268 Punica granatum

268.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.dfu7ht
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018140-230828120925497
  Created: 2023-09-15T21:05:47.833+00:00
  Modified: 2023-09-15T21:06:55.938+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018140-230828120925497.zip
  Total records: 16699

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 16699 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -159.7851 ymin: -43.60219 xmax: 179.2859 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 16,699 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 932007300 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 2 919608678 1b412457-43cf… 6840376      Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 3 919608659 1b412457-43cf… 6840377      Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 4 919608658 1b412457-43cf… 6840375      Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 5 911795698 85714c48-f762… https://her… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 6 910488629 837acfc2-f762… HSS:HSS:580… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 7 910471128 837acfc2-f762… HSS:HSS:262… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 8 910470337 837acfc2-f762… HSS:HSS:257… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 9 895287981 834a4794-f762… 87AA0F92-5F… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
10 895242120 834a4794-f762… E9C0A6EB-AF… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
# ℹ 16,689 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 16 699 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Punica granatum dans le monde.

Figure 268.1: Occurrences de Punica granatum dans le monde.

268.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.8940655
[1] 0.04611055
[1] 0.02413318

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Punica granatum dans la région d'endémisme.

Figure 268.2: Occurrence de Punica granatum dans la région d’endémisme.

268.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
       12911         1867          152 
[1] 87.49498
Occurrence de Punica granatum dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 268.3: Occurrence de Punica granatum dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 13063

268.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 13063 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.591832 ymin: 29.3925 xmax: 46.57497 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 13,063 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
     <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 932007300 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 2 875475164 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 3 875474766 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 4 875371274 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 5 875365003 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 6 859674830 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 7 859667641 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 8 859667268 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
 9 855580714 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
10 855574124 38b4c89f-584c… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Myrt… Lythr… Puni…
# ℹ 13,053 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

268.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Punica granatum dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 268.4: Occurrence de Punica granatum dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

268.2 Modélisation de la niche climatique

268.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 13063, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.591832, 46.57497, 29.3925, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pugr Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pugr

     13053 presences,  0 true absences and  38624 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.084   Min.   :-24.584   Min.   :-12.087   Min.   : 228.0  
 1st Qu.:20.960   1st Qu.: -8.668   1st Qu.:  9.761   1st Qu.: 603.9  
 Median :25.832   Median : -1.396   Median : 12.989   Median : 733.1  
 Mean   :25.970   Mean   : -3.244   Mean   : 12.560   Mean   : 752.3  
 3rd Qu.:29.640   3rd Qu.:  2.528   3rd Qu.: 16.041   3rd Qu.: 896.3  
 Max.   :45.856   Max.   : 10.972   Max.   : 24.687   Max.   :1393.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   4.0   Min.   :  5.227  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 25.470  
 Median : 218.0   Median : 32.875  
 Mean   : 221.6   Mean   : 38.128  
 3rd Qu.: 263.0   3rd Qu.: 43.882  
 Max.   :1243.0   Max.   :123.314  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 268.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 91401, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.3125, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 268.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

268.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pugr_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pugr_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pugr_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pugr Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pugr_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pugr_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pugr_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pugr_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pugr_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pugr_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

268.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pugr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  586.0      96.849
2    pugr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  587.5      96.840
3   pugr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  400.0      95.997
4   pugr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  407.5      95.911
5 pugr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  392.0      92.885
6 pugr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  392.5      92.750
  specificity calibration validation evaluation
1      64.641       0.615      0.609         NA
2      64.660       0.788      0.786         NA
3      85.120       0.812      0.807         NA
4      85.368       0.957      0.956         NA
5      88.670       0.816      0.814         NA
6      88.813       0.960      0.958         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 268.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

268.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pugr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.603703
2 pugr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.236340
3 pugr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.006988
4 pugr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.327793
5 pugr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.006842
6 pugr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.004209
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 268.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 268.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

268.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 268.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

268.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pugr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pugr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pugr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

268.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pugr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pugr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  526.0      95.212      91.945
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  527.5      95.197      91.989
  calibration validation evaluation
1       0.872         NA         NA
2       0.984         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 268.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pugr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pugr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pugr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pugr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pugr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pugr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.214651
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.436776
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.045735
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.102141
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.151829
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.060831

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 268.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 268.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

268.3 Projections

268.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pugr/current


sp.name : pugr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pugr/pugr.AllModels.models.out )

models.projected : 
pugr_PA1_RUN1_GAM, pugr_PA1_RUN1_MARS, pugr_PA1_RUN1_MAXNET, pugr_PA1_RUN1_GBM, pugr_PA1_RUN1_ANN, pugr_PA1_RUN1_RF, pugr_PA2_RUN1_GAM, pugr_PA2_RUN1_MARS, pugr_PA2_RUN1_MAXNET, pugr_PA2_RUN1_GBM, pugr_PA2_RUN1_ANN, pugr_PA2_RUN1_RF, pugr_PA3_RUN1_GAM, pugr_PA3_RUN1_MARS, pugr_PA3_RUN1_MAXNET, pugr_PA3_RUN1_GBM, pugr_PA3_RUN1_ANN, pugr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 268.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 268.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pugr/current


sp.name : pugr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pugr/pugr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pugr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pugr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 268.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

268.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pugr/cont_gre


sp.name : pugr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pugr/pugr.AllModels.models.out )

models.projected : 
pugr_PA1_RUN1_GAM, pugr_PA1_RUN1_MARS, pugr_PA1_RUN1_MAXNET, pugr_PA1_RUN1_GBM, pugr_PA1_RUN1_ANN, pugr_PA1_RUN1_RF, pugr_PA2_RUN1_GAM, pugr_PA2_RUN1_MARS, pugr_PA2_RUN1_MAXNET, pugr_PA2_RUN1_GBM, pugr_PA2_RUN1_ANN, pugr_PA2_RUN1_RF, pugr_PA3_RUN1_GAM, pugr_PA3_RUN1_MARS, pugr_PA3_RUN1_MAXNET, pugr_PA3_RUN1_GBM, pugr_PA3_RUN1_ANN, pugr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 268.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 268.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pugr/cont_gre


sp.name : pugr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pugr/pugr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pugr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pugr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 268.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

268.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 268.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 268.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 268.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 268.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

268.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

268.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 268.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 268.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 268.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 268.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

268.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  51         255         418         469.5073    706         845   0      2000
 2 130         572         705         668.5371    807         856   126    2040
 3 152         643         728         696.4267    812         853   126    2060
 4 177         658         760         718.0938    819         856   126    2080
 5 172         646         728         700.9485    813         858   126    2100
 6 145         656         745         707.1068    812         851   245    2040
 7 194         655         761         720.9921    818         852   245    2060
 8 355         667         798         753.8709    824         861   245    2080
 9 363         660         781         738.4795    824         858   245    2100
10 131         575         700         664.2998    803         853   370    2040
11 213         655         756         722.6592    816         855   370    2060
12 416         662         798         745.3594    826         858   370    2080
13 478         651         712         722.8025    816         839   370    2100
14 137         631         720         684.0259    811         855   585    2040
15 284         666         783         744.5119    820         851   585    2060
16 438         654         731         733.0256    822         840   585    2080
17 388         600         636         637.9879    669         832   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 268.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.