175 Quercus suber

175.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.8ypwcm
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252773-230224095556074
  Created: 2023-05-20T18:57:39.518+00:00
  Modified: 2023-05-20T19:03:43.287+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252773-230224095556074.zip
  Total records: 263187

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 263187 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.282215 ymin: -41.282308 xmax: 174.767451 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 263,187 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3 e7 835613da-… 78217489-B6… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 2     3 e7 835613da-… 0A41EDE0-E3… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3     3 e7 835613da-… 2D67950A-28… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4     3 e7 835613da-… EC0DC140-17… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 5     3 e7 835613da-… 332C1C89-11… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 6     2 e9 835613da-… 89994459-3C… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 7     2 e9 835613da-… 05E3C10A-A5… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8     3 e7 835613da-… 6ADD3B71-B4… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 9     3.e9 f795a11a-… 7d4ca855-e7… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
10     3.e9 fd77b374-… 304CEA68-F6… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
# ℹ 263,177 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 263 187 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus suber dans le monde.

Figure 175.1: Occurrences de Quercus suber dans le monde.

175.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9995592487
[1] 0.0001937785681
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Quercus suber dans la région d'endémisme.

Figure 175.2: Occurrence de Quercus suber dans la région d’endémisme.

175.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      257829         4835          407 
[1] 98.16209312
Occurrence de Quercus suber dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 175.3: Occurrence de Quercus suber dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 258236

175.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.429703 ymin: 36.113491 xmax: 16.565791 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 cfac873c-… ae7808c2-cd… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 2     3.e9 7dccad9d-… 8fc6621e-22… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3     3.e9 cfac873c-… c941cea1-0e… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4     3.e9 eb97768a-… dd5356ed-d1… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 5     3.e9 eb97768a-… 1ef7799e-e8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 6     3.e9 0fe87daf-… 325a346e-20… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 7     3.e9 eb97768a-… 22e49db1-06… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8     3.e9 0fe87daf-… 3d30707f-60… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 9     3.e9 cfac873c-… c8e67555-b9… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
10     3.e9 7dccad9d-… fbc453c0-d0… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

175.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus suber dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 175.4: Occurrence de Quercus suber dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

175.2 Modélisation de la niche climatique

175.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.429703, 16.56579, 36.11349, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qusu Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  qusu

     24982 presences,  0 true absences and  72997 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.180   Min.   :-12.25   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:21.02   1st Qu.: -8.684   1st Qu.: 10.33   1st Qu.: 519.5  
 Median :27.41   Median : -0.380   Median : 11.95   Median : 710.9  
 Mean   :26.53   Mean   : -2.295   Mean   : 12.22   Mean   : 719.6  
 3rd Qu.:30.75   3rd Qu.:  5.216   3rd Qu.: 15.43   3rd Qu.: 893.9  
 Max.   :45.30   Max.   : 11.848   Max.   : 25.65   Max.   :1393.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.126  
 1st Qu.: 183.0   1st Qu.: 29.582  
 Median : 229.0   Median : 38.778  
 Mean   : 229.3   Mean   : 45.102  
 3rd Qu.: 284.0   3rd Qu.: 61.115  
 Max.   :1264.0   Max.   :123.000  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 175.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174928, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 175.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

175.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for qusu_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qusu_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qusu_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qusu Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  qusu_PA1 


-=-=-=--=-=-=- qusu_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  qusu_PA2 


-=-=-=--=-=-=- qusu_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  qusu_PA3 


-=-=-=--=-=-=- qusu_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

175.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    qusu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  990.0      99.159
2    qusu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  999.5      98.689
3   qusu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  737.0      98.494
4   qusu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  731.5      98.519
5 qusu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  358.0      98.729
6 qusu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  353.5      98.769
  specificity calibration validation evaluation
1      82.555       0.818      0.817         NA
2      84.105       0.919      0.919         NA
3      99.005       0.975      0.974         NA
4      98.985       0.999      0.998         NA
5      98.610       0.973      0.971         NA
6      98.570       0.998      0.997         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 175.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

175.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 qusu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.276979
2 qusu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.009364
3 qusu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.001409
4 qusu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.503923
5 qusu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.010182
6 qusu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.118658
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 175.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 175.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

175.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 175.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

175.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : qusu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
qusu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qusu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

175.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qusu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qusu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  584.0      99.175      99.162
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  583.5      99.175      99.162
  calibration validation evaluation
1       0.983         NA         NA
2       1.000         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 175.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qusu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qusu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 qusu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 qusu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 qusu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 qusu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.149526
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.090122
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.013374
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.427500
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.161650
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.046116

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 175.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 175.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

175.3 Projections

175.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qusu/current


sp.name : qusu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qusu/qusu.AllModels.models.out )

models.projected : 
qusu_PA1_RUN1_GAM, qusu_PA1_RUN1_MARS, qusu_PA1_RUN1_MAXNET, qusu_PA1_RUN1_GBM, qusu_PA1_RUN1_RF, qusu_PA2_RUN1_GAM, qusu_PA2_RUN1_MARS, qusu_PA2_RUN1_MAXNET, qusu_PA2_RUN1_GBM, qusu_PA2_RUN1_RF, qusu_PA3_RUN1_GAM, qusu_PA3_RUN1_MARS, qusu_PA3_RUN1_MAXNET, qusu_PA3_RUN1_GBM, qusu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 175.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 175.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qusu/current


sp.name : qusu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qusu/qusu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qusu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qusu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 175.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

175.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qusu/cont_gre


sp.name : qusu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qusu/qusu.AllModels.models.out )

models.projected : 
qusu_PA1_RUN1_GAM, qusu_PA1_RUN1_MARS, qusu_PA1_RUN1_MAXNET, qusu_PA1_RUN1_GBM, qusu_PA1_RUN1_RF, qusu_PA2_RUN1_GAM, qusu_PA2_RUN1_MARS, qusu_PA2_RUN1_MAXNET, qusu_PA2_RUN1_GBM, qusu_PA2_RUN1_RF, qusu_PA3_RUN1_GAM, qusu_PA3_RUN1_MARS, qusu_PA3_RUN1_MAXNET, qusu_PA3_RUN1_GBM, qusu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 175.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 175.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qusu/cont_gre


sp.name : qusu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qusu/qusu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qusu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qusu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 175.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

175.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 175.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 175.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 175.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 175.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

175.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

175.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 175.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 175.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 175.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 175.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

175.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 10           13          15          69.08333   143         341   0      2000
 2 11           15          19          76.61799   202         249   126    2040
 3 12           17          21          81.99665   204         229   126    2060
 4 12           18          24          87.33575   208         239   126    2080
 5 13           19          26          89.29931   210         229   126    2100
 6 11           16          20          80.50779   206         250   245    2040
 7 12           18          24          88.32001   207         233   245    2060
 8 14           25          60         109.49217   217         259   245    2080
 9 15           31          89         120.61298   220         264   245    2100
10 11           15          18          75.26249   201         237   370    2040
11 13           20          27          91.29726   211         238   370    2060
12 16           37         124         126.15979   214         252   370    2080
13 20          179         210         186.67144   217         246   370    2100
14 12           16          20          79.03946   206         244   585    2040
15 13           23          39         103.27267   217         266   585    2060
16 18          114         211         170.46424   223         257   585    2080
17 31          205         210         207.01202   214         233   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 175.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.