200 Diospyros virginiana

200.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.uy7r5y
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260804-230224095556074
  Created: 2023-05-25T10:24:43.309+00:00
  Modified: 2023-05-25T10:25:30.451+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260804-230224095556074.zip
  Total records: 6343

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 6343 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.48676 ymin: -36.324714 xmax: 175.492526 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,343 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3051330821 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 2 3051257905 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 3 3051285616 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 4 3051318717 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 5 3051208630 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 6 3051038279 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 7 3051212603 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 8 3051325765 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 9 3051183391 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
10 3051314152 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
# ℹ 6,333 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 6 343 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Diospyros virginiana dans le monde.

Figure 200.1: Occurrences de Diospyros virginiana dans le monde.

200.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.007725051238
[1] 0.99117137
[1] 0.0001576541069

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Diospyros virginiana dans la région d'endémisme.

Figure 200.2: Occurrence de Diospyros virginiana dans la région d’endémisme.

200.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        1335         4548          404 
[1] 27.66025131
Occurrence de Diospyros virginiana dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 200.3: Occurrence de Diospyros virginiana dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1739

200.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1739 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.48676 ymin: 16.8135 xmax: -73.51642 ymax: 43.4205
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,739 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3051330821 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 2 3051257905 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 3 3051285616 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 4 3051318717 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 5 3051208630 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 6 3051038279 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 7 3051212603 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 8 3051325765 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
 9 3051183391 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
10 3051314152 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy…
# ℹ 1,729 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

200.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Diospyros virginiana dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 200.4: Occurrence de Diospyros virginiana dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

200.2 Modélisation de la niche climatique

200.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1739, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -122.4868, -73.51642, 16.8135, 43.4205  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= divi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  divi

     1739 presences,  0 true absences and  5208 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.792   Min.   :-11.64   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:24.08   1st Qu.:-14.276   1st Qu.: 12.15   1st Qu.: 715.3  
 Median :29.57   Median : -6.148   Median : 17.41   Median : 849.5  
 Mean   :28.15   Mean   : -7.020   Mean   : 16.54   Mean   : 855.0  
 3rd Qu.:32.14   3rd Qu.:  0.382   3rd Qu.: 22.39   3rd Qu.:1019.6  
 Max.   :44.12   Max.   : 22.500   Max.   : 33.11   Max.   :1468.0  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  26.0   Min.   :  6.527  
 1st Qu.: 228.0   1st Qu.: 19.140  
 Median : 306.0   Median : 32.685  
 Mean   : 324.9   Mean   : 39.539  
 3rd Qu.: 367.0   3rd Qu.: 55.864  
 Max.   :1813.0   Max.   :136.723  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 200.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 12173, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9375, -53.47917, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 200.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

200.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for divi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for divi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for divi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= divi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  divi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- divi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  divi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- divi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  divi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- divi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

200.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    divi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  601.0      99.137
2    divi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  592.5      99.137
3   divi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  367.0      97.196
4   divi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  370.0      97.196
5 divi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  415.0      94.105
6 divi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  416.5      94.105
  specificity calibration validation evaluation
1      65.780       0.649      0.667         NA
2      65.780       0.811      0.835         NA
3      83.321       0.805      0.833         NA
4      83.321       0.936      0.947         NA
5      86.125       0.804      0.830         NA
6      86.341       0.934      0.946         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 200.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

200.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 divi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.420601
2 divi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.084393
3 divi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.125163
4 divi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.231119
5 divi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.222448
6 divi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.127552
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 200.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 200.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

200.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 200.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

200.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : divi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
divi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, divi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

200.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 divi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 divi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  471.0      97.182      86.482
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  418.5      97.872      85.829
  calibration validation evaluation
1       0.837         NA         NA
2       0.978         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 200.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 divi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 divi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 divi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 divi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 divi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 divi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.227713
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.248409
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.063134
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.108522
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.125338
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.071832

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 200.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 200.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

200.3 Projections

200.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/divi/current


sp.name : divi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/divi/divi.AllModels.models.out )

models.projected : 
divi_PA1_RUN1_GAM, divi_PA1_RUN1_MARS, divi_PA1_RUN1_MAXNET, divi_PA1_RUN1_GBM, divi_PA1_RUN1_RF, divi_PA2_RUN1_GAM, divi_PA2_RUN1_MARS, divi_PA2_RUN1_MAXNET, divi_PA2_RUN1_GBM, divi_PA2_RUN1_RF, divi_PA3_RUN1_GAM, divi_PA3_RUN1_MARS, divi_PA3_RUN1_MAXNET, divi_PA3_RUN1_GBM, divi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 200.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 200.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/divi/current


sp.name : divi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/divi/divi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
divi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, divi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 200.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

200.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/divi/cont_gre


sp.name : divi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/divi/divi.AllModels.models.out )

models.projected : 
divi_PA1_RUN1_GAM, divi_PA1_RUN1_MARS, divi_PA1_RUN1_MAXNET, divi_PA1_RUN1_GBM, divi_PA1_RUN1_RF, divi_PA2_RUN1_GAM, divi_PA2_RUN1_MARS, divi_PA2_RUN1_MAXNET, divi_PA2_RUN1_GBM, divi_PA2_RUN1_RF, divi_PA3_RUN1_GAM, divi_PA3_RUN1_MARS, divi_PA3_RUN1_MAXNET, divi_PA3_RUN1_GBM, divi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 200.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 200.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/divi/cont_gre


sp.name : divi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/divi/divi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
divi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, divi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 200.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

200.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 200.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 200.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 200.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 200.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

200.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

200.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 200.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 200.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 200.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 200.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

200.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  78         183         223         336.9533    556         752   0      2000
 2 120         277         400         449.0090    639         778   126    2040
 3 138         321         498         490.8608    659         781   126    2060
 4 133         325         510         500.6382    675         785   126    2080
 5 139         330         513         501.1082    674         784   126    2100
 6 137         296         448         471.6297    655         781   245    2040
 7 150         388         535         532.3130    687         787   245    2060
 8 211         504         602         597.3051    731         786   245    2080
 9 190         528         635         621.4477    744         791   245    2100
10 119         278         406         451.5425    640         778   370    2040
11 164         403         542         539.6188    689         785   370    2060
12 240         533         611         612.3174    736         786   370    2080
13 335         583         745         663.3128    770         805   370    2100
14 117         283         421         460.8440    654         784   585    2040
15 194         478         589         584.7560    727         789   585    2060
16 344         619         750         685.2159    769         799   585    2080
17 326         524         626         624.4294    766         794   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 200.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.