161 Prunus cerasifera

161.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.drev5n
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252690-230224095556074
  Created: 2023-05-20T18:07:33.200+00:00
  Modified: 2023-05-20T18:08:51.769+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252690-230224095556074.zip
  Total records: 57827

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 46331 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -125.547602 ymin: -54.799167 xmax: 176.881762 ymax: 64.646277
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 46,331 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 46,321 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 46 331 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Prunus cerasifera dans le monde.

Figure 161.1: Occurrences de Prunus cerasifera dans le monde.

161.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9268092638
[1] 0.03466361615
[1] 0.0004532602361

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Prunus cerasifera dans la région d'endémisme.

Figure 161.2: Occurrence de Prunus cerasifera dans la région d’endémisme.

161.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      31916 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       2752 
                                                    CC0_1_0 
                                                       1730 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       5419 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        974 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                        149 
[1] 80.9711225
Occurrence de Prunus cerasifera dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 161.3: Occurrence de Prunus cerasifera dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 34769

161.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.024755 ymin: 31.718873 xmax: 46.9 ymax: 64.646277
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 14d5676a-… "q-10186481… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2     2 e9 67fabcac-… "6404209"    Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3     2 e9 67fabcac-… "14166339"   Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4     2 e9 67fabcac-… "12979486"   Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5     2 e9 14d5676a-… "q-10189824… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6     2 e9 67fabcac-… "18078582"   Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7     2 e9 67fabcac-… "21785677"   Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8     2 e9 67fabcac-… "20279988"   Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9     2 e9 4ebe5835-… "17880f64-b… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10     2 e9 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

161.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Prunus cerasifera dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 161.4: Occurrence de Prunus cerasifera dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

161.2 Modélisation de la niche climatique

161.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.02476, 46.9, 31.71887, 64.64628  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prce Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  prce

     24933 presences,  0 true absences and  72910 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-21.932   Min.   :-9.918   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.14   1st Qu.: -8.720   1st Qu.: 9.020   1st Qu.: 611.9  
 Median :23.26   Median : -2.824   Median :13.007   Median : 729.2  
 Mean   :24.79   Mean   : -4.085   Mean   :12.441   Mean   : 755.0  
 3rd Qu.:28.46   3rd Qu.:  1.048   3rd Qu.:16.174   3rd Qu.: 896.4  
 Max.   :46.10   Max.   : 12.132   Max.   :26.104   Max.   :1387.1  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.63  
 1st Qu.: 174.0   1st Qu.: 22.31  
 Median : 211.0   Median : 30.95  
 Mean   : 214.5   Mean   : 35.54  
 3rd Qu.: 247.0   3rd Qu.: 40.15  
 Max.   :1244.0   Max.   :123.72  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 161.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174732, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 161.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

161.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for prce_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prce_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prce_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prce Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  prce_PA1 


-=-=-=--=-=-=- prce_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  prce_PA2 


-=-=-=--=-=-=- prce_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  prce_PA3 


-=-=-=--=-=-=- prce_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

161.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    prce_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  596.0      93.482
2    prce_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  598.5      93.437
3   prce_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  561.0      88.649
4   prce_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  546.5      89.146
5 prce_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  381.0      91.432
6 prce_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  379.5      91.527
  specificity calibration validation evaluation
1      54.685       0.482      0.482         NA
2      54.780       0.664      0.656         NA
3      85.665       0.744      0.754         NA
4      85.245       0.935      0.938         NA
5      82.630       0.740      0.749         NA
6      82.555       0.935      0.938         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 161.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

161.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 prce_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.395589
2 prce_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.092240
3 prce_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.012973
4 prce_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.318928
5 prce_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.035620
6 prce_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.015379
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 161.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 161.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

161.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 161.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

161.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : prce

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
prce_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prce_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

161.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prce_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prce_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  646.0      95.564      96.354
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  648.5      95.508      96.422
  calibration validation evaluation
1       0.919         NA         NA
2       0.994         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 161.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prce_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prce_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 prce_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 prce_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 prce_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 prce_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.598461
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.597171
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.389727
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.523323
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.463188
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.491017

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 161.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 161.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

161.3 Projections

161.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prce/current


sp.name : prce

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prce/prce.AllModels.models.out )

models.projected : 
prce_PA1_RUN1_GAM, prce_PA1_RUN1_MARS, prce_PA1_RUN1_MAXNET, prce_PA1_RUN1_GBM, prce_PA1_RUN1_ANN, prce_PA1_RUN1_RF, prce_PA2_RUN1_GAM, prce_PA2_RUN1_MARS, prce_PA2_RUN1_MAXNET, prce_PA2_RUN1_GBM, prce_PA2_RUN1_ANN, prce_PA2_RUN1_RF, prce_PA3_RUN1_GAM, prce_PA3_RUN1_MARS, prce_PA3_RUN1_MAXNET, prce_PA3_RUN1_GBM, prce_PA3_RUN1_ANN, prce_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 161.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 161.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prce/current


sp.name : prce

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prce/prce.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prce_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prce_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 161.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

161.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prce/cont_gre


sp.name : prce

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prce/prce.AllModels.models.out )

models.projected : 
prce_PA1_RUN1_GAM, prce_PA1_RUN1_MARS, prce_PA1_RUN1_MAXNET, prce_PA1_RUN1_GBM, prce_PA1_RUN1_ANN, prce_PA1_RUN1_RF, prce_PA2_RUN1_GAM, prce_PA2_RUN1_MARS, prce_PA2_RUN1_MAXNET, prce_PA2_RUN1_GBM, prce_PA2_RUN1_ANN, prce_PA2_RUN1_RF, prce_PA3_RUN1_GAM, prce_PA3_RUN1_MARS, prce_PA3_RUN1_MAXNET, prce_PA3_RUN1_GBM, prce_PA3_RUN1_ANN, prce_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 161.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 161.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prce/cont_gre


sp.name : prce

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prce/prce.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prce_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prce_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 161.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

161.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 161.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 161.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 161.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 161.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

161.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

161.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 161.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 161.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 161.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 161.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

161.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 179         568         642         653.2222    741         989   0      2000
 2 358         572         646         641.7873    717         939   126    2040
 3 280         507         569         574.1060    647         847   126    2060
 4 248         522         609         593.6949    672         821   126    2080
 5 279         493         549         548.5566    613         772   126    2100
 6 367         569         643         637.8338    702         887   245    2040
 7 182         490         584         577.3446    672         867   245    2060
 8 334         488         586         570.1838    643         789   245    2080
 9 233         465         531         530.6027    617         772   245    2100
10 275         562         627         630.6109    711         910   370    2040
11 218         484         550         549.9087    626         773   370    2060
12 266         462         551         537.0124    613         748   370    2080
13 235         402         487         463.9122    520         727   370    2100
14 266         545         621         610.2757    690         886   585    2040
15 220         477         554         549.0267    623         789   585    2060
16 232         459         499         491.6505    554         719   585    2080
17 244         424         497         467.3547    517         699   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 161.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.