   :121.79  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 297.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 129836, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.3125, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 297.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

297.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for quco_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for quco_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for quco_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= quco Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  quco_PA1 


-=-=-=--=-=-=- quco_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  quco_PA2 


-=-=-=--=-=-=- quco_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  quco_PA3 


-=-=-=--=-=-=- quco_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

297.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    quco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  919.0      98.752
2    quco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  914.5      98.773
3   quco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  674.0      94.295
4   quco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  682.5      94.241
5 quco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  347.0      96.102
6 quco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  350.5      95.967
  specificity calibration validation evaluation
1      69.174       0.679      0.673         NA
2      69.160       0.838      0.834         NA
3      95.239       0.896      0.886         NA
4      95.361       0.988      0.987         NA
5      94.101       0.902      0.889         NA
6      94.283       0.989      0.988         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 297.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

297.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 quco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.610823
2 quco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.025649
3 quco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.010469
4 quco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.488450
5 quco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.023291
6 quco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.054791
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 297.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 297.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

297.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 297.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

297.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : quco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
quco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

297.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 quco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 quco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  547.0      96.429      97.748
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  554.5      96.337      97.876
  calibration validation evaluation
1       0.942         NA         NA
2       0.997         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 297.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 quco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 quco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 quco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 quco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 quco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 quco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.193852
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.359257
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.023289
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.136993
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.111431
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.051233

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 297.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 297.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

297.3 Projections

297.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quco/current


sp.name : quco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quco/quco.AllModels.models.out )

models.projected : 
quco_PA1_RUN1_GAM, quco_PA1_RUN1_MARS, quco_PA1_RUN1_MAXNET, quco_PA1_RUN1_GBM, quco_PA1_RUN1_RF, quco_PA2_RUN1_GAM, quco_PA2_RUN1_MARS, quco_PA2_RUN1_MAXNET, quco_PA2_RUN1_GBM, quco_PA2_RUN1_RF, quco_PA3_RUN1_GAM, quco_PA3_RUN1_MARS, quco_PA3_RUN1_MAXNET, quco_PA3_RUN1_GBM, quco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 297.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 297.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quco/current


sp.name : quco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quco/quco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
quco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 297.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

297.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quco/cont_gre


sp.name : quco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quco/quco.AllModels.models.out )

models.projected : 
quco_PA1_RUN1_GAM, quco_PA1_RUN1_MARS, quco_PA1_RUN1_MAXNET, quco_PA1_RUN1_GBM, quco_PA1_RUN1_RF, quco_PA2_RUN1_GAM, quco_PA2_RUN1_MARS, quco_PA2_RUN1_MAXNET, quco_PA2_RUN1_GBM, quco_PA2_RUN1_RF, quco_PA3_RUN1_GAM, quco_PA3_RUN1_MARS, quco_PA3_RUN1_MAXNET, quco_PA3_RUN1_GBM, quco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 297.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 297.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quco/cont_gre


sp.name : quco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quco/quco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
quco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 297.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

297.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 297.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 297.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 297.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 297.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

297.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

297.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 297.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 297.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 297.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 297.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

297.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 15           29          49         127.5796    248         441   0      2000
 2 19          103         189         213.2983    320         492   126    2040
 3 26          147         235         248.6409    348         502   126    2060
 4 27          160         268         273.0003    377         532   126    2080
 5 28          156         259         268.6821    375         523   126    2100
 6 22          124         215         231.2693    335         498   245    2040
 7 30          158         243         249.8133    332         500   245    2060
 8 54          223         308         302.7373    376         519   245    2080
 9 73          232         328         310.7246    384         527   245    2100
10 19           99         168         189.0423    275         465   370    2040
11 34          172         260         267.6292    350         513   370    2060
12 80          215         322         304.9304    397         516   370    2080
13 67          147         297         257.5369    347         421   370    2100
14 20          124         218         239.1261    351         513   585    2040
15 46          195         277         277.2388    351         515   585    2060
16 75          166         314         268.1169    350         411   585    2080
17 64          103         202         204.2000    291         460   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 297.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.