105 Abies pinsapo

105.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.tc82xu
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252437-230224095556074
  Created: 2023-05-20T15:26:18.655+00:00
  Modified: 2023-05-20T15:27:11.113+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252437-230224095556074.zip
  Total records: 906

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 906 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.385 ymin: -43.588782 xmax: 175.706681 ymax: 56.02313
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 906 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 3      9e8 837acfc2-… "HSS:HSS:56… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 4      9e8 837acfc2-… "HSS:HSS:56… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 5      9e8 837acfc2-… "HSS:HSS:56… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 6      9e8 837acfc2-… "HSS:HSS:28… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 7      9e8 837acfc2-… "HSS:HSS:28… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 8      9e8 837acfc2-… "HSS:HSS:49… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … "marocana"          
 9      9e8 837acfc2-… "HSS:HSS:27… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
10      8e8 834a4794-… "A29A1AFD-6… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
# ℹ 896 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 906 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Abies pinsapo dans le monde.

Figure 105.1: Occurrences de Abies pinsapo dans le monde.

105.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9768211921
[1] 0.01324503311
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Abies pinsapo dans la région d'endémisme.

Figure 105.2: Occurrence de Abies pinsapo dans la région d’endémisme.

105.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                     622 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                     237 
                                                 CC0_1_0 
                                                      25 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       1 
[1] 73.10734463
Occurrence de Abies pinsapo dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 105.3: Occurrence de Abies pinsapo dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 647

105.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 647 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.41 ymin: 35.13 xmax: 45.567749 ymax: 56.02313
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 647 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 3      4e9 50c9509d-… "https://ww… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 4      4e9 017f23ba-… "f01776ff-2… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 5      4e9 017f23ba-… "5caf205c-b… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 6      4e9 017f23ba-… "ea3be34a-b… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 7      4e9 017f23ba-… "b0e4b441-1… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 8      4e9 017f23ba-… "9aef2b03-4… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
 9      4e9 017f23ba-… "281edaa1-0… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
10      4e9 017f23ba-… "eb06ab08-c… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies … ""                  
# ℹ 637 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

105.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Abies pinsapo dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 105.4: Occurrence de Abies pinsapo dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

105.2 Modélisation de la niche climatique

105.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 647, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.41, 45.56775, 35.13, 56.02313  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= abpi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  abpi

     647 presences,  0 true absences and  1938 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 4.48   Min.   :-21.680   Min.   :-8.539   Min.   : 318.4  
 1st Qu.:20.72   1st Qu.: -8.412   1st Qu.: 8.635   1st Qu.: 628.2  
 Median :25.45   Median : -2.168   Median :12.505   Median : 717.6  
 Mean   :25.87   Mean   : -3.771   Mean   :11.993   Mean   : 756.1  
 3rd Qu.:29.56   3rd Qu.:  1.348   3rd Qu.:15.715   3rd Qu.: 895.8  
 Max.   :44.82   Max.   :  9.526   Max.   :23.555   Max.   :1340.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   5.0   Min.   :  4.688  
 1st Qu.: 169.0   1st Qu.: 25.431  
 Median : 216.0   Median : 32.805  
 Mean   : 221.3   Mean   : 37.891  
 3rd Qu.: 263.0   3rd Qu.: 43.095  
 Max.   :1245.0   Max.   :119.545  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 105.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 4529, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -9.6875, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 105.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

105.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for abpi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for abpi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for abpi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= abpi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  abpi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- abpi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  abpi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- abpi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  abpi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- abpi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

105.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    abpi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  616.0      96.332
2    abpi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  619.5      96.332
3   abpi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  430.0      94.981
4   abpi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  427.0      94.981
5 abpi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  363.0      94.788
6 abpi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  368.5      94.402
  specificity calibration validation evaluation
1      65.444       0.620      0.636         NA
2      65.637       0.788      0.818         NA
3      82.046       0.768      0.798         NA
4      82.046       0.939      0.965         NA
5      81.660       0.764      0.798         NA
6      82.239       0.936      0.956         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 105.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

105.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 abpi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.225268
2 abpi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.258072
3 abpi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.027713
4 abpi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.422615
5 abpi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.075324
6 abpi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.130224
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 105.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 105.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

105.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 105.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

105.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : abpi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
abpi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abpi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

105.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 abpi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 abpi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  547.0      95.827      90.918
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  542.5      95.981      90.918
  calibration validation evaluation
1       0.867         NA         NA
2       0.986         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 105.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 abpi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 abpi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 abpi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 abpi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 abpi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 abpi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.138041
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.300408
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.033873
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.247270
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.217265
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.080407

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 105.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 105.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

105.3 Projections

105.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abpi/current


sp.name : abpi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abpi/abpi.AllModels.models.out )

models.projected : 
abpi_PA1_RUN1_GAM, abpi_PA1_RUN1_MARS, abpi_PA1_RUN1_MAXNET, abpi_PA1_RUN1_GBM, abpi_PA1_RUN1_RF, abpi_PA2_RUN1_GAM, abpi_PA2_RUN1_MARS, abpi_PA2_RUN1_MAXNET, abpi_PA2_RUN1_GBM, abpi_PA2_RUN1_ANN, abpi_PA2_RUN1_RF, abpi_PA3_RUN1_GAM, abpi_PA3_RUN1_MARS, abpi_PA3_RUN1_MAXNET, abpi_PA3_RUN1_GBM, abpi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 105.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 105.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abpi/current


sp.name : abpi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abpi/abpi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
abpi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abpi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 105.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

105.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abpi/cont_gre


sp.name : abpi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abpi/abpi.AllModels.models.out )

models.projected : 
abpi_PA1_RUN1_GAM, abpi_PA1_RUN1_MARS, abpi_PA1_RUN1_MAXNET, abpi_PA1_RUN1_GBM, abpi_PA1_RUN1_RF, abpi_PA2_RUN1_GAM, abpi_PA2_RUN1_MARS, abpi_PA2_RUN1_MAXNET, abpi_PA2_RUN1_GBM, abpi_PA2_RUN1_ANN, abpi_PA2_RUN1_RF, abpi_PA3_RUN1_GAM, abpi_PA3_RUN1_MARS, abpi_PA3_RUN1_MAXNET, abpi_PA3_RUN1_GBM, abpi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 105.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 105.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abpi/cont_gre


sp.name : abpi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abpi/abpi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
abpi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abpi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 105.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

105.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 105.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 105.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 105.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 105.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

105.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

105.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 105.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 105.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 105.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 105.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

105.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 177         345         587         544.8918    710         851   0      2000
 2 201         490         575         578.8787    704         830   126    2040
 3 236         428         541         552.3106    692         823   126    2060
 4 275         500         588         599.2086    741         842   126    2080
 5 247         500         594         599.3374    731         830   126    2100
 6 209         494         578         585.1868    716         828   245    2040
 7 247         354         517         503.8837    635         805   245    2060
 8 239         342         510         503.8896    650         805   245    2080
 9 214         295         441         446.3437    574         785   245    2100
10 182         395         538         531.1843    656         823   370    2040
11 236         364         514         515.8047    663         812   370    2060
12 174         271         352         401.8780    519         755   370    2080
13 136         188         209         238.5363    283         552   370    2100
14 211         508         592         597.0444    728         836   585    2040
15 232         308         470         461.9118    587         793   585    2060
16 163         196         239         267.4802    317         574   585    2080
17  91         107         138         139.9019    162         307   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 105.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.