143 Ligustrum vulgare

143.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.5yppxv
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252611-230224095556074
  Created: 2023-05-20T17:26:46.904+00:00
  Modified: 2023-05-20T17:31:28.805+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252611-230224095556074.zip
  Total records: 292428

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 292428 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.986398 ymin: -46.561505 xmax: 175.808749 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 292,428 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      2e9 835613da-… 2E270103-C4… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 2      2e9 835613da-… CCEFC6E1-1F… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 3      2e9 835613da-… 123F98EC-D5… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 4      2e9 835613da-… 50571D60-17… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 5      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 6      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 7      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 8      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 9      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
10      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
# ℹ 292,418 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 292 428 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Ligustrum vulgare dans le monde.

Figure 143.1: Occurrences de Ligustrum vulgare dans le monde.

143.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9960468902
[1] 0.002554474948
[1] 8.549112944e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Ligustrum vulgare dans la région d'endémisme.

Figure 143.2: Occurrence de Ligustrum vulgare dans la région d’endémisme.

143.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      260188        24486         6598 
[1] 91.5934247
Occurrence de Ligustrum vulgare dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 143.3: Occurrence de Ligustrum vulgare dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 266786

143.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.98238 ymin: 34.834681 xmax: 46.77278 ymax: 60.57585
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     4 e9 5b26af6e-… "e3723538-1… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 2     2 e9 dd238f50-… "c1270fd8-b… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 3     1.e7 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 4     2 e9 dd238f50-… "2c1c10fe-d… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 5     2 e9 dd238f50-… "1e1dadd5-a… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 6     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 7     3.e9 bd8ee748-… "da581afd-8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 8     2 e9 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
 9     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
10     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Ligu… Ligust… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

143.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Ligustrum vulgare dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 143.4: Occurrence de Ligustrum vulgare dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

143.2 Modélisation de la niche climatique

143.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.98238, 46.77278, 34.83468, 60.57585  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= livu Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  livu

     24959 presences,  0 true absences and  72839 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.048   Min.   :-11.243   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.70   1st Qu.: -8.740   1st Qu.:  8.584   1st Qu.: 609.4  
 Median :24.06   Median : -2.628   Median : 12.660   Median : 719.0  
 Mean   :25.05   Mean   : -3.998   Mean   : 12.164   Mean   : 752.2  
 3rd Qu.:28.04   3rd Qu.:  0.968   3rd Qu.: 16.141   3rd Qu.: 895.8  
 Max.   :45.74   Max.   : 11.550   Max.   : 26.185   Max.   :1392.7  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :   3   Min.   :  6.042  
 1st Qu.: 174   1st Qu.: 20.389  
 Median : 216   Median : 30.511  
 Mean   : 220   Mean   : 34.226  
 3rd Qu.: 258   3rd Qu.: 39.300  
 Max.   :1239   Max.   :124.090  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 143.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174836, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.60417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 143.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

143.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for livu_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for livu_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for livu_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= livu Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  livu_PA1 


-=-=-=--=-=-=- livu_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  livu_PA2 


-=-=-=--=-=-=- livu_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  livu_PA3 


-=-=-=--=-=-=- livu_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

143.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    livu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  758.0      90.745
2    livu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  764.5      90.484
3   livu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  511.0      95.688
4   livu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  515.5      95.613
5 livu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  373.0      95.442
6 livu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  374.5      95.387
  specificity calibration validation evaluation
1      72.580       0.634      0.634         NA
2      72.895       0.814      0.813         NA
3      87.920       0.836      0.834         NA
4      88.020       0.962      0.961         NA
5      88.480       0.839      0.837         NA
6      88.590       0.963      0.961         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 143.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

143.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 livu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.295696
2 livu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.096102
3 livu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.015670
4 livu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.469846
5 livu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.018896
6 livu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.017322
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 143.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 143.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

143.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 143.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

143.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : livu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
livu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, livu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

143.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 livu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 livu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  603.0      94.387      93.462
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  605.5      94.315      93.569
  calibration validation evaluation
1       0.879         NA         NA
2       0.987         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 143.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 livu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 livu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 livu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 livu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 livu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 livu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.122968
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.101124
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.035997
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.289833
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.063602
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.170666

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 143.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 143.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

143.3 Projections

143.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/livu/current


sp.name : livu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/livu/livu.AllModels.models.out )

models.projected : 
livu_PA1_RUN1_GAM, livu_PA1_RUN1_MARS, livu_PA1_RUN1_MAXNET, livu_PA1_RUN1_GBM, livu_PA1_RUN1_ANN, livu_PA1_RUN1_RF, livu_PA2_RUN1_GAM, livu_PA2_RUN1_MARS, livu_PA2_RUN1_MAXNET, livu_PA2_RUN1_GBM, livu_PA2_RUN1_RF, livu_PA3_RUN1_GAM, livu_PA3_RUN1_MARS, livu_PA3_RUN1_MAXNET, livu_PA3_RUN1_GBM, livu_PA3_RUN1_ANN, livu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 143.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 143.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/livu/current


sp.name : livu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/livu/livu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
livu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, livu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 143.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

143.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/livu/cont_gre


sp.name : livu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/livu/livu.AllModels.models.out )

models.projected : 
livu_PA1_RUN1_GAM, livu_PA1_RUN1_MARS, livu_PA1_RUN1_MAXNET, livu_PA1_RUN1_GBM, livu_PA1_RUN1_ANN, livu_PA1_RUN1_RF, livu_PA2_RUN1_GAM, livu_PA2_RUN1_MARS, livu_PA2_RUN1_MAXNET, livu_PA2_RUN1_GBM, livu_PA2_RUN1_RF, livu_PA3_RUN1_GAM, livu_PA3_RUN1_MARS, livu_PA3_RUN1_MAXNET, livu_PA3_RUN1_GBM, livu_PA3_RUN1_ANN, livu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 143.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 143.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/livu/cont_gre


sp.name : livu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/livu/livu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
livu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, livu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 143.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

143.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 143.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 143.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 143.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 143.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

143.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

143.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 143.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 143.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 143.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 143.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

143.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 348         686         762         741.0400    813         865   0      2000
 2 262         586         749         682.9672    804         867   126    2040
 3 235         534         676         641.0924    781         862   126    2060
 4 258         549         694         653.5812    782         862   126    2080
 5 300         566         709         660.9800    772         854   126    2100
 6 252         581         745         682.0934    814         867   245    2040
 7 220         482         612         603.6856    756         854   245    2060
 8 213         480         623         593.4350    728         839   245    2080
 9 197         418         568         534.8023    675         777   245    2100
10 209         554         703         658.4185    799         865   370    2040
11 223         507         633         615.7391    753         853   370    2060
12 186         375         529         502.8409    643         774   370    2080
13 128         192         261         267.1004    333         534   370    2100
14 248         571         735         670.2040    795         862   585    2040
15 203         454         609         574.5034    720         819   585    2060
16 139         222         315         318.1373    412         614   585    2080
17  80         122         157         157.1370    190         321   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 143.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.