88 Fraxinus sieboldiana

88.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.ypjbhu
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252200-230224095556074
  Created: 2023-05-20T12:24:20.715+00:00
  Modified: 2023-05-20T12:25:09.456+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252200-230224095556074.zip
  Total records: 1655

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1655 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -78.698658 ymin: 29.68 xmax: 142.52625 ymax: 59.47153
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,655 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      8e8 bf2a4bf0-… http://data… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 2      7e8 86185376-… 7d209ab2-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 3      7e8 86185376-… 7d18e240-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 4      7e8 86185376-… 7d1538d4-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 5      7e8 86185376-… 7d0c7bc2-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 6      7e8 86185376-… 7d08eb24-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 7      7e8 86185376-… 7d077cb2-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 8      7e8 86185376-… 7d072c44-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 9      7e8 86185376-… 7d0703d6-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
10      7e8 86185376-… 7cf5d0ac-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
# ℹ 1,645 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 1 655 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Fraxinus sieboldiana dans le monde.

Figure 88.1: Occurrences de Fraxinus sieboldiana dans le monde.

88.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.1546827795
[1] 0.001208459215
[1] 0.8441087613

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Fraxinus sieboldiana dans la région d'endémisme.

Figure 88.2: Occurrence de Fraxinus sieboldiana dans la région d’endémisme.

88.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         935          314          148 
[1] 77.52326414
Occurrence de Fraxinus sieboldiana dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 88.3: Occurrence de Fraxinus sieboldiana dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 1083

88.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1083 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 127.66806 ymin: 30.33 xmax: 142.52625 ymax: 42.56977
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,083 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      7e8 86185376-… 7d209ab2-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 2      7e8 86185376-… 7d18e240-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 3      7e8 86185376-… 7d1538d4-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 4      7e8 86185376-… 7d0c7bc2-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 5      7e8 86185376-… 7d08eb24-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 6      7e8 86185376-… 7d077cb2-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 7      7e8 86185376-… 7d072c44-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 8      7e8 86185376-… 7d0703d6-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
 9      7e8 86185376-… 7cf5d0ac-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
10      7e8 86185376-… 7ceb1004-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Frax… Fraxin… NA                  
# ℹ 1,073 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

88.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Fraxinus sieboldiana dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 88.4: Occurrence de Fraxinus sieboldiana dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

88.2 Modélisation de la niche climatique

88.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1083, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 127.6681, 142.5263, 30.33, 42.56977  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= frsi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  frsi

     1082 presences,  0 true absences and  3247 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 1.268   Min.   :-43.208   Min.   :-13.25   Min.   :  22.69  
 1st Qu.:22.804   1st Qu.:-21.548   1st Qu.: 15.94   1st Qu.: 758.11  
 Median :26.768   Median : -8.472   Median : 20.17   Median : 889.14  
 Mean   :25.662   Mean   : -9.533   Mean   : 19.10   Mean   : 945.25  
 3rd Qu.:29.716   3rd Qu.: -0.212   3rd Qu.: 23.40   3rd Qu.:1285.82  
 Max.   :39.976   Max.   : 25.300   Max.   : 34.91   Max.   :1966.69  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  11.0   Min.   :  9.749  
 1st Qu.: 204.0   1st Qu.: 50.154  
 Median : 409.0   Median : 75.837  
 Mean   : 472.8   Mean   : 76.679  
 3rd Qu.: 643.0   3rd Qu.:101.324  
 Max.   :4198.0   Max.   :165.213  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 88.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 7577, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.02083, 146.3958, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 88.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

88.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for frsi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for frsi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for frsi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= frsi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  frsi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- frsi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  frsi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- frsi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  frsi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- frsi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

88.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    frsi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  848.0      99.654
2    frsi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  846.5      99.654
3   frsi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  490.0      99.769
4   frsi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  493.0      99.769
5 frsi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  291.0      99.769
6 frsi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  296.0      99.769
  specificity calibration validation evaluation
1      75.289       0.749      0.742         NA
2      75.289       0.799      0.790         NA
3      96.536       0.963      0.963         NA
4      96.536       0.992      0.995         NA
5      95.035       0.948      0.949         NA
6      95.150       0.992      0.991         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 88.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

88.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 frsi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.247822
2 frsi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.186797
3 frsi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.024639
4 frsi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.742843
5 frsi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.281717
6 frsi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.293232
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 88.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 88.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

88.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 88.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

88.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : frsi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
frsi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, frsi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

88.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 frsi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 frsi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS    598      99.723      98.275
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC    599      99.723      98.306
  calibration validation evaluation
1       0.980         NA         NA
2       0.999         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 88.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 frsi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 frsi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 frsi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 frsi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 frsi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 frsi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.248642
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.394920
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.147415
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.350634
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.328803
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.324777

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 88.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 88.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

88.3 Projections

88.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/frsi/current


sp.name : frsi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/frsi/frsi.AllModels.models.out )

models.projected : 
frsi_PA1_RUN1_GAM, frsi_PA1_RUN1_MARS, frsi_PA1_RUN1_MAXNET, frsi_PA1_RUN1_GBM, frsi_PA1_RUN1_ANN, frsi_PA1_RUN1_RF, frsi_PA2_RUN1_GAM, frsi_PA2_RUN1_MARS, frsi_PA2_RUN1_MAXNET, frsi_PA2_RUN1_GBM, frsi_PA2_RUN1_RF, frsi_PA3_RUN1_GAM, frsi_PA3_RUN1_MARS, frsi_PA3_RUN1_MAXNET, frsi_PA3_RUN1_GBM, frsi_PA3_RUN1_ANN, frsi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 88.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 88.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/frsi/current


sp.name : frsi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/frsi/frsi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
frsi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, frsi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 88.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

88.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/frsi/cont_gre


sp.name : frsi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/frsi/frsi.AllModels.models.out )

models.projected : 
frsi_PA1_RUN1_GAM, frsi_PA1_RUN1_MARS, frsi_PA1_RUN1_MAXNET, frsi_PA1_RUN1_GBM, frsi_PA1_RUN1_ANN, frsi_PA1_RUN1_RF, frsi_PA2_RUN1_GAM, frsi_PA2_RUN1_MARS, frsi_PA2_RUN1_MAXNET, frsi_PA2_RUN1_GBM, frsi_PA2_RUN1_RF, frsi_PA3_RUN1_GAM, frsi_PA3_RUN1_MARS, frsi_PA3_RUN1_MAXNET, frsi_PA3_RUN1_GBM, frsi_PA3_RUN1_ANN, frsi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 88.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 88.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/frsi/cont_gre


sp.name : frsi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/frsi/frsi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
frsi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, frsi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 88.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

88.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 88.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 88.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 88.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 88.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

88.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

88.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 88.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 88.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 88.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 88.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

88.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 114         188         244         263.3533    320         611   0      2000
 2 117         207         258         265.4402    293         606   126    2040
 3 122         208         240         250.5093    267         595   126    2060
 4 126         227         253         274.7126    297         618   126    2080
 5 125         216         242         260.8827    276         607   126    2100
 6 119         214         256         268.0720    293         606   245    2040
 7 128         233         254         274.8724    292         608   245    2060
 8 135         229         242         262.6342    273         592   245    2080
 9 136         220         229         244.7384    246         574   245    2100
10 118         213         263         270.8806    299         610   370    2040
11 128         223         240         255.6530    265         597   370    2060
12 134         215         223         228.9322    234         506   370    2080
13 106         150         195         188.2295    208         458   370    2100
14 119         214         256         270.7111    296         619   585    2040
15 135         223         236         257.0924    267         601   585    2060
16 114         187         211         215.2017    225         522   585    2080
17 101         116         157         160.8792    203         310   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 88.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.