81 Tilia platyphyllos

81.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.6kzwvn
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252167-230224095556074
  Created: 2023-05-20T12:11:56.878+00:00
  Modified: 2023-05-20T12:13:34.431+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252167-230224095556074.zip
  Total records: 66671

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 66671 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.281291 ymin: -38.402183 xmax: 146.051275 ymax: 69.6359
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 66,671 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 2      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 3      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 4      9e8 e6c97f6e-… ""           Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 5      9e8 e6c97f6e-… ""           Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 6      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 7      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 8      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 9      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
10      9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
# ℹ 66,661 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 66 671 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Tilia platyphyllos dans le monde.

Figure 81.1: Occurrences de Tilia platyphyllos dans le monde.

81.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9992500487
[1] 0.0003749756266
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Tilia platyphyllos dans la région d'endémisme.

Figure 81.2: Occurrence de Tilia platyphyllos dans la région d’endémisme.

81.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      59953 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       1831 
                                                    CC0_1_0 
                                                       2579 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       1836 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        391 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         31 
[1] 94.49572957
Occurrence de Tilia platyphyllos dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 81.3: Occurrence de Tilia platyphyllos dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 62954

81.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.32 ymin: 37.650859 xmax: 45.35806 ymax: 63.82251
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 2     1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 3     1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 4     1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 5     4 e9 017f23ba-… 6112fecd-31… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 6     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 7     3.e9 e5f16d86-… 91367406-2d… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … "platyphyllos"      
 8     3.e9 e5f16d86-… 83940775-4e… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … "platyphyllos"      
 9     2 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
10     1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

81.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Tilia platyphyllos dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 81.4: Occurrence de Tilia platyphyllos dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

81.2 Modélisation de la niche climatique

81.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.32, 45.35806, 37.65086, 63.82251  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= tipl Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  tipl

     24993 presences,  0 true absences and  72881 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.000   Min.   :-11.523   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.62   1st Qu.: -8.744   1st Qu.:  8.768   1st Qu.: 621.9  
 Median :23.64   Median : -3.037   Median : 12.660   Median : 718.2  
 Mean   :24.92   Mean   : -4.195   Mean   : 12.126   Mean   : 754.9  
 3rd Qu.:27.98   3rd Qu.:  0.688   3rd Qu.: 16.088   3rd Qu.: 895.0  
 Max.   :45.70   Max.   : 11.700   Max.   : 26.407   Max.   :1380.9  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.63  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 20.27  
 Median : 220.0   Median : 30.39  
 Mean   : 225.7   Mean   : 34.20  
 3rd Qu.: 271.0   3rd Qu.: 39.14  
 Max.   :1255.0   Max.   :124.09  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 81.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174972, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 81.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

81.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for tipl_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for tipl_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for tipl_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= tipl Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  tipl_PA1 


-=-=-=--=-=-=- tipl_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  tipl_PA2 


-=-=-=--=-=-=- tipl_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  tipl_PA3 


-=-=-=--=-=-=- tipl_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

81.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    tipl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  798.0      90.067
2    tipl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  784.5      90.652
3   tipl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  533.0      95.219
4   tipl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  538.5      95.149
5 tipl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  356.0      95.589
6 tipl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  353.5      95.709
  specificity calibration validation evaluation
1      80.195       0.703      0.707         NA
2      79.665       0.895      0.894         NA
3      88.765       0.840      0.843         NA
4      88.850       0.964      0.963         NA
5      88.290       0.838      0.838         NA
6      88.235       0.962      0.961         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 81.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

81.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 tipl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.326349
2 tipl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.021397
3 tipl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.017151
4 tipl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.615649
5 tipl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.227235
6 tipl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.049017
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 81.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 81.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

81.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 81.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

81.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : tipl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
tipl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tipl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

81.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 tipl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 tipl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  599.0      94.687      94.025
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  600.5      94.634      94.092
  calibration validation evaluation
1       0.887         NA         NA
2       0.989         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 81.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 tipl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 tipl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 tipl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 tipl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 tipl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 tipl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.123097
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.093668
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.033028
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.322971
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.077385
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.201224

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 81.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 81.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

81.3 Projections

81.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tipl/current


sp.name : tipl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tipl/tipl.AllModels.models.out )

models.projected : 
tipl_PA1_RUN1_GAM, tipl_PA1_RUN1_MARS, tipl_PA1_RUN1_MAXNET, tipl_PA1_RUN1_GBM, tipl_PA1_RUN1_ANN, tipl_PA1_RUN1_RF, tipl_PA2_RUN1_GAM, tipl_PA2_RUN1_MARS, tipl_PA2_RUN1_MAXNET, tipl_PA2_RUN1_GBM, tipl_PA2_RUN1_RF, tipl_PA3_RUN1_GAM, tipl_PA3_RUN1_MARS, tipl_PA3_RUN1_MAXNET, tipl_PA3_RUN1_GBM, tipl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 81.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 81.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tipl/current


sp.name : tipl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tipl/tipl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
tipl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tipl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 81.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

81.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tipl/cont_gre


sp.name : tipl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tipl/tipl.AllModels.models.out )

models.projected : 
tipl_PA1_RUN1_GAM, tipl_PA1_RUN1_MARS, tipl_PA1_RUN1_MAXNET, tipl_PA1_RUN1_GBM, tipl_PA1_RUN1_ANN, tipl_PA1_RUN1_RF, tipl_PA2_RUN1_GAM, tipl_PA2_RUN1_MARS, tipl_PA2_RUN1_MAXNET, tipl_PA2_RUN1_GBM, tipl_PA2_RUN1_RF, tipl_PA3_RUN1_GAM, tipl_PA3_RUN1_MARS, tipl_PA3_RUN1_MAXNET, tipl_PA3_RUN1_GBM, tipl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 81.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 81.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tipl/cont_gre


sp.name : tipl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tipl/tipl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
tipl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tipl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 81.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

81.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 81.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 81.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 81.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 81.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

81.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

81.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 81.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 81.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 81.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 81.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

81.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 449         680         807         764.0104    841         866   0      2000
 2 233         550         736         668.1116    821         864   126    2040
 3 209         462         647         607.1255    775         849   126    2060
 4 205         476         645         607.0490    758         851   126    2080
 5 265         498         669         622.1690    769         837   126    2100
 6 216         545         731         665.6477    823         864   245    2040
 7 197         396         568         552.6738    727         842   245    2060
 8 199         376         530         527.2349    698         829   245    2080
 9 196         322         463         451.6225    588         747   245    2100
10 214         515         693         643.7497    811         861   370    2040
11 203         407         577         560.5640    733         834   370    2060
12 183         277         424         423.8861    552         756   370    2080
13 140         173         204         219.9813    262         448   370    2100
14 215         522         696         636.8469    778         857   585    2040
15 194         352         518         507.8033    679         802   585    2060
16 148         186         237         253.9517    316         511   585    2080
17 123         150         160         160.8965    172         257   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 81.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.