101 Quercus ilex

101.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.q9bt4x
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252304-230224095556074
  Created: 2023-05-20T13:32:10.675+00:00
  Modified: 2023-05-20T13:37:08.104+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252304-230224095556074.zip
  Total records: 101765

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 101765 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.294582 ymin: -45.600294 xmax: 176.91081 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 101,765 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      3e7 835613da-… F7B14F76-B2… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 2      2e9 835613da-… 457478BF-28… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3      3e7 835613da-… 4FC1EE7D-17… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4      2e9 835613da-… 7F1AD145-FD… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 5      3e7 835613da-… 2CACB59D-72… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 6      2e9 835613da-… E33CA425-44… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 7      3e7 835613da-… 921C4DB3-1B… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8      2e9 835613da-… 92D4F07D-D0… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 9      2e9 835613da-… 3A45CACB-72… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
10      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
# ℹ 101,755 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 101 765 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus ilex dans le monde.

Figure 101.1: Occurrences de Quercus ilex dans le monde.

101.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9979069425
[1] 0.001424851373
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Quercus ilex dans la région d'endémisme.

Figure 101.2: Occurrence de Quercus ilex dans la région d’endémisme.

101.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
       78832         8602        14118 
[1] 91.52946274
Occurrence de Quercus ilex dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 101.3: Occurrence de Quercus ilex dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 92950

101.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.42058 ymin: 32.96056 xmax: 39.713372 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 bf97ab5c-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… "ilex"              
 2     2 e9 0d8cc344-… "9bbfddbd-8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3     3.e9 e5f16d86-… "909f533b-2… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4     1 e9 75956ee6-… "http://ofs… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 5     3.e9 e5f16d86-… "f842af76-7… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 6     2 e9 0d8cc344-… "ea586136-8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 7     2 e9 0d8cc344-… "859b6f9b-8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8     1 e9 75956ee6-… "http://flo… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 9     2 e9 0d8cc344-… "b0f30d8e-8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
10     3.e9 23f9546d-… "f9db6230-a… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

101.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus ilex dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 101.4: Occurrence de Quercus ilex dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

101.2 Modélisation de la niche climatique

101.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.42058, 39.71337, 32.96056, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= quil Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  quil

     24809 presences,  0 true absences and  72908 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.180   Min.   :-11.038   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.90   1st Qu.: -8.676   1st Qu.:  9.675   1st Qu.: 601.2  
 Median :25.86   Median : -0.848   Median : 12.868   Median : 715.1  
 Mean   :25.79   Mean   : -3.286   Mean   : 12.402   Mean   : 748.4  
 3rd Qu.:28.98   3rd Qu.:  2.412   3rd Qu.: 15.693   3rd Qu.: 894.4  
 Max.   :45.74   Max.   : 12.400   Max.   : 26.027   Max.   :1394.1  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.852  
 1st Qu.: 181.0   1st Qu.: 26.992  
 Median : 223.0   Median : 33.015  
 Mean   : 223.1   Mean   : 37.828  
 3rd Qu.: 267.0   3rd Qu.: 42.145  
 Max.   :1250.0   Max.   :123.408  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 101.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174236, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.52083, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 101.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

101.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for quil_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for quil_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for quil_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= quil Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  quil_PA1 


-=-=-=--=-=-=- quil_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  quil_PA2 


-=-=-=--=-=-=- quil_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  quil_PA3 


-=-=-=--=-=-=- quil_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

101.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    quil_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  667.0      97.153
2    quil_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  662.5      97.188
3   quil_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  624.0      94.478
4   quil_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  627.5      94.473
5 quil_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  329.0      96.095
6 quil_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  327.5      96.161
  specificity calibration validation evaluation
1      74.455       0.716      0.710         NA
2      74.435       0.852      0.851         NA
3      94.600       0.891      0.893         NA
4      94.645       0.985      0.986         NA
5      92.745       0.888      0.891         NA
6      92.695       0.987      0.988         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 101.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

101.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 quil_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.337353
2 quil_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.214720
3 quil_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.008991
4 quil_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.499116
5 quil_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.032964
6 quil_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.033497
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 101.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 101.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

101.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 101.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

101.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : quil

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
quil_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quil_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

101.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 quil_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 quil_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  567.0      96.167      96.494
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  569.5      96.138      96.535
  calibration validation evaluation
1       0.927         NA         NA
2       0.995         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 101.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 quil_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 quil_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 quil_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 quil_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 quil_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 quil_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.199683
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.427638
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.036856
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.206864
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.183876
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.195229

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 101.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 101.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

101.3 Projections

101.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quil/current


sp.name : quil

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quil/quil.AllModels.models.out )

models.projected : 
quil_PA1_RUN1_GAM, quil_PA1_RUN1_MARS, quil_PA1_RUN1_MAXNET, quil_PA1_RUN1_GBM, quil_PA1_RUN1_ANN, quil_PA1_RUN1_RF, quil_PA2_RUN1_GAM, quil_PA2_RUN1_MARS, quil_PA2_RUN1_MAXNET, quil_PA2_RUN1_GBM, quil_PA2_RUN1_ANN, quil_PA2_RUN1_RF, quil_PA3_RUN1_GAM, quil_PA3_RUN1_MARS, quil_PA3_RUN1_MAXNET, quil_PA3_RUN1_GBM, quil_PA3_RUN1_ANN, quil_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 101.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 101.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quil/current


sp.name : quil

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quil/quil.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
quil_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quil_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 101.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

101.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quil/cont_gre


sp.name : quil

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quil/quil.AllModels.models.out )

models.projected : 
quil_PA1_RUN1_GAM, quil_PA1_RUN1_MARS, quil_PA1_RUN1_MAXNET, quil_PA1_RUN1_GBM, quil_PA1_RUN1_ANN, quil_PA1_RUN1_RF, quil_PA2_RUN1_GAM, quil_PA2_RUN1_MARS, quil_PA2_RUN1_MAXNET, quil_PA2_RUN1_GBM, quil_PA2_RUN1_ANN, quil_PA2_RUN1_RF, quil_PA3_RUN1_GAM, quil_PA3_RUN1_MARS, quil_PA3_RUN1_MAXNET, quil_PA3_RUN1_GBM, quil_PA3_RUN1_ANN, quil_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 101.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 101.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quil/cont_gre


sp.name : quil

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quil/quil.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
quil_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quil_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 101.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

101.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 101.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 101.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 101.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 101.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

101.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

101.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 101.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 101.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 101.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 101.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

101.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  30         246         332         360.4311    480         660   0      2000
 2 168         416         525         505.8447    588         739   126    2040
 3 262         464         570         542.9970    633         761   126    2060
 4 254         484         582         556.9114    647         768   126    2080
 5 269         469         594         564.0221    661         770   126    2100
 6 234         459         542         527.9907    603         739   245    2040
 7 269         444         564         535.7773    633         760   245    2060
 8 302         490         632         580.5060    682         767   245    2080
 9 297         456         627         566.9872    688         771   245    2100
10 162         393         493         475.4993    553         710   370    2040
11 285         477         597         560.6201    657         767   370    2060
12 294         418         616         557.7127    687         768   370    2080
13 247         321         490         462.7526    559         685   370    2100
14 225         441         547         526.2735    610         748   585    2040
15 304         486         618         569.9354    668         768   585    2060
16 251         330         519         488.7192    599         700   585    2080
17 230         302         358         379.6790    458         637   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 101.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.