10 Acer campestre

10.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.q67yyk
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0230450-230224095556074
  Created: 2023-05-10T16:04:03.728+00:00
  Modified: 2023-05-10T16:13:56.314+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0230450-230224095556074.zip
  Total records: 308684

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 304994 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.75688 ymin: -43.567448 xmax: 172.653137 ymax: 63.442031
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 304,994 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 7     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
# ℹ 304,984 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 304 994 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Acer campestre dans le monde.

Figure 10.1: Occurrences de Acer campestre dans le monde.

10.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9987803039
[1] 0.001065594733
[1] 3.93450363e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Acer campestre dans la région d'endémisme.

Figure 10.2: Occurrence de Acer campestre dans la région d’endémisme.

10.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      245729        48934         9959 
[1] 83.93615694
Occurrence de Acer campestre dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 10.3: Occurrence de Acer campestre dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 255688

10.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.221751 ymin: 37.163026 xmax: 42.6061 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     2 e9 a814f323-… "SR00011800… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 2     2 e9 dd366f57-… "304CEA6E-B… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 3     2 e9 14d5676a-… "q-10092485… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 4     3.e9 e5f16d86-… "4168dff2-5… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 5     3.e9 14d81697-… "cf3c0a8c-5… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 6     6 e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 7     2 e9 0d8cc344-… "b5a83c34-1… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 8     3.e9 688a357d-… "c1c3a147-5… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
 9     1 e9 75956ee6-… "http://pif… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
10     6 e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer c… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

10.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Acer campestre dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 10.4: Occurrence de Acer campestre dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

10.2 Modélisation de la niche climatique

10.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.221751, 42.6061, 37.163026, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= acca Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  acca

     24998 presences,  0 true absences and  72891 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august       temp_min          temp_wet_quart        temp_season        prec_wet_quart     
 Min.   : 0.50000   Min.   :-22.000000   Min.   :-12.086667   Min.   :   0.0000   Min.   :   3.0000  
 1st Qu.:20.64400   1st Qu.: -8.768000   1st Qu.:  8.248667   1st Qu.: 605.6910   1st Qu.: 175.0000  
 Median :23.82000   Median : -2.588000   Median : 12.568666   Median : 719.4681   Median : 217.0000  
 Mean   :24.97589   Mean   : -4.019596   Mean   : 12.033592   Mean   : 750.9204   Mean   : 219.2983  
 3rd Qu.:27.96800   3rd Qu.:  0.960000   3rd Qu.: 16.114666   3rd Qu.: 896.5963   3rd Qu.: 255.0000  
 Max.   :45.96800   Max.   : 12.148000   Max.   : 26.380001   Max.   :1392.7480   Max.   :1243.0000  
  prec_season        
 Min.   :  5.126035  
 1st Qu.: 19.866373  
 Median : 30.282345  
 Mean   : 34.072753  
 3rd Qu.: 39.149487  
 Max.   :123.722084  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 10.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174992, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97916667, 29.02083333, 70.97916667  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10                              11 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)"        "Presences (validation)" 
                             12                              19                              20 
       "Presences (evaluation)"             "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22                              29 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)"           "**Pseudo-Absences**" 
                             30                              31                               1 
"Pseudo-Absences (calibration)"  "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 10.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

10.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for acca_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for acca_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for acca_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= acca Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  acca_PA1 


-=-=-=--=-=-=- acca_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  acca_PA2 


-=-=-=--=-=-=- acca_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  acca_PA3 


-=-=-=--=-=-=- acca_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

10.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity specificity calibration
1    acca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  636.0      95.865      78.830       0.747
2    acca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  640.5      95.805      78.965       0.911
3   acca_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  479.0      96.655      88.000       0.847
4   acca_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  479.5      96.645      88.015       0.964
5 acca_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  368.0      95.145      89.205       0.844
6 acca_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  363.5      95.340      89.020       0.961
  validation evaluation
1      0.744         NA
2      0.907         NA
3      0.843         NA
4      0.961         NA
5      0.840         NA
6      0.959         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 10.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

10.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 acca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.225835
2 acca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.062842
3 acca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.007775
4 acca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.582405
5 acca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.144702
6 acca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.023005
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 10.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 10.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

10.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 10.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

10.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : acca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


models computed: 
acca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

10.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo
1 acca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
2 acca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
  filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity calibration validation evaluation
1         TSS EMwmean         TSS  552.0      96.384      92.328       0.887         NA         NA
2         TSS EMwmean         ROC  552.5      96.372      92.356       0.987         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 10.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo filtered.by
1 acca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
2 acca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
3 acca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
4 acca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
5 acca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
6 acca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
  algo        expl.var rand  var.imp
1 EMcv temp_max_august    1 0.140406
2 EMcv        temp_min    1 0.121709
3 EMcv  temp_wet_quart    1 0.031945
4 EMcv     temp_season    1 0.254828
5 EMcv  prec_wet_quart    1 0.080875
6 EMcv     prec_season    1 0.174114

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 10.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 10.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

10.3 Projections

10.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acca/current


sp.name : acca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acca/acca.AllModels.models.out )

models.projected : 
acca_PA1_RUN1_GAM, acca_PA1_RUN1_MARS, acca_PA1_RUN1_MAXNET, acca_PA1_RUN1_GBM, acca_PA1_RUN1_RF, acca_PA2_RUN1_GAM, acca_PA2_RUN1_MARS, acca_PA2_RUN1_MAXNET, acca_PA2_RUN1_GBM, acca_PA2_RUN1_RF, acca_PA3_RUN1_GAM, acca_PA3_RUN1_MARS, acca_PA3_RUN1_MAXNET, acca_PA3_RUN1_GBM, acca_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 10.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 10.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acca/current


sp.name : acca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acca/acca.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
acca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 10.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

10.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acca/cont_gre


sp.name : acca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acca/acca.AllModels.models.out )

models.projected : 
acca_PA1_RUN1_GAM, acca_PA1_RUN1_MARS, acca_PA1_RUN1_MAXNET, acca_PA1_RUN1_GBM, acca_PA1_RUN1_RF, acca_PA2_RUN1_GAM, acca_PA2_RUN1_MARS, acca_PA2_RUN1_MAXNET, acca_PA2_RUN1_GBM, acca_PA2_RUN1_RF, acca_PA3_RUN1_GAM, acca_PA3_RUN1_MARS, acca_PA3_RUN1_MAXNET, acca_PA3_RUN1_GBM, acca_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 10.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 10.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acca/cont_gre


sp.name : acca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acca/acca.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
acca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 10.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

10.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 10.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 10.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 10.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 10.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

10.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

10.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 10.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 10.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 10.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 10.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

10.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 394         669         762         731.4663    815         861   0      2000
 2 258         562         729         665.3183    807         857   126    2040
 3 191         491         672         623.2544    782         851   126    2060
 4 232         495         674         623.8257    767         854   126    2080
 5 266         523         692         636.7667    775         843   126    2100
 6 246         554         725         662.7319    810         859   245    2040
 7 162         434         609         573.1369    738         846   245    2060
 8 163         411         586         555.3989    709         823   245    2080
 9 159         357         536         497.6010    642         769   245    2100
10 174         536         698         644.3749    798         854   370    2040
11 168         453         624         587.7872    748         832   370    2060
12 158         321         493         469.1442    617         779   370    2080
13 115         201         251         260.0805    299         543   370    2100
14 244         538         709         647.8268    787         853   585    2040
15 161         397         577         540.1284    699         805   585    2060
16 160         205         286         297.5193    369         558   585    2080
17  96         157         183         180.2484    203         292   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 10.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.