169 Quercus falcata

169.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.r2f5j9
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252737-230224095556074
  Created: 2023-05-20T18:35:58.086+00:00
  Modified: 2023-05-20T18:36:38.346+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252737-230224095556074.zip
  Total records: 2195

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2195 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.294582 ymin: 29.333885 xmax: -5.36 ymax: 47.630064
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,195 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
# ℹ 2,185 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 2 195 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus falcata dans le monde.

Figure 169.1: Occurrences de Quercus falcata dans le monde.

169.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.0555808656
[1] 0.9444191344
[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Quercus falcata dans la région d'endémisme.

Figure 169.2: Occurrence de Quercus falcata dans la région d’endémisme.

169.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         297         1469          307 
[1] 29.13651712
Occurrence de Quercus falcata dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 169.3: Occurrence de Quercus falcata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 604

169.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 604 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.294582 ymin: 29.333885 xmax: -73.734179 ymax: 47.630064
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 604 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
# ℹ 594 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

169.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus falcata dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 169.4: Occurrence de Quercus falcata dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

169.2 Modélisation de la niche climatique

169.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 604, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -122.2946, -73.73418, 29.33388, 47.63006  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qufa Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  qufa

     603 presences,  0 true absences and  1811 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   :15.00   Min.   :-30.648   Min.   :-10.02   Min.   :  63.21  
 1st Qu.:24.39   1st Qu.:-14.294   1st Qu.: 11.87   1st Qu.: 723.72  
 Median :29.31   Median : -5.145   Median : 17.03   Median : 850.26  
 Mean   :28.11   Mean   : -7.082   Mean   : 16.43   Mean   : 861.29  
 3rd Qu.:32.01   3rd Qu.:  0.296   3rd Qu.: 22.49   3rd Qu.:1031.98  
 Max.   :44.25   Max.   : 22.040   Max.   : 33.04   Max.   :1452.64  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  26.0   Min.   :  6.075  
 1st Qu.: 227.0   1st Qu.: 17.812  
 Median : 310.0   Median : 30.366  
 Mean   : 326.6   Mean   : 38.297  
 3rd Qu.: 370.0   3rd Qu.: 55.473  
 Max.   :1712.0   Max.   :131.011  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 169.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 4224, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.6458, -52.97917, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 169.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

169.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for qufa_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qufa_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qufa_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qufa Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  qufa_PA1 


-=-=-=--=-=-=- qufa_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  qufa_PA2 


-=-=-=--=-=-=- qufa_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  qufa_PA3 


-=-=-=--=-=-=- qufa_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

169.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    qufa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  591.0     100.000
2    qufa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  593.5     100.000
3   qufa_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  420.0      99.378
4   qufa_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  423.5      99.378
5 qufa_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  361.0      99.378
6 qufa_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  368.0      99.378
  specificity calibration validation evaluation
1      84.886       0.849      0.843         NA
2      84.886       0.924      0.925         NA
3      90.683       0.903      0.901         NA
4      90.890       0.967      0.958         NA
5      90.062       0.894      0.901         NA
6      90.269       0.962      0.959         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 169.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

169.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 qufa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.061869
2 qufa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.606858
3 qufa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.046676
4 qufa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.076468
5 qufa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.087164
6 qufa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.564874
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 169.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 169.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

169.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 169.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

169.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : qufa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
qufa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qufa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

169.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qufa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qufa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  534.0      99.171      91.165
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  535.5      99.171      91.276
  calibration validation evaluation
1       0.904         NA         NA
2       0.989         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 169.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qufa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qufa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 qufa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 qufa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 qufa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 qufa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.073356
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.326089
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.050975
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.142033
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.153840
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.282949

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 169.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 169.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

169.3 Projections

169.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qufa/current


sp.name : qufa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qufa/qufa.AllModels.models.out )

models.projected : 
qufa_PA1_RUN1_GAM, qufa_PA1_RUN1_MARS, qufa_PA1_RUN1_MAXNET, qufa_PA1_RUN1_GBM, qufa_PA1_RUN1_RF, qufa_PA2_RUN1_GAM, qufa_PA2_RUN1_MARS, qufa_PA2_RUN1_MAXNET, qufa_PA2_RUN1_GBM, qufa_PA2_RUN1_RF, qufa_PA3_RUN1_GAM, qufa_PA3_RUN1_MARS, qufa_PA3_RUN1_MAXNET, qufa_PA3_RUN1_GBM, qufa_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 169.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 169.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qufa/current


sp.name : qufa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qufa/qufa.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qufa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qufa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 169.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

169.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qufa/cont_gre


sp.name : qufa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qufa/qufa.AllModels.models.out )

models.projected : 
qufa_PA1_RUN1_GAM, qufa_PA1_RUN1_MARS, qufa_PA1_RUN1_MAXNET, qufa_PA1_RUN1_GBM, qufa_PA1_RUN1_RF, qufa_PA2_RUN1_GAM, qufa_PA2_RUN1_MARS, qufa_PA2_RUN1_MAXNET, qufa_PA2_RUN1_GBM, qufa_PA2_RUN1_RF, qufa_PA3_RUN1_GAM, qufa_PA3_RUN1_MARS, qufa_PA3_RUN1_MAXNET, qufa_PA3_RUN1_GBM, qufa_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 169.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 169.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qufa/cont_gre


sp.name : qufa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qufa/qufa.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qufa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qufa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 169.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

169.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 169.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 169.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 169.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 169.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

169.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

169.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 169.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 169.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 169.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 169.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

169.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 197         419         464         467.6318    499         703   0      2000
 2 257         502         542         555.8859    607         784   126    2040
 3 285         514         572         580.6506    646         800   126    2060
 4 265         516         565         580.1189    645         803   126    2080
 5 296         524         582         590.8593    661         810   126    2100
 6 327         518         559         578.2609    630         795   245    2040
 7 293         528         587         600.4703    675         814   245    2060
 8 404         557         634         639.1899    734         819   245    2080
 9 394         561         665         654.8172    756         825   245    2100
10 255         502         545         557.0910    610         789   370    2040
11 316         534         605         611.6605    689         815   370    2060
12 421         565         686         655.7637    749         824   370    2080
13 423         562         737         681.0340    780         836   370    2100
14 246         492         545         557.6661    615         792   585    2040
15 369         566         641         646.8715    737         826   585    2060
16 425         584         751         694.4908    783         838   585    2080
17 402         501         672         637.7867    764         820   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 169.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.