119 Carya ovata

119.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.2ttqxa
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252486-230224095556074
  Created: 2023-05-20T15:54:11.941+00:00
  Modified: 2023-05-20T15:54:55.610+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252486-230224095556074.zip
  Total records: 4544

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 4544 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.1 ymin: 18.781 xmax: 25.959176 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 4,544 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… "BISON:New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 3     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 4     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 5     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 6     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 7     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 8     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 9     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
10     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
# ℹ 4,534 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 4 544 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Carya ovata dans le monde.

Figure 119.1: Occurrences de Carya ovata dans le monde.

119.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.01452464789
[1] 0.9854753521
[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Carya ovata dans la région d'endémisme.

Figure 119.2: Occurrence de Carya ovata dans la région d’endémisme.

119.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         661         3249          568 
[1] 27.44528808
Occurrence de Carya ovata dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 119.3: Occurrence de Carya ovata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1229

119.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1229 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.1 ymin: 18.781 xmax: -70.631619 ymax: 49.233333
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,229 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… "BISON:New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 3     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 4     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 5     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 6     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 7     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 8     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 9     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
10     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
# ℹ 1,219 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

119.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Carya ovata dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 119.4: Occurrence de Carya ovata dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

119.2 Modélisation de la niche climatique

119.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1229, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.1, -70.63162, 18.781, 49.23333  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= caov Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  caov

     1226 presences,  0 true absences and  3683 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   :11.50   Min.   :-30.628   Min.   :-12.40   Min.   :  62.18  
 1st Qu.:24.10   1st Qu.:-14.680   1st Qu.: 12.12   1st Qu.: 757.09  
 Median :27.31   Median : -8.788   Median : 17.27   Median : 915.63  
 Mean   :27.32   Mean   : -8.457   Mean   : 15.93   Mean   : 884.73  
 3rd Qu.:31.16   3rd Qu.: -1.944   3rd Qu.: 20.94   3rd Qu.:1057.03  
 Max.   :42.48   Max.   : 22.380   Max.   : 32.09   Max.   :1456.75  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  28.0   Min.   :  5.531  
 1st Qu.: 229.0   1st Qu.: 18.777  
 Median : 297.0   Median : 33.392  
 Mean   : 317.3   Mean   : 39.581  
 3rd Qu.: 346.0   3rd Qu.: 56.203  
 Max.   :1781.0   Max.   :136.496  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 119.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 8591, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9375, -52.89583, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 119.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

119.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for caov_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for caov_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for caov_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= caov Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  caov_PA1 


-=-=-=--=-=-=- caov_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  caov_PA2 


-=-=-=--=-=-=- caov_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  caov_PA3 


-=-=-=--=-=-=- caov_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

119.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    caov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  545.0      98.879
2    caov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  543.0      98.879
3   caov_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  404.0      97.350
4   caov_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  411.5      97.350
5 caov_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  354.0      96.942
6 caov_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  354.0      96.942
  specificity calibration validation evaluation
1      63.072       0.620      0.593         NA
2      63.072       0.748      0.705         NA
3      76.806       0.742      0.752         NA
4      77.009       0.934      0.936         NA
5      79.451       0.764      0.764         NA
6      79.451       0.938      0.942         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 119.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

119.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 caov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.119245
2 caov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.680243
3 caov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.029067
4 caov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.123274
5 caov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.142967
6 caov_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.390386
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 119.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 119.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

119.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 119.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

119.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : caov

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
caov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, caov_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

119.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 caov_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 caov_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  637.0      94.698      93.456
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  639.5      94.698      93.674
  calibration validation evaluation
1       0.882         NA         NA
2       0.987         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 119.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 caov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 caov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 caov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 caov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 caov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 caov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.364380
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.466836
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.296078
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.300579
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.297866
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.275669

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 119.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 119.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

119.3 Projections

119.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/caov/current


sp.name : caov

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/caov/caov.AllModels.models.out )

models.projected : 
caov_PA1_RUN1_GAM, caov_PA1_RUN1_MARS, caov_PA1_RUN1_MAXNET, caov_PA1_RUN1_GBM, caov_PA1_RUN1_ANN, caov_PA1_RUN1_RF, caov_PA2_RUN1_GAM, caov_PA2_RUN1_MARS, caov_PA2_RUN1_MAXNET, caov_PA2_RUN1_GBM, caov_PA2_RUN1_ANN, caov_PA2_RUN1_RF, caov_PA3_RUN1_GAM, caov_PA3_RUN1_MARS, caov_PA3_RUN1_MAXNET, caov_PA3_RUN1_GBM, caov_PA3_RUN1_ANN, caov_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 119.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 119.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/caov/current


sp.name : caov

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/caov/caov.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
caov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, caov_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 119.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

119.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/caov/cont_gre


sp.name : caov

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/caov/caov.AllModels.models.out )

models.projected : 
caov_PA1_RUN1_GAM, caov_PA1_RUN1_MARS, caov_PA1_RUN1_MAXNET, caov_PA1_RUN1_GBM, caov_PA1_RUN1_ANN, caov_PA1_RUN1_RF, caov_PA2_RUN1_GAM, caov_PA2_RUN1_MARS, caov_PA2_RUN1_MAXNET, caov_PA2_RUN1_GBM, caov_PA2_RUN1_ANN, caov_PA2_RUN1_RF, caov_PA3_RUN1_GAM, caov_PA3_RUN1_MARS, caov_PA3_RUN1_MAXNET, caov_PA3_RUN1_GBM, caov_PA3_RUN1_ANN, caov_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 119.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 119.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/caov/cont_gre


sp.name : caov

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/caov/caov.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
caov_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, caov_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 119.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

119.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 119.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 119.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 119.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 119.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

119.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

119.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 119.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 119.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 119.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 119.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

119.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 122         154         207         261.4984    381         587   0      2000
 2 132         288         398         371.6090    440         626   126    2040
 3 136         370         406         401.5473    457         622   126    2060
 4 127         380         420         415.9830    455         695   126    2080
 5 129         354         404         394.5331    432         622   126    2100
 6 139         334         402         381.3653    440         638   245    2040
 7 138         394         427         439.5231    504         665   245    2060
 8 154         403         427         448.8934    507         678   245    2080
 9 188         377         421         425.4636    484         685   245    2100
10 127         327         401         382.0068    461         618   370    2040
11 137         397         416         432.7580    492         617   370    2060
12 218         336         405         398.4038    460         630   370    2080
13 258         288         369         376.8129    421         780   370    2100
14 123         337         417         389.8952    451         670   585    2040
15 156         400         435         454.7927    520         687   585    2060
16 261         295         413         411.3477    497         756   585    2080
17 154         271         287         297.1547    312         454   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 119.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.