245 Corylus colurna

245.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.29hwzg
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0013592-230828120925497
  Created: 2023-09-11T19:12:17.626+00:00
  Modified: 2023-09-11T19:13:17.613+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0013592-230828120925497.zip
  Total records: 1225

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1002 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.233333 ymin: -38.560194 xmax: 177.715722 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,002 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
# ℹ 992 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 1 002 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Corylus colurna dans le monde.

Figure 245.1: Occurrences de Corylus colurna dans le monde.

245.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.870259481
[1] 0.126746507
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Corylus colurna dans la région d'endémisme.

Figure 245.2: Occurrence de Corylus colurna dans la région d’endémisme.

245.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                        549 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        207 
                                                    CC0_1_0 
                                                         44 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         42 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         29 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          1 
[1] 71.44495413
Occurrence de Corylus colurna dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 245.3: Occurrence de Corylus colurna dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 623

245.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 623 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -4.79 ymin: 37.530033 xmax: 45.13944 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 623 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… NA                  
# ℹ 613 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

245.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Corylus colurna dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 245.4: Occurrence de Corylus colurna dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

245.2 Modélisation de la niche climatique

245.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 623, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -4.79, 45.13944, 37.530033, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cocl Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  cocl

     623 presences,  0 true absences and  1866 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august       temp_min          temp_wet_quart      temp_season        prec_wet_quart     
 Min.   : 7.60000   Min.   :-21.600000   Min.   :-8.85200   Min.   : 313.9957   Min.   :   5.0000  
 1st Qu.:20.72609   1st Qu.: -8.176000   1st Qu.:10.19533   1st Qu.: 644.8527   1st Qu.: 179.0000  
 Median :23.56800   Median : -3.300000   Median :14.69400   Median : 730.9590   Median : 212.0000  
 Mean   :24.87520   Mean   : -4.211525   Mean   :13.24008   Mean   : 760.3300   Mean   : 216.4781  
 3rd Qu.:27.78000   3rd Qu.:  0.488000   3rd Qu.:16.89200   3rd Qu.: 890.2535   3rd Qu.: 247.0000  
 Max.   :45.74400   Max.   :  9.500000   Max.   :26.18467   Max.   :1322.5034   Max.   :1189.0000  
  prec_season        
 Min.   :  8.481972  
 1st Qu.: 21.544056  
 Median : 31.257059  
 Mean   : 35.198078  
 3rd Qu.: 41.228321  
 Max.   :121.060120  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 245.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 4361, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -9.729166667, 46.97916667, 29.02083333, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10                              11 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)"        "Presences (validation)" 
                             12                              19                              20 
       "Presences (evaluation)"             "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22                              29 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)"           "**Pseudo-Absences**" 
                             30                              31                               1 
"Pseudo-Absences (calibration)"  "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 245.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

245.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for cocl_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cocl_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cocl_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cocl Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  cocl_PA1 


-=-=-=--=-=-=- cocl_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  cocl_PA2 


-=-=-=--=-=-=- cocl_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  cocl_PA3 


-=-=-=--=-=-=- cocl_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

245.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity specificity calibration
1    cocl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  586.0      95.783      52.209       0.480
2    cocl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  567.0      96.185      51.807       0.695
3   cocl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  511.0      92.771      87.349       0.801
4   cocl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  514.0      92.771      87.550       0.956
5 cocl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  425.0      92.169      88.956       0.813
6 cocl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  425.5      92.169      89.157       0.951
  validation evaluation
1      0.512         NA
2      0.735         NA
3      0.760         NA
4      0.934         NA
5      0.792         NA
6      0.937         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 245.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

245.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 cocl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.031633
2 cocl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.237764
3 cocl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.086639
4 cocl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.244319
5 cocl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.000485
6 cocl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.161367
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 245.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 245.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

245.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 245.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

245.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : cocl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


models computed: 
cocl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cocl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

245.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo
1 cocl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
2 cocl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
  filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity calibration validation evaluation
1         TSS EMwmean         TSS    735      90.851      95.981       0.868         NA         NA
2         TSS EMwmean         ROC    743      90.851      96.141       0.987         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 245.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo filtered.by
1 cocl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
2 cocl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
3 cocl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
4 cocl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
5 cocl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
6 cocl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
  algo        expl.var rand  var.imp
1 EMcv temp_max_august    1 0.368289
2 EMcv        temp_min    1 0.386658
3 EMcv  temp_wet_quart    1 0.119245
4 EMcv     temp_season    1 0.337449
5 EMcv  prec_wet_quart    1 0.189777
6 EMcv     prec_season    1 0.231208

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 245.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 245.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

245.3 Projections

245.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cocl/current


sp.name : cocl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cocl/cocl.AllModels.models.out )

models.projected : 
cocl_PA1_RUN1_GAM, cocl_PA1_RUN1_MARS, cocl_PA1_RUN1_MAXNET, cocl_PA1_RUN1_GBM, cocl_PA1_RUN1_RF, cocl_PA2_RUN1_GAM, cocl_PA2_RUN1_MARS, cocl_PA2_RUN1_MAXNET, cocl_PA2_RUN1_GBM, cocl_PA2_RUN1_RF, cocl_PA3_RUN1_GAM, cocl_PA3_RUN1_MARS, cocl_PA3_RUN1_MAXNET, cocl_PA3_RUN1_GBM, cocl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 245.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 245.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cocl/current


sp.name : cocl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cocl/cocl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cocl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cocl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 245.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

245.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cocl/cont_gre


sp.name : cocl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cocl/cocl.AllModels.models.out )

models.projected : 
cocl_PA1_RUN1_GAM, cocl_PA1_RUN1_MARS, cocl_PA1_RUN1_MAXNET, cocl_PA1_RUN1_GBM, cocl_PA1_RUN1_RF, cocl_PA2_RUN1_GAM, cocl_PA2_RUN1_MARS, cocl_PA2_RUN1_MAXNET, cocl_PA2_RUN1_GBM, cocl_PA2_RUN1_RF, cocl_PA3_RUN1_GAM, cocl_PA3_RUN1_MARS, cocl_PA3_RUN1_MAXNET, cocl_PA3_RUN1_GBM, cocl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 245.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 245.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cocl/cont_gre


sp.name : cocl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cocl/cocl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cocl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cocl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 245.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

245.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 245.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 245.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 245.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 245.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

245.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

245.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 245.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 245.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 245.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 245.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

245.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max         ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <fct> <dbl>
 1 304         563         616         638.8640846 752         869         0      2000
 2 361         517         601         607.2163787 710         823         126    2040
 3 316         501         553         570.2652361 634         821         126    2060
 4 242         413         490         500.1276075 571         800         126    2080
 5 291         485         517         545.0799121 596         803         126    2100
 6 367         510         595         598.2932848 682         813         245    2040
 7 270         436         491         508.0063430 568         801         245    2060
 8 336         387         457         470.3596799 533         816         245    2080
 9 177         369         385         414.0644038 458         795         245    2100
10 373         522         601         609.2160096 707         813         370    2040
11 293         449         501         517.1832912 575         817         370    2060
12 301         370         410         431.6981706 486         781         370    2080
13 151         242         303         282.9699963 323         467         370    2100
14 265         441         519         530.0135369 615         792         585    2040
15 326         380         455         470.4949812 533         799         585    2060
16 141         255         315         294.7134522 333         586         585    2080
17  96         180         199         195.0192890 216         302         585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 245.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.