225 Quercus laurifolia

225.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.v7dfmq
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260962-230224095556074
  Created: 2023-05-25T12:59:41.253+00:00
  Modified: 2023-05-25T13:00:21.885+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260962-230224095556074.zip
  Total records: 597

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 597 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.294582 ymin: 15.855 xmax: 14.990833 ymax: 51.144444
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 597 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3051155989 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 2 3051132418 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 3 3050951526 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 4 3051040657 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 5 3051353696 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 6 3051042770 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 7  910462415 837acfc2-f762-11… HSS:HSS:164… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 8  910462412 837acfc2-f762-11… HSS:HSS:164… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 9  910462409 837acfc2-f762-11… HSS:HSS:164… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
10  910462407 837acfc2-f762-11… HSS:HSS:164… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
# ℹ 587 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 597 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 225.1: Occurrences de Quercus laurifolia dans le monde.

225.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.2077051926

[1] 0.7922948074

[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Figure 225.2: Occurrence de Quercus laurifolia dans la région d’endémisme.

225.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         180          231           62 

[1] 51.1627907

Figure 225.3: Occurrence de Quercus laurifolia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 242

Moins de 500 occurrences utilisables