235 Vitex agnus-castus

235.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.j42k5d
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0261037-230224095556074
  Created: 2023-05-25T13:40:14.411+00:00
  Modified: 2023-05-25T13:41:32.861+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0261037-230224095556074.zip
  Total records: 10479

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 10479 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -159.4 ymin: -41.533333 xmax: 147.116667 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 10,479 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 923917271 50c9509d-22c7-4a2… http://www.… Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 2 911505957 50c9509d-22c7-4a2… http://www.… Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 3 910471975 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:274… Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 4 910471963 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:274… Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 5 910471878 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:273… Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 6 910471826 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:273… Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 7 910471766 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:273… Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 8 910461135 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:494… Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 9 895293856 834a4794-f762-11e… 36C0AA4A-DE… Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
10 895233907 834a4794-f762-11e… D2FF5AC6-74… Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
# ℹ 10,469 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 10 479 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Vitex agnus-castus dans le monde.

Figure 235.1: Occurrences de Vitex agnus-castus dans le monde.

235.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.8303273213
[1] 0.158889207
[1] 0.0007634316252

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Vitex agnus-castus dans la région d'endémisme.

Figure 235.2: Occurrence de Vitex agnus-castus dans la région d’endémisme.

235.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        7776          833           92 
[1] 90.42638777
Occurrence de Vitex agnus-castus dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 235.3: Occurrence de Vitex agnus-castus dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 7868

235.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 7868 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.057403 ymin: 29.398861 xmax: 45.858378 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 7,868 × 51
     gbifID datasetKey          occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
    <int64> <chr>               <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 86425969 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 2 86425966 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 3 86425964 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 4 86425950 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 5 86424718 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 6 48921243 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 7 48889321 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 8 48885758 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
 9 48884605 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
10 48883330 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Lamia… Vitex Vitex …
# ℹ 7,858 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

235.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Vitex agnus-castus dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 235.4: Occurrence de Vitex agnus-castus dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

235.2 Modélisation de la niche climatique

235.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 7868, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.0574, 45.85838, 29.39886, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= viag Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  viag

     7708 presences,  0 true absences and  23393 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.484   Min.   :-21.980   Min.   :-12.310   Min.   : 182.8  
 1st Qu.:20.956   1st Qu.: -8.736   1st Qu.:  9.607   1st Qu.: 583.7  
 Median :25.828   Median : -0.980   Median : 12.861   Median : 721.4  
 Mean   :25.970   Mean   : -2.927   Mean   : 12.476   Mean   : 746.4  
 3rd Qu.:29.682   3rd Qu.:  3.400   3rd Qu.: 15.934   3rd Qu.: 894.4  
 Max.   :46.104   Max.   : 11.980   Max.   : 25.377   Max.   :1358.0  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   5.0   Min.   :  7.417  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 26.384  
 Median : 217.0   Median : 33.581  
 Mean   : 223.3   Mean   : 39.674  
 3rd Qu.: 265.0   3rd Qu.: 46.923  
 Max.   :1261.0   Max.   :121.589  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 235.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 54436, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.47917, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 235.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

235.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for viag_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for viag_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for viag_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= viag Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  viag_PA1 


-=-=-=--=-=-=- viag_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  viag_PA2 


-=-=-=--=-=-=- viag_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  viag_PA3 


-=-=-=--=-=-=- viag_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

235.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    viag_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  616.0      97.713
2    viag_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  619.5      97.697
3   viag_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  534.0      94.389
4   viag_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  536.5      94.324
5 viag_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  353.0      95.475
6 viag_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  352.5      95.475
  specificity calibration validation evaluation
1      67.541       0.652      0.645         NA
2      67.572       0.815      0.812         NA
3      89.784       0.842      0.843         NA
4      89.879       0.969      0.968         NA
5      88.370       0.838      0.837         NA
6      88.370       0.969      0.969         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 235.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

235.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 viag_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.198583
2 viag_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.567440
3 viag_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.002414
4 viag_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.112126
5 viag_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.001288
6 viag_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.002146
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 235.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 235.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

235.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 235.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

235.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : viag

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
viag_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, viag_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

235.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 viag_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 viag_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  510.0      96.497      90.933
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  509.5      96.497      90.933
  calibration validation evaluation
1       0.874         NA         NA
2       0.986         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 235.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 viag_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 viag_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 viag_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 viag_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 viag_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 viag_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.116399
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.678741
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.019635
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.054151
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.120010
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.059620

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 235.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 235.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

235.3 Projections

235.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/viag/current


sp.name : viag

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/viag/viag.AllModels.models.out )

models.projected : 
viag_PA1_RUN1_GAM, viag_PA1_RUN1_MARS, viag_PA1_RUN1_MAXNET, viag_PA1_RUN1_GBM, viag_PA1_RUN1_ANN, viag_PA1_RUN1_RF, viag_PA2_RUN1_GAM, viag_PA2_RUN1_MARS, viag_PA2_RUN1_MAXNET, viag_PA2_RUN1_GBM, viag_PA2_RUN1_RF, viag_PA3_RUN1_GAM, viag_PA3_RUN1_MARS, viag_PA3_RUN1_MAXNET, viag_PA3_RUN1_GBM, viag_PA3_RUN1_ANN, viag_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 235.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 235.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/viag/current


sp.name : viag

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/viag/viag.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
viag_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, viag_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 235.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

235.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/viag/cont_gre


sp.name : viag

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/viag/viag.AllModels.models.out )

models.projected : 
viag_PA1_RUN1_GAM, viag_PA1_RUN1_MARS, viag_PA1_RUN1_MAXNET, viag_PA1_RUN1_GBM, viag_PA1_RUN1_ANN, viag_PA1_RUN1_RF, viag_PA2_RUN1_GAM, viag_PA2_RUN1_MARS, viag_PA2_RUN1_MAXNET, viag_PA2_RUN1_GBM, viag_PA2_RUN1_RF, viag_PA3_RUN1_GAM, viag_PA3_RUN1_MARS, viag_PA3_RUN1_MAXNET, viag_PA3_RUN1_GBM, viag_PA3_RUN1_ANN, viag_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 235.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 235.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/viag/cont_gre


sp.name : viag

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/viag/viag.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
viag_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, viag_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 235.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

235.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 235.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 235.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 235.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 235.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

235.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

235.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 235.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 235.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 235.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 235.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

235.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  24         111         265         321.7416    544         782   0      2000
 2  59         495         631         589.2436    745         821   126    2040
 3 104         565         702         651.0562    772         832   126    2060
 4 106         573         701         654.9439    771         839   126    2080
 5 118         591         717         669.4669    781         840   126    2100
 6  92         549         670         634.9338    759         827   245    2040
 7 137         564         713         657.7142    771         828   245    2060
 8 263         633         771         720.7994    804         853   245    2080
 9 281         630         773         724.6510    816         857   245    2100
10  57         475         607         569.9056    728         809   370    2040
11 174         604         742         690.6213    787         844   370    2060
12 285         633         792         731.2004    820         856   370    2080
13 281         602         729         701.9739    810         854   370    2100
14  66         515         645         604.2346    752         829   585    2040
15 271         632         767         720.0016    802         850   585    2060
16 279         606         743         711.9135    818         852   585    2080
17 245         570         628         626.1630    677         839   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 235.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.