146 Maclura pomifera

146.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.yuxjbt
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252626-230224095556074
  Created: 2023-05-20T17:35:01.732+00:00
  Modified: 2023-05-20T17:35:46.215+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252626-230224095556074.zip
  Total records: 8452

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 8452 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -156.329132 ymin: -42.783333 xmax: 176.248644 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 8,452 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 5     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
# ℹ 8,442 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 8 452 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Maclura pomifera dans le monde.

Figure 146.1: Occurrences de Maclura pomifera dans le monde.

146.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.1913156649
[1] 0.7709417889
[1] 0.00070989115

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Maclura pomifera dans la région d'endémisme.

Figure 146.2: Occurrence de Maclura pomifera dans la région d’endémisme.

146.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        1589         4570          357 
[1] 29.86494782
Occurrence de Maclura pomifera dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 146.3: Occurrence de Maclura pomifera dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1946

146.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1946 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.704899 ymin: 23.755556 xmax: -70.782342 ymax: 46.343333
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,946 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 5     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Macl… Maclur… NA                  
# ℹ 1,936 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

146.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Maclura pomifera dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 146.4: Occurrence de Maclura pomifera dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

146.2 Modélisation de la niche climatique

146.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1946, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -122.7049, -70.78234, 23.75556, 46.34333  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= mapo Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  mapo

     1946 presences,  0 true absences and  5823 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.792   Min.   :-10.66   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:24.20   1st Qu.:-14.320   1st Qu.: 12.57   1st Qu.: 756.2  
 Median :29.06   Median : -7.096   Median : 17.57   Median : 888.5  
 Mean   :28.11   Mean   : -7.669   Mean   : 16.40   Mean   : 877.7  
 3rd Qu.:32.04   3rd Qu.: -0.536   3rd Qu.: 22.03   3rd Qu.:1036.4  
 Max.   :42.47   Max.   : 22.800   Max.   : 33.12   Max.   :1472.5  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :  24   Min.   :  5.748  
 1st Qu.: 227   1st Qu.: 19.910  
 Median : 301   Median : 33.113  
 Mean   : 315   Mean   : 40.160  
 3rd Qu.: 350   3rd Qu.: 56.206  
 Max.   :1982   Max.   :138.056  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 146.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 13622, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9792, -52.64583, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 146.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

146.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for mapo_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for mapo_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for mapo_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= mapo Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  mapo_PA1 


-=-=-=--=-=-=- mapo_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  mapo_PA2 


-=-=-=--=-=-=- mapo_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  mapo_PA3 


-=-=-=--=-=-=- mapo_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

146.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    mapo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  596.0      98.780
2    mapo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  596.5      98.780
3   mapo_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  416.0      96.917
4   mapo_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  463.5      96.146
5 mapo_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  359.0      94.733
6 mapo_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  359.5      94.733
  specificity calibration validation evaluation
1      62.942       0.618      0.612         NA
2      63.006       0.767      0.757         NA
3      81.439       0.784      0.781         NA
4      82.338       0.945      0.953         NA
5      82.338       0.771      0.784         NA
6      82.402       0.946      0.954         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 146.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

146.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 mapo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.268773
2 mapo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.280018
3 mapo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.138925
4 mapo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.227727
5 mapo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.169308
6 mapo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.134315
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 146.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 146.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

146.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 146.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

146.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : mapo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
mapo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, mapo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

146.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 mapo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 mapo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  626.0      92.395      92.324
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  630.5      92.240      92.547
  calibration validation evaluation
1       0.848         NA         NA
2       0.984         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 146.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 mapo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 mapo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 mapo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 mapo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 mapo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 mapo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.247932
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.448223
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.162334
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.102812
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.106283
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.102133

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 146.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 146.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

146.3 Projections

146.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mapo/current


sp.name : mapo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mapo/mapo.AllModels.models.out )

models.projected : 
mapo_PA1_RUN1_GAM, mapo_PA1_RUN1_MARS, mapo_PA1_RUN1_MAXNET, mapo_PA1_RUN1_GBM, mapo_PA1_RUN1_ANN, mapo_PA1_RUN1_RF, mapo_PA2_RUN1_GAM, mapo_PA2_RUN1_MARS, mapo_PA2_RUN1_MAXNET, mapo_PA2_RUN1_GBM, mapo_PA2_RUN1_ANN, mapo_PA2_RUN1_RF, mapo_PA3_RUN1_GAM, mapo_PA3_RUN1_MARS, mapo_PA3_RUN1_MAXNET, mapo_PA3_RUN1_GBM, mapo_PA3_RUN1_ANN, mapo_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 146.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 146.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mapo/current


sp.name : mapo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mapo/mapo.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
mapo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, mapo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 146.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

146.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mapo/cont_gre


sp.name : mapo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mapo/mapo.AllModels.models.out )

models.projected : 
mapo_PA1_RUN1_GAM, mapo_PA1_RUN1_MARS, mapo_PA1_RUN1_MAXNET, mapo_PA1_RUN1_GBM, mapo_PA1_RUN1_ANN, mapo_PA1_RUN1_RF, mapo_PA2_RUN1_GAM, mapo_PA2_RUN1_MARS, mapo_PA2_RUN1_MAXNET, mapo_PA2_RUN1_GBM, mapo_PA2_RUN1_ANN, mapo_PA2_RUN1_RF, mapo_PA3_RUN1_GAM, mapo_PA3_RUN1_MARS, mapo_PA3_RUN1_MAXNET, mapo_PA3_RUN1_GBM, mapo_PA3_RUN1_ANN, mapo_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 146.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 146.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mapo/cont_gre


sp.name : mapo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mapo/mapo.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
mapo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, mapo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 146.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

146.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 146.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 146.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 146.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 146.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

146.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

146.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 146.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 146.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 146.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 146.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

146.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  47          84         110         223.1194    417         609   0      2000
 2  59         162         320         346.9844    551         656   126    2040
 3  62         233         404         393.6632    564         655   126    2060
 4  64         236         409         400.4831    576         683   126    2080
 5  63         229         394         386.0209    557         661   126    2100
 6  62         184         340         360.5743    553         656   245    2040
 7  72         293         496         436.4569    583         669   245    2060
 8  92         397         532         489.4715    591         685   245    2080
 9 115         467         555         519.5005    596         682   245    2100
10  58         171         328         354.1516    554         648   370    2040
11  73         301         490         437.5916    578         665   370    2060
12 159         486         550         529.5334    585         664   370    2080
13 341         561         613         601.3762    643         729   370    2100
14  58         181         333         363.4001    568         677   585    2040
15  82         356         527         477.6893    595         690   585    2060
16 299         575         619         606.7885    642         740   585    2080
17 460         581         633         621.4060    676         765   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 146.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.