128 Cornus controversa

128.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.g8psra
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252518-230224095556074
  Created: 2023-05-20T16:08:49.784+00:00
  Modified: 2023-05-20T16:09:38.728+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252518-230224095556074.zip
  Total records: 2345

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2345 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.233333 ymin: 15.066667 xmax: 145.667401 ymax: 54.1527
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,345 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9 e8 1b412457-… 5423492      Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 2     9 e8 1b412457-… 5423491      Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 3     7.e8 aab0cf80-… LD:General:… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 4     7 e8 86185376-… 7b45ff66-f8… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 5     7 e8 86185376-… 7b436c56-f8… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 6     7 e8 86185376-… 7b2432aa-f8… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 7     7 e8 86185376-… 7ac6fba8-f8… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 8     7 e8 86185376-… 7aba71bc-f8… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 9     7 e8 7adffacc-… beab7930-f1… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
10     7 e8 81031dbc-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
# ℹ 2,335 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 2 345 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Cornus controversa dans le monde.

Figure 128.1: Occurrences de Cornus controversa dans le monde.

128.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.007249466951
[1] 0.002985074627
[1] 0.9897654584

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Cornus controversa dans la région d'endémisme.

Figure 128.2: Occurrence de Cornus controversa dans la région d’endémisme.

128.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         820         1429           72 
[1] 38.43171047
Occurrence de Cornus controversa dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 128.3: Occurrence de Cornus controversa dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 892

128.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 892 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 98.9833 ymin: 15.066667 xmax: 145.665004 ymax: 44.8194
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 892 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 1b412457-… 5423492      Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 2      9e8 1b412457-… 5423491      Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 3      7e8 86185376-… 7b45ff66-f8… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 4      7e8 86185376-… 7b436c56-f8… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 5      7e8 86185376-… 7b2432aa-f8… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 6      7e8 86185376-… 7ac6fba8-f8… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 7      7e8 86185376-… 7aba71bc-f8… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 8      7e8 7adffacc-… beab7930-f1… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
 9      6e8 80fc4302-… eb95ea24-f1… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
10      6e8 80fc4302-… ea49be20-f1… Plantae Trach… Magn… Corn… Corna… Corn… Cornus… ""                  
# ℹ 882 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

128.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Cornus controversa dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 128.4: Occurrence de Cornus controversa dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

128.2 Modélisation de la niche climatique

128.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 892, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 98.9833, 145.665, 15.06667, 44.8194  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= coco Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  coco

     888 presences,  0 true absences and  2676 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 1.904   Min.   :-43.356   Min.   :-12.36   Min.   :  25.0  
 1st Qu.:22.449   1st Qu.:-21.501   1st Qu.: 15.78   1st Qu.: 748.9  
 Median :26.610   Median : -8.816   Median : 20.08   Median : 887.8  
 Mean   :25.505   Mean   : -9.508   Mean   : 19.00   Mean   : 941.0  
 3rd Qu.:29.786   3rd Qu.:  0.245   3rd Qu.: 23.41   3rd Qu.:1274.4  
 Max.   :40.124   Max.   : 24.567   Max.   : 33.86   Max.   :1908.3  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  11.0   Min.   :  8.873  
 1st Qu.: 206.0   1st Qu.: 49.039  
 Median : 417.0   Median : 75.961  
 Mean   : 478.4   Mean   : 76.418  
 3rd Qu.: 661.0   3rd Qu.:100.589  
 Max.   :3394.0   Max.   :163.496  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 128.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 6228, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.02083, 146.0208, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 128.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

128.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for coco_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for coco_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for coco_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= coco Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  coco_PA1 


-=-=-=--=-=-=- coco_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  coco_PA2 


-=-=-=--=-=-=- coco_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  coco_PA3 


-=-=-=--=-=-=- coco_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

128.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    coco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS    778      98.592
2    coco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC    783      98.592
3   coco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS    515      97.465
4   coco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC    519      97.465
5 coco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS    354      96.479
6 coco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC    354      96.479
  specificity calibration validation evaluation
1      70.588       0.692      0.669         NA
2      70.728       0.766      0.761         NA
3      95.798       0.933      0.910         NA
4      95.798       0.989      0.989         NA
5      95.098       0.916      0.933         NA
6      95.098       0.988      0.988         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 128.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

128.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 coco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.010466
2 coco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.094565
3 coco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.046847
4 coco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.426281
5 coco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.380761
6 coco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.129268
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 128.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 128.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

128.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 128.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

128.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : coco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
coco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, coco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

128.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 coco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 coco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  538.0      97.523      97.048
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  569.5      97.410      97.235
  calibration validation evaluation
1       0.946         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 128.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 coco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 coco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 coco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 coco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 coco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 coco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.061001
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.362329
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.101258
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.154075
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.337738
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.128728

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 128.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 128.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

128.3 Projections

128.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coco/current


sp.name : coco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coco/coco.AllModels.models.out )

models.projected : 
coco_PA1_RUN1_GAM, coco_PA1_RUN1_MARS, coco_PA1_RUN1_MAXNET, coco_PA1_RUN1_GBM, coco_PA1_RUN1_RF, coco_PA2_RUN1_GAM, coco_PA2_RUN1_MARS, coco_PA2_RUN1_MAXNET, coco_PA2_RUN1_GBM, coco_PA2_RUN1_RF, coco_PA3_RUN1_GAM, coco_PA3_RUN1_MARS, coco_PA3_RUN1_MAXNET, coco_PA3_RUN1_GBM, coco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 128.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 128.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coco/current


sp.name : coco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coco/coco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
coco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, coco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 128.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

128.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coco/cont_gre


sp.name : coco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coco/coco.AllModels.models.out )

models.projected : 
coco_PA1_RUN1_GAM, coco_PA1_RUN1_MARS, coco_PA1_RUN1_MAXNET, coco_PA1_RUN1_GBM, coco_PA1_RUN1_RF, coco_PA2_RUN1_GAM, coco_PA2_RUN1_MARS, coco_PA2_RUN1_MAXNET, coco_PA2_RUN1_GBM, coco_PA2_RUN1_RF, coco_PA3_RUN1_GAM, coco_PA3_RUN1_MARS, coco_PA3_RUN1_MAXNET, coco_PA3_RUN1_GBM, coco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 128.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 128.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coco/cont_gre


sp.name : coco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coco/coco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
coco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, coco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 128.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

128.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 128.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 128.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 128.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 128.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

128.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

128.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 128.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 128.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 128.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 128.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

128.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 172         298         373         380.2882    437         689   0      2000
 2 148         238         294         309.9285    374         644   126    2040
 3 138         205         244         269.3085    331         603   126    2060
 4 142         221         293         301.5514    365         650   126    2080
 5 140         211         271         285.3777    339         633   126    2100
 6 143         230         299         307.1973    376         625   245    2040
 7 140         211         269         285.0214    349         621   245    2060
 8 126         179         232         253.1473    313         539   245    2080
 9 117         153         206         219.3445    260         533   245    2100
10 149         239         295         311.2122    376         651   370    2040
11 132         197         238         260.4873    315         594   370    2060
12 113         141         189         193.4390    235         425   370    2080
13  94         107         129         145.9388    171         383   370    2100
14 144         233         308         314.7354    377         659   585    2040
15 121         181         236         254.2124    307         597   585    2060
16 103         117         159         172.0547    217         464   585    2080
17  88          96         103         109.7385    120         303   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 128.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.