140 Hibiscus syriacus

140.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.2mdhrb
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252604-230224095556074
  Created: 2023-05-20T17:17:40.726+00:00
  Modified: 2023-05-20T17:18:52.533+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252604-230224095556074.zip
  Total records: 35860

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 35860 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -149.864 ymin: -39.088535 xmax: 176.043899 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 35,860 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 2     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 3     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 5     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 8     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 9     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
10     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
# ℹ 35,850 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 35 860 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Hibiscus syriacus dans le monde.

Figure 140.1: Occurrences de Hibiscus syriacus dans le monde.

140.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.8181260457
[1] 0.1679029559
[1] 0.01299498048

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Hibiscus syriacus dans la région d'endémisme.

Figure 140.2: Occurrence de Hibiscus syriacus dans la région d’endémisme.

140.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      28671 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        530 
                                                    CC0_1_0 
                                                         54 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                          5 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                          2 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         76 
[1] 98.17642648
Occurrence de Hibiscus syriacus dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 140.3: Occurrence de Hibiscus syriacus dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 28803

140.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.287368 ymin: 36.818313 xmax: 38.6997 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 14d5676a-… q-102210812… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 2     3.e9 14d5676a-… q-101026949… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 3     3.e9 14d5676a-… q-100924717… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 4     2 e9 7a3679ef-… o-1008332481 Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 5     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 6     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 7     3.e9 14d5676a-… q-100575930… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 8     3.e9 14d5676a-… q-100207472… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
 9     3.e9 14d5676a-… q-100954763… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
10     3.e9 14d5676a-… q-102453431… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Hibi… Hibisc… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

140.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Hibiscus syriacus dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 140.4: Occurrence de Hibiscus syriacus dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

140.2 Modélisation de la niche climatique

140.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.287368, 38.6997, 36.81831, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= hisy Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  hisy

     24997 presences,  0 true absences and  72845 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.000   Min.   :-13.553   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.86   1st Qu.: -8.728   1st Qu.:  8.685   1st Qu.: 587.9  
 Median :24.47   Median : -1.620   Median : 12.743   Median : 726.6  
 Mean   :25.29   Mean   : -3.614   Mean   : 12.283   Mean   : 747.4  
 3rd Qu.:28.48   3rd Qu.:  1.704   3rd Qu.: 16.188   3rd Qu.: 895.6  
 Max.   :45.62   Max.   : 11.700   Max.   : 26.027   Max.   :1394.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.719  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 21.167  
 Median : 217.0   Median : 30.874  
 Mean   : 219.4   Mean   : 34.724  
 3rd Qu.: 257.0   3rd Qu.: 39.756  
 Max.   :1264.0   Max.   :122.589  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 140.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174988, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 140.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

140.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for hisy_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for hisy_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for hisy_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= hisy Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  hisy_PA1 


-=-=-=--=-=-=- hisy_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  hisy_PA2 


-=-=-=--=-=-=- hisy_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  hisy_PA3 


-=-=-=--=-=-=- hisy_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

140.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    hisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  687.0      96.900
2    hisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  693.5      96.810
3   hisy_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  504.0      96.490
4   hisy_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  511.5      96.425
5 hisy_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  377.0      95.135
6 hisy_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  380.5      95.010
  specificity calibration validation evaluation
1      66.825       0.637      0.637         NA
2      66.955       0.764      0.769         NA
3      90.590       0.871      0.873         NA
4      90.670       0.970      0.971         NA
5      91.680       0.868      0.869         NA
6      91.865       0.968      0.969         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 140.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

140.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 hisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.420141
2 hisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.318987
3 hisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.010093
4 hisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.374557
5 hisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.072609
6 hisy_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.087652
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 140.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 140.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

140.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 140.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

140.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : hisy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
hisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, hisy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

140.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 hisy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 hisy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  507.0      97.220      93.195
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  507.5      97.216      93.203
  calibration validation evaluation
1       0.904         NA         NA
2       0.990         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 140.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 hisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 hisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 hisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 hisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 hisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 hisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.168383
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.468344
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.026399
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.073662
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.114563
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.190252

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 140.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 140.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

140.3 Projections

140.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/hisy/current


sp.name : hisy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/hisy/hisy.AllModels.models.out )

models.projected : 
hisy_PA1_RUN1_GAM, hisy_PA1_RUN1_MARS, hisy_PA1_RUN1_MAXNET, hisy_PA1_RUN1_GBM, hisy_PA1_RUN1_RF, hisy_PA2_RUN1_GAM, hisy_PA2_RUN1_MARS, hisy_PA2_RUN1_MAXNET, hisy_PA2_RUN1_GBM, hisy_PA2_RUN1_RF, hisy_PA3_RUN1_GAM, hisy_PA3_RUN1_MARS, hisy_PA3_RUN1_MAXNET, hisy_PA3_RUN1_GBM, hisy_PA3_RUN1_ANN, hisy_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 140.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 140.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/hisy/current


sp.name : hisy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/hisy/hisy.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
hisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, hisy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 140.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

140.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/hisy/cont_gre


sp.name : hisy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/hisy/hisy.AllModels.models.out )

models.projected : 
hisy_PA1_RUN1_GAM, hisy_PA1_RUN1_MARS, hisy_PA1_RUN1_MAXNET, hisy_PA1_RUN1_GBM, hisy_PA1_RUN1_RF, hisy_PA2_RUN1_GAM, hisy_PA2_RUN1_MARS, hisy_PA2_RUN1_MAXNET, hisy_PA2_RUN1_GBM, hisy_PA2_RUN1_RF, hisy_PA3_RUN1_GAM, hisy_PA3_RUN1_MARS, hisy_PA3_RUN1_MAXNET, hisy_PA3_RUN1_GBM, hisy_PA3_RUN1_ANN, hisy_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 140.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 140.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/hisy/cont_gre


sp.name : hisy

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/hisy/hisy.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
hisy_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, hisy_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 140.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

140.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 140.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 140.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 140.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 140.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

140.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

140.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 140.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 140.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 140.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 140.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

140.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  83         528         645         620.7617    757         857   0      2000
 2 315         664         766         740.1132    823         862   126    2040
 3 365         662         766         739.8342    818         865   126    2060
 4 371         662         785         743.9305    824         858   126    2080
 5 373         666         766         740.7013    813         855   126    2100
 6 378         683         793         752.5217    824         865   245    2040
 7 364         660         784         740.5285    825         853   245    2060
 8 378         662         806         749.2920    825         852   245    2080
 9 373         653         755         729.6648    813         847   245    2100
10 305         654         760         734.5377    823         862   370    2040
11 374         666         780         742.8982    818         853   370    2060
12 364         651         759         728.3988    815         845   370    2080
13 287         612         670         668.6866    735         840   370    2100
14 347         657         766         735.5255    819         859   585    2040
15 384         668         799         749.4676    821         853   585    2060
16 279         623         688         693.5175    790         850   585    2080
17 267         555         621         595.0904    658         811   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 140.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.