279 Tilia americana

279.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.km8csc
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018280-230828120925497
  Created: 2023-09-16T08:30:51.713+00:00
  Modified: 2023-09-16T08:31:49.871+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018280-230828120925497.zip
  Total records: 27384

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 6829 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.4944 ymin: -38.56178 xmax: 177.7217 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,829 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *    <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 3393686765 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 2 3393801704 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 3 3393859883 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 4 3393744533 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 5 3393563393 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 6 3393644295 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 7 3051025093 c4e1739b-e22… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 8 3393938830 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 9 3393463295 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
10 3393932891 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
# ℹ 6,819 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 6 829 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Tilia americana dans le monde.

Figure 279.1: Occurrences de Tilia americana dans le monde.

279.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.02225802
[1] 0.9770098
[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Tilia americana dans la région d'endémisme.

Figure 279.2: Occurrence de Tilia americana dans la région d’endémisme.

279.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         910         4836          926 
[1] 27.51799
Occurrence de Tilia americana dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 279.3: Occurrence de Tilia americana dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1836

279.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1836 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -121.5056 ymin: 16.68 xmax: -66.50062 ymax: 50.13188
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,836 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
      <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 3393686765 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 2 3393801704 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 3 3393859883 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 4 3393744533 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 5 3393563393 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 6 3393644295 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 7 3051025093 c4e1739b-e22… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 8 3393938830 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
 9 3393463295 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
10 3393932891 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia
# ℹ 1,826 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

279.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Tilia americana dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 279.4: Occurrence de Tilia americana dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

279.2 Modélisation de la niche climatique

279.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1836, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -121.5056, -66.50062, 16.68, 50.13188  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= tiam Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  tiam

     1833 presences,  0 true absences and  5498 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 7.867   Min.   :-30.792   Min.   :-11.82   Min.   :  58.01  
 1st Qu.:23.824   1st Qu.:-15.700   1st Qu.: 12.27   1st Qu.: 761.93  
 Median :27.256   Median : -9.372   Median : 17.52   Median : 919.66  
 Mean   :27.125   Mean   : -9.017   Mean   : 16.11   Mean   : 898.11  
 3rd Qu.:30.956   3rd Qu.: -2.814   3rd Qu.: 21.11   3rd Qu.:1084.71  
 Max.   :42.576   Max.   : 23.200   Max.   : 32.86   Max.   :1472.42  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :  26   Min.   :  5.673  
 1st Qu.: 226   1st Qu.: 18.851  
 Median : 294   Median : 33.086  
 Mean   : 310   Mean   : 39.569  
 3rd Qu.: 338   3rd Qu.: 56.086  
 Max.   :1781   Max.   :136.207  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 279.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 12840, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9792, -53.3125, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 279.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

279.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for tiam_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for tiam_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for tiam_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= tiam Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  tiam_PA1 


-=-=-=--=-=-=- tiam_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  tiam_PA2 


-=-=-=--=-=-=- tiam_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  tiam_PA3 


-=-=-=--=-=-=- tiam_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

279.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    tiam_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  444.0      97.408
2    tiam_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  431.0      97.749
3   tiam_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  458.0      91.746
4   tiam_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  475.5      91.132
5 tiam_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  354.0      94.952
6 tiam_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  354.5      94.952
  specificity calibration validation evaluation
1      52.621       0.500      0.518         NA
2      52.280       0.693      0.692         NA
3      77.263       0.691      0.703         NA
4      78.353       0.912      0.927         NA
5      74.268       0.693      0.711         NA
6      74.336       0.912      0.924         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 279.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

279.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 tiam_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.237441
2 tiam_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.433479
3 tiam_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.182735
4 tiam_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.208168
5 tiam_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.084045
6 tiam_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.185956
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 279.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 279.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

279.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 279.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

279.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : tiam

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
tiam_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tiam_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

279.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 tiam_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 tiam_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  616.0      95.199      93.143
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  613.5      95.363      93.107
  calibration validation evaluation
1       0.883         NA         NA
2       0.988         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 279.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 tiam_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 tiam_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 tiam_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 tiam_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 tiam_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 tiam_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.530014
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.578447
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.505146
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.481022
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.406728
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.467455

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 279.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 279.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

279.3 Projections

279.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tiam/current


sp.name : tiam

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tiam/tiam.AllModels.models.out )

models.projected : 
tiam_PA1_RUN1_GAM, tiam_PA1_RUN1_MARS, tiam_PA1_RUN1_MAXNET, tiam_PA1_RUN1_GBM, tiam_PA1_RUN1_ANN, tiam_PA1_RUN1_RF, tiam_PA2_RUN1_GAM, tiam_PA2_RUN1_MARS, tiam_PA2_RUN1_MAXNET, tiam_PA2_RUN1_GBM, tiam_PA2_RUN1_ANN, tiam_PA2_RUN1_RF, tiam_PA3_RUN1_GAM, tiam_PA3_RUN1_MARS, tiam_PA3_RUN1_MAXNET, tiam_PA3_RUN1_GBM, tiam_PA3_RUN1_ANN, tiam_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 279.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 279.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tiam/current


sp.name : tiam

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tiam/tiam.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
tiam_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tiam_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 279.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

279.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tiam/cont_gre


sp.name : tiam

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tiam/tiam.AllModels.models.out )

models.projected : 
tiam_PA1_RUN1_GAM, tiam_PA1_RUN1_MARS, tiam_PA1_RUN1_MAXNET, tiam_PA1_RUN1_GBM, tiam_PA1_RUN1_ANN, tiam_PA1_RUN1_RF, tiam_PA2_RUN1_GAM, tiam_PA2_RUN1_MARS, tiam_PA2_RUN1_MAXNET, tiam_PA2_RUN1_GBM, tiam_PA2_RUN1_ANN, tiam_PA2_RUN1_RF, tiam_PA3_RUN1_GAM, tiam_PA3_RUN1_MARS, tiam_PA3_RUN1_MAXNET, tiam_PA3_RUN1_GBM, tiam_PA3_RUN1_ANN, tiam_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 279.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 279.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tiam/cont_gre


sp.name : tiam

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tiam/tiam.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
tiam_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tiam_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 279.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

279.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 279.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 279.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 279.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 279.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

279.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

279.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 279.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 279.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 279.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 279.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

279.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 188         299         416         413.9613    503         728   0      2000
 2 222         379         457         454.1913    539         702   126    2040
 3 228         361         443         435.1199    511         660   126    2060
 4 224         401         462         450.5429    509         610   126    2080
 5 229         416         471         460.1857    514         642   126    2100
 6 241         402         479         475.5641    558         706   245    2040
 7 237         373         450         438.0645    509         618   245    2060
 8 245         361         453         438.3105    514         675   245    2080
 9 221         327         424         410.6381    496         626   245    2100
10 216         378         466         457.9144    547         707   370    2040
11 245         377         457         441.6325    514         651   370    2060
12 221         307         372         394.8476    497         678   370    2080
13 206         250         331         340.8362    415         618   370    2100
14 202         391         451         443.3492    508         603   585    2040
15 254         384         463         447.8022    517         655   585    2060
16 183         288         379         365.4258    449         605   585    2080
17 209         238         295         301.5574    361         528   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 279.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.