112 Alnus incana

112.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.6v89gs
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252453-230224095556074
  Created: 2023-05-20T15:35:25.692+00:00
  Modified: 2023-05-20T15:40:03.109+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252453-230224095556074.zip
  Total records: 109597

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 109597 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -160.01 ymin: 32.211109 xmax: 136.15 ymax: 70.45594
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 109,597 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 2     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 3     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 4     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 5     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 6     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 7     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 8     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 9     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
10     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
# ℹ 109,587 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 109 597 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Alnus incana dans le monde.

Figure 112.1: Occurrences de Alnus incana dans le monde.

112.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9637763807
[1] 0.02920700384
[1] 7.299469876e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Alnus incana dans la région d'endémisme.

Figure 112.2: Occurrence de Alnus incana dans la région d’endémisme.

112.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
       83194         8829        13604 
[1] 91.6413417
Occurrence de Alnus incana dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 112.3: Occurrence de Alnus incana dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 96798

112.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.087825 ymin: 42.4041 xmax: 46.545488 ymax: 70.44222
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3 e9 c1492854-… C170FEBE-FF… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 2     2 e9 f2e389da-… http://tun.… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 3     1 e9 2e4cc37b-… 237531       Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … "incana"            
 4     2 e9 b124e1e0-… urn:uuid:a7… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 5     3.e9 f11a63fa-… abceaa8c-2c… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 6     1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 7     2 e9 f2e389da-… http://tun.… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
 8     1.e8 0efbb3b3-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … "incana"            
 9     2 e9 f2e389da-… http://tun.… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
10     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Alnus Alnus … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

112.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Alnus incana dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 112.4: Occurrence de Alnus incana dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

112.2 Modélisation de la niche climatique

112.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.087825, 46.54549, 42.4041, 70.44222  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= alin Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  alin

     24911 presences,  0 true absences and  72879 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.120   Min.   :-11.711   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:18.84   1st Qu.:-11.216   1st Qu.:  9.193   1st Qu.: 649.6  
 Median :22.34   Median : -5.328   Median : 13.065   Median : 784.3  
 Mean   :24.00   Mean   : -5.611   Mean   : 12.221   Mean   : 785.0  
 3rd Qu.:27.92   3rd Qu.: -0.060   3rd Qu.: 15.972   3rd Qu.: 923.0  
 Max.   :45.41   Max.   : 11.608   Max.   : 25.377   Max.   :1394.6  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :   3   Min.   :  4.719  
 1st Qu.: 179   1st Qu.: 25.285  
 Median : 219   Median : 31.960  
 Mean   : 228   Mean   : 36.444  
 3rd Qu.: 259   3rd Qu.: 39.295  
 Max.   :1229   Max.   :123.444  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 112.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174644, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.47917, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 112.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

112.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for alin_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for alin_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for alin_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= alin Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  alin_PA1 


-=-=-=--=-=-=- alin_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  alin_PA2 


-=-=-=--=-=-=- alin_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  alin_PA3 


-=-=-=--=-=-=- alin_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

112.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    alin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  525.0      93.838
2    alin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  580.5      91.861
3   alin_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  534.0      90.401
4   alin_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  531.5      90.546
5 alin_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  408.0      91.736
6 alin_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  408.5      91.691
  specificity calibration validation evaluation
1      77.755       0.716      0.715         NA
2      79.765       0.906      0.906         NA
3      79.950       0.703      0.716         NA
4      79.860       0.899      0.901         NA
5      79.120       0.709      0.715         NA
6      79.245       0.898      0.900         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 112.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

112.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 alin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.173973
2 alin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.155182
3 alin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.084162
4 alin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.323085
5 alin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.108665
6 alin_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.244399
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 112.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 112.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

112.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 112.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

112.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : alin

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
alin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alin_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

112.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 alin_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 alin_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  626.0      96.913      94.774
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  628.5      96.861      94.835
  calibration validation evaluation
1       0.917         NA         NA
2       0.994         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 112.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 alin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 alin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 alin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 alin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 alin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 alin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.567526
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.468038
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.436514
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.448955
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.416788
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.431879

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 112.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 112.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

112.3 Projections

112.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alin/current


sp.name : alin

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alin/alin.AllModels.models.out )

models.projected : 
alin_PA1_RUN1_GAM, alin_PA1_RUN1_MARS, alin_PA1_RUN1_MAXNET, alin_PA1_RUN1_GBM, alin_PA1_RUN1_RF, alin_PA2_RUN1_GAM, alin_PA2_RUN1_MARS, alin_PA2_RUN1_MAXNET, alin_PA2_RUN1_GBM, alin_PA2_RUN1_RF, alin_PA3_RUN1_GAM, alin_PA3_RUN1_MARS, alin_PA3_RUN1_MAXNET, alin_PA3_RUN1_GBM, alin_PA3_RUN1_ANN, alin_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 112.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 112.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alin/current


sp.name : alin

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alin/alin.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
alin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alin_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 112.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

112.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alin/cont_gre


sp.name : alin

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alin/alin.AllModels.models.out )

models.projected : 
alin_PA1_RUN1_GAM, alin_PA1_RUN1_MARS, alin_PA1_RUN1_MAXNET, alin_PA1_RUN1_GBM, alin_PA1_RUN1_RF, alin_PA2_RUN1_GAM, alin_PA2_RUN1_MARS, alin_PA2_RUN1_MAXNET, alin_PA2_RUN1_GBM, alin_PA2_RUN1_RF, alin_PA3_RUN1_GAM, alin_PA3_RUN1_MARS, alin_PA3_RUN1_MAXNET, alin_PA3_RUN1_GBM, alin_PA3_RUN1_ANN, alin_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 112.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 112.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alin/cont_gre


sp.name : alin

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alin/alin.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
alin_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alin_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 112.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

112.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 112.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 112.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 112.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 112.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

112.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

112.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 112.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 112.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 112.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 112.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

112.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 231         588         692         678.74957   775         997   0      2000
 2  45         249         368         361.40942   484         974   126    2040
 3  14         106         270         245.26539   348         693   126    2060
 4  35         147         268         253.14296   340         582   126    2080
 5  19         112         206         207.85140   303         537   126    2100
 6  37         240         356         345.05107   455         853   245    2040
 7  21         101         208         200.55642   286         625   245    2060
 8  17          49          99         127.81948   192         466   245    2080
 9  17          47          57          70.55117    87         319   245    2100
10  47         161         359         342.37036   467         916   370    2040
11  13          67         134         161.28181   252         507   370    2060
12  15          45          51          68.74378    88         348   370    2080
13   7          27          36          33.90348    40          94   370    2100
14  56         223         333         318.97193   414         789   585    2040
15  21          47          81         106.52845   151         376   585    2060
16   9          35          39          39.97682    44         115   585    2080
17   5          25          29          28.77367    34          73   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 112.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.