180 Sorbus aucuparia

180.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.esyw9j
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260104-230224095556074
  Created: 2023-05-24T19:50:15.458+00:00
  Modified: 2023-05-24T19:55:52.732+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260104-230224095556074.zip
  Total records: 474154

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 474154 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -152.403495 ymin: -51.806111 xmax: 176.262309 ymax: 71.090615
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 474,154 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
 2     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
 3     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
 5     1 e8 8354ecee-… 111313949    Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… "aucuparia"         
 6     1 e8 8354ecee-… 111313889    Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
 7     1 e8 8354ecee-… 111313202    Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… "aucuparia"         
 8     2 e8 837381f4-… EMMA:EMMA:1… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
 9     2 e8 837381f4-… EMMA:EMMA:7… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
10     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
# ℹ 474,144 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 474 154 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Sorbus aucuparia dans le monde.

Figure 180.1: Occurrences de Sorbus aucuparia dans le monde.

180.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9832965661
[1] 0.006660283368
[1] 0.004281309448

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Sorbus aucuparia dans la région d'endémisme.

Figure 180.2: Occurrence de Sorbus aucuparia dans la région d’endémisme.

180.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      317293        78325        70616 
[1] 83.20049589
Occurrence de Sorbus aucuparia dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 180.3: Occurrence de Sorbus aucuparia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 387909

180.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.944698 ymin: 39.28806 xmax: 46.94 ymax: 70.938
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
 2     3.e9 688a357d-… ca051d65-69… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… "aucuparia"         
 3     2 e9 dd238f50-… 2c4672c8-f3… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… "aucuparia"         
 4     2 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… "aucuparia"         
 5     3.e9 64dabd3c-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
 6     1 e9 75956ee6-… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
 7     1.e9 f2e389da-… http://tun.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… "aucuparia"         
 8     3.e9 79d8c57d-… e06002b4-23… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
 9     3.e9 c8916e4d-… urn:lsid:bi… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
10     3.e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Sorb… Sorbus… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

180.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Sorbus aucuparia dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 180.4: Occurrence de Sorbus aucuparia dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

180.2 Modélisation de la niche climatique

180.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.944698, 46.94, 39.28806, 70.938  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= soau Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  soau

     24938 presences,  0 true absences and  72906 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.224   Min.   :-22.004   Min.   :-14.857   Min.   : 197.0  
 1st Qu.:19.532   1st Qu.: -9.716   1st Qu.:  8.083   1st Qu.: 612.1  
 Median :22.400   Median : -4.224   Median : 12.535   Median : 745.1  
 Mean   :24.183   Mean   : -4.811   Mean   : 11.777   Mean   : 761.4  
 3rd Qu.:27.900   3rd Qu.:  0.380   3rd Qu.: 15.900   3rd Qu.: 906.6  
 Max.   :45.452   Max.   : 12.300   Max.   : 24.786   Max.   :1393.7  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.63  
 1st Qu.: 179.0   1st Qu.: 22.62  
 Median : 218.0   Median : 31.06  
 Mean   : 225.9   Mean   : 35.41  
 3rd Qu.: 257.0   3rd Qu.: 39.31  
 Max.   :1261.0   Max.   :123.65  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 180.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174752, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.52083, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 180.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

180.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for soau_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for soau_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for soau_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= soau Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  soau_PA1 


-=-=-=--=-=-=- soau_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  soau_PA2 


-=-=-=--=-=-=- soau_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  soau_PA3 


-=-=-=--=-=-=- soau_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

180.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    soau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  545.0      89.439
2    soau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  542.5      89.524
3   soau_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  470.0      88.496
4   soau_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  439.5      90.040
5 soau_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  372.0      89.574
6 soau_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  370.5      89.749
  specificity calibration validation evaluation
1      67.295       0.567      0.584         NA
2      67.215       0.815      0.817         NA
3      82.295       0.708      0.738         NA
4      80.785       0.927      0.937         NA
5      80.860       0.704      0.728         NA
6      80.735       0.926      0.936         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 180.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

180.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 soau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.436777
2 soau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.050946
3 soau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.039165
4 soau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.436570
5 soau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.012728
6 soau_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.255369
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 180.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 180.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

180.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 180.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

180.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : soau

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
soau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, soau_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

180.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 soau_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 soau_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  606.0      96.271      94.386
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  612.5      96.114      94.545
  calibration validation evaluation
1       0.906         NA         NA
2       0.992         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 180.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 soau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 soau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 soau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 soau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 soau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 soau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.595835
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.476368
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.404059
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.502399
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.379918
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.443656

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 180.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 180.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

180.3 Projections

180.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/soau/current


sp.name : soau

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/soau/soau.AllModels.models.out )

models.projected : 
soau_PA1_RUN1_GAM, soau_PA1_RUN1_MARS, soau_PA1_RUN1_MAXNET, soau_PA1_RUN1_GBM, soau_PA1_RUN1_RF, soau_PA2_RUN1_GAM, soau_PA2_RUN1_MARS, soau_PA2_RUN1_MAXNET, soau_PA2_RUN1_GBM, soau_PA2_RUN1_RF, soau_PA3_RUN1_GAM, soau_PA3_RUN1_MARS, soau_PA3_RUN1_MAXNET, soau_PA3_RUN1_GBM, soau_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 180.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 180.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/soau/current


sp.name : soau

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/soau/soau.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
soau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, soau_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 180.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

180.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/soau/cont_gre


sp.name : soau

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/soau/soau.AllModels.models.out )

models.projected : 
soau_PA1_RUN1_GAM, soau_PA1_RUN1_MARS, soau_PA1_RUN1_MAXNET, soau_PA1_RUN1_GBM, soau_PA1_RUN1_RF, soau_PA2_RUN1_GAM, soau_PA2_RUN1_MARS, soau_PA2_RUN1_MAXNET, soau_PA2_RUN1_GBM, soau_PA2_RUN1_RF, soau_PA3_RUN1_GAM, soau_PA3_RUN1_MARS, soau_PA3_RUN1_MAXNET, soau_PA3_RUN1_GBM, soau_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 180.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 180.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/soau/cont_gre


sp.name : soau

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/soau/soau.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
soau_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, soau_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 180.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

180.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 180.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 180.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 180.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 180.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

180.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

180.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 180.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 180.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 180.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 180.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

180.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 62          381         575         581.32679   833         1000  0      2000
 2  6           29         202         258.94876   437          852  126    2040
 3  5           21          91         171.60931   305          684  126    2060
 4  6           23          88         172.60422   314          700  126    2080
 5  8           21         107         171.93897   279          684  126    2100
 6  3           27         168         234.01824   407          795  245    2040
 7  5           18          39         112.78799   184          561  245    2060
 8  8           21          28          69.06615    91          548  245    2080
 9  3           25          34          43.20723    47          437  245    2100
10  3           30         160         235.42489   403          811  370    2040
11  7           22          42         111.75877   182          614  370    2060
12  6           29          40          42.27561    49          493  370    2080
13  3           22          30          29.67585    39           73  370    2100
14  3           25         172         224.49796   387          794  585    2040
15  5           19          26          67.35760    91          513  585    2060
16  0           15          30          27.04842    38           84  585    2080
17 13           24          27          27.46554    31           79  585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 180.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.